DESeq2包的安裝
- 心路曆程
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- 0.關于R的版本
- 1.缺少RTools
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- 1.1RTools下載下傳
- 1.2RTools40環境配置
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- 1.2.1建立一個Renviron檔案：
- 1.2.2然後在檔案裡面寫：
- 1.2.3儲存Renviron，關閉RStudio重新打開
- 1.2.4輸入下方語句，檢查是否配置成功
- 2.使用BiocManager
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- 2.1安裝BiocManager
- 2.2操作逾時
- 2.3無網絡連接配接？
- 2.4 a/s/n?
- 3.其他包的安裝
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- 3.1包下載下傳
- 3.2包安裝
- 寫在最後
心路曆程
出錯好多好多次，自以為把能踩的坑踩完了。
一開始，天真的我：直接install呀，剛剛裝好了pheatmap，不過如此嘛~
然後發現出錯了
0.關于R的版本
最好是4.0.4，更新R之前有過失敗經曆，但不确定這是否是必須步驟。
提供一種簡便更新方式：
打開R（不是RStudio）
install.packages("installr")
#然後選擇鏡像
library(installr)
updateR()
後面就正常安裝，一般不會有啥問題。
1.缺少RTools
報錯資訊：
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:
解決方式：
1.1RTools下載下傳
來這裡，找到适合自己電腦的版本下載下傳安裝。
這裡注意安裝時需要找到一個路徑“…R/win-library/4.0”
具體的路徑因人而異，可以在warning最後一行找到。
如果這就順利安裝可以正常使用了，那是自然時極好的，但有些事情它就是不會順心如意呀 (￣▽￣)"
1.2RTools40環境配置
好多關于環境變量設定的文章都會提到一個“…Rtools/bin”的路徑，但是這個隻适用于之前的版本，當你打開檔案夾，會發現Rtools40下并沒有一個叫“bin”的檔案夾。
解決方法：
1.2.1建立一個Renviron檔案：
1.2.2然後在檔案裡面寫：
PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"
1.2.3儲存Renviron，關閉RStudio重新打開
1.2.4輸入下方語句，檢查是否配置成功
若出現類似
make
“C:\Users\22793\DOCUME~1\R\win-library\4.0\rtools40\usr\bin\make.exe”
這種，說明配置成功。
參考RTools40的環境配置，rtool40安裝
完成之後，如果不可以直接install安裝，請繼續閱讀。
2.使用BiocManager
rtools沒什麼問題了，但是DESeq2還是不能安裝
報錯資訊：
Warning in install.packages :
package ‘DESeq2’ is not available for this version of R
A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
解決方式：
2.1安裝BiocManager
先安裝BiocManager，然後用這個安裝DESeq2
話說這個BiocManager似乎真挺有用的，好幾個包都可以通過這個安裝
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install("DESeq2")
2.2操作逾時
若出現操作逾時的錯誤提示，再試一次，它真的因網速或者其他偶然因素而逾時的機率還是蠻大的。
完成DESeq2安裝之後可以library一下，如果成功了就可以了，如果沒有成功，請繼續閱讀。
2.3無網絡連接配接？
報錯資訊：
Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?
關掉RStudio，重開一次試試（不明原因，但這麼幹之後解決了）
2.4 a/s/n?
安裝過程中可能出現一道三個選項的選擇題，我個人是選擇了a(all)。
3.其他包的安裝
大體意思就是，你要用DESeq2，但是你得先安裝好其他的一些包，一般情況下RStudio會自動把這些包安裝好，但是這些包沒能正确安裝，此時就需要你親自動手了。
報錯資訊：
Warning messages:
1: In install.packages(…) :
installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(…) :
installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
3.1包下載下傳
預設安裝的RCurl和XML是最新版的，可能會有些…問題，我們可以用穩定版的，手動安裝。
RCurl包的下載下傳：
XML包的下載下傳：
3.2包安裝
下載下傳之後記住儲存在哪裡了，為友善的話可以直接打開檔案夾，複制下路徑
然後用RStudio手動安裝
從菜單欄的tools中找install.Packages…
install from: 選Package Archive File
Browse這欄填路徑，就是剛剛複制的路徑，也可以從檔案夾中一層一層地找。
然後install就好啦~
這倆包安裝完之後library一下
然後DESeq2就沒有什麼問題了。
寫在最後
感謝 阿绫 貢獻自己的電腦，讓我有機會把自己的坎坷經曆重演一遍，由此更詳細地記錄下自己的心路曆程。
感謝 某學委 提供RCurl和XML的安裝包get方式。
如果有幸被哪位大神看到并且被發現了錯誤，歡迎指出~