DESeq2包的安装
- 心路历程
-
- 0.关于R的版本
- 1.缺少RTools
-
- 1.1RTools下载
- 1.2RTools40环境配置
-
- 1.2.1创建一个Renviron文件：
- 1.2.2然后在文件里面写：
- 1.2.3保存Renviron，关闭RStudio重新打开
- 1.2.4输入下方语句，检查是否配置成功
- 2.使用BiocManager
-
- 2.1安装BiocManager
- 2.2操作超时
- 2.3无网络连接？
- 2.4 a/s/n?
- 3.其他包的安装
-
- 3.1包下载
- 3.2包安装
- 写在最后
心路历程
出错好多好多次，自以为把能踩的坑踩完了。
一开始，天真的我：直接install呀，刚刚装好了pheatmap，不过如此嘛~
然后发现出错了
0.关于R的版本
最好是4.0.4，更新R之前有过失败经历，但不确定这是否是必须步骤。
提供一种简便更新方式：
打开R（不是RStudio）
install.packages("installr")
#然后选择镜像
library(installr)
updateR()
后面就正常安装，一般不会有啥问题。
1.缺少RTools
报错信息：
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:
解决方式：
1.1RTools下载
来这里，找到适合自己电脑的版本下载安装。
这里注意安装时需要找到一个路径“…R/win-library/4.0”
具体的路径因人而异，可以在warning最后一行找到。
如果这就顺利安装可以正常使用了，那是自然时极好的，但有些事情它就是不会顺心如意呀 (￣▽￣)"
1.2RTools40环境配置
好多关于环境变量设置的文章都会提到一个“…Rtools/bin”的路径，但是这个只适用于之前的版本，当你打开文件夹，会发现Rtools40下并没有一个叫“bin”的文件夹。
解决方法：
1.2.1创建一个Renviron文件：
1.2.2然后在文件里面写：
PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"
1.2.3保存Renviron，关闭RStudio重新打开
1.2.4输入下方语句，检查是否配置成功
若出现类似
make
“C:\Users\22793\DOCUME~1\R\win-library\4.0\rtools40\usr\bin\make.exe”
这种，说明配置成功。
参考RTools40的环境配置，rtool40安装
完成之后，如果不可以直接install安装，请继续阅读。
2.使用BiocManager
rtools没什么问题了，但是DESeq2还是不能安装
报错信息：
Warning in install.packages :
package ‘DESeq2’ is not available for this version of R
A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
解决方式：
2.1安装BiocManager
先安装BiocManager，然后用这个安装DESeq2
话说这个BiocManager似乎真挺有用的，好几个包都可以通过这个安装
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install("DESeq2")
2.2操作超时
若出现操作超时的错误提示，再试一次，它真的因网速或者其他偶然因素而超时的概率还是蛮大的。
完成DESeq2安装之后可以library一下，如果成功了就可以了，如果没有成功，请继续阅读。
2.3无网络连接？
报错信息：
Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?
关掉RStudio，重开一次试试（不明原因，但这么干之后解决了）
2.4 a/s/n?
安装过程中可能出现一道三个选项的选择题，我个人是选择了a(all)。
3.其他包的安装
大体意思就是，你要用DESeq2，但是你得先安装好其他的一些包，一般情况下RStudio会自动把这些包安装好，但是这些包没能正确安装，此时就需要你亲自动手了。
报错信息：
Warning messages:
1: In install.packages(…) :
installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(…) :
installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
3.1包下载
默认安装的RCurl和XML是最新版的，可能会有些…问题，我们可以用稳定版的，手动安装。
RCurl包的下载：
XML包的下载：
3.2包安装
下载之后记住保存在哪里了，为方便的话可以直接打开文件夹，复制下路径
然后用RStudio手动安装
从菜单栏的tools中找install.Packages…
install from: 选Package Archive File
Browse这栏填路径，就是刚刚复制的路径，也可以从文件夹中一层一层地找。
然后install就好啦~
这俩包安装完之后library一下
然后DESeq2就没有什么问题了。
写在最后
感谢 阿绫 贡献自己的电脑，让我有机会把自己的坎坷经历重演一遍，由此更详细地记录下自己的心路历程。
感谢 某学委 提供RCurl和XML的安装包get方式。
如果有幸被哪位大神看到并且被发现了错误，欢迎指出~