在1970年4月至1971年5月，巴勒斯坦遊擊隊就發動了6000多次襲擊。“六五”戰争後，巴勒斯坦的民族鬥争的獨立性明顯增強，這也導緻了巴勒斯坦問題被阿拉伯控制的程度減弱。總體而言，“六五”戰争對阿拉伯國家政治産生顯著影響。在埃及，此戰慘敗引發了埃及高層的内鬥，大大減損了納賽爾的國内外聲望。
在叙利亞，慘敗後的高層上司人發生權力之争，阿薩德最終赢得上司權，奠定了此後至今叙利亞的政治格局。在約旦，盡管戰争失利本身對約旦王權的沖擊并不大，但此戰引發的難民潮對約旦政權穩定造成相當的沖擊，最終導緻約巴沖突的發生。
對巴勒斯坦人而言，巴勒斯坦領土全部被以色列占領，巴勒斯坦人或被迫接受以色列的占領與統治，或被迫流落他鄉，成為難民，争取巴勒斯坦解放的主導權回到巴勒斯坦人自己手中，巴勒斯坦問題更加複雜。“六五”戰争的失敗，對埃及為首的參戰的阿拉伯國家軍事力量造成了毀滅性的打擊。
埃及、叙利亞、約旦等國家不僅損失了大量作戰武器、兵力，而且對阿拉伯國家的軍事部署和軍事思想等方面造成了巨大的沖擊。“六五”戰争讓埃及的空軍、陸軍力量損失慘重，國防部署被完全打亂，人員傷亡達兩萬多人。
1967年6月11日，埃及國會通過一項建議：“授權納賽爾采取一切他認為必要的措施，以重建阿拉伯聯合共和國的軍事力量。”獲得國會授權之後，納賽爾集政治和軍事大權于一身，馬上着手改組内閣，整頓軍隊。1967年7月23日，納賽爾在開羅發表的演說中指出，阿拉伯聯合共和國失敗的三軍正在重建和整編，要繼續同以色列戰鬥。
埃及從潰敗的恥辱中認識到，關鍵性的改進對于埃及作為一個主權國家的生存和成為一個強大國家的進步是必要的。“六五”戰争後，埃及從軍事失敗中吸取大量經驗和教訓。一是，由于埃及将士執行力的欠缺以及在“六五”戰場上埃及軍隊的混亂，軍事機構需要整合與重組。
二是，“六五”戰争對軍隊士兵的身體及心理沖擊是巨大的，埃及軍隊需要及時對将士進行再教育，恢複士氣，克服對以色列軍隊的恐懼。三是，埃及的軍事力量的建設刻不容緩，國防大量資金的投入，先進武器裝備的引進，來實作埃及軍隊現代化。
四是，以色列在“六五”戰争的勝利與強大的情報機構密不可分，埃及需要建立自己的情報機構來對抗以色列，擷取自己的戰争情報，以了解對手。“六五”戰争造成了埃及武裝力量和指揮結構的崩潰，埃及從零開始重建武裝部隊。從軍事國防角度來看，埃及武裝部隊的着眼點主要是為了維護1952年的革命，這意味着軍隊更多地關注隊伍中的内部異議，而不是更多地向國外投放其權力。
自納賽爾1952年獲得權力以來，埃及一直緻力于解決來自軍隊内部的威脅。埃及在“六五”戰争中的戰敗，其特點是戰場混亂，上司層和戰場上的部隊之間缺乏溝通。其具體的表現是，埃及陸軍元帥阿密爾沒有接到明确的指令和得到任何參考，便做出了決定迅速退出戰鬥的指令，以緻于造成了軍隊的混亂和不确定性。
盡管埃及對與以色列作戰并非毫無準備，但當阿密爾突然下令撤軍時，埃及失去了自衛的機會，這導緻了比戰争本身更大的破壞和混亂。在埃及看來，阿密爾這種行動是埃及慘敗的主要原因之一，這也源于陸軍元帥阿密爾的古怪性格和對權力的追求。是以，“六五”戰争結束後埃及上司層的變革勢在必行。
“六五”戰争後，埃及改革上司體制。首先，重組埃及國家安全機構。納賽爾任命阿明·霍威迪為戰争部長，同時還擔任戰略情報局局長。他是埃及現代政治史上唯一一位同時擔任戰争部長和埃及戰略情報局局長的人。1968年1月20日，納賽爾又任命本·穆罕默德·法齊（Gen.MohamedFawzi）為戰争部長（WarMinister），以便能夠專注于情報收集、分析、訓示和警戒。
