2020.11.26丨sam轉換bam格式報錯parse error at line 1解決辦法

• 今天照常進行比對工作，涉及到某一個樣品需要比對，于是将.sh檔案裡的腳本直接複制粘貼出來，去掉了循環開始跑，結果是沒問題的，但是在下一步使用samtools進行轉換的時候發生了報錯
  • parse error at line 1
  • truncated file.
• 網上查了一下，發現是bwa可能存在安裝問題，不能使用nohup進行運作。參考連結：sam轉bam檔案報錯 - 簡書 (jianshu.com)
• 取消nohup之後，正常運作