在1970年4月至1971年5月，巴勒斯坦游击队就发动了6000多次袭击。“六五”战争后，巴勒斯坦的民族斗争的独立性明显增强，这也导致了巴勒斯坦问题被阿拉伯控制的程度减弱。总体而言，“六五”战争对阿拉伯国家政治产生显著影响。在埃及，此战惨败引发了埃及高层的内斗，大大减损了纳赛尔的国内外声望。
在叙利亚，惨败后的高层领导人发生权力之争，阿萨德最终赢得领导权，奠定了此后至今叙利亚的政治格局。在约旦，尽管战争失利本身对约旦王权的冲击并不大，但此战引发的难民潮对约旦政权稳定造成相当的冲击，最终导致约巴冲突的发生。
对巴勒斯坦人而言，巴勒斯坦领土全部被以色列占领，巴勒斯坦人或被迫接受以色列的占领与统治，或被迫流落他乡，成为难民，争取巴勒斯坦解放的主导权回到巴勒斯坦人自己手中，巴勒斯坦问题更加复杂。“六五”战争的失败，对埃及为首的参战的阿拉伯国家军事力量造成了毁灭性的打击。
埃及、叙利亚、约旦等国家不仅损失了大量作战武器、兵力，而且对阿拉伯国家的军事部署和军事思想等方面造成了巨大的冲击。“六五”战争让埃及的空军、陆军力量损失惨重，国防部署被完全打乱，人员伤亡达两万多人。
1967年6月11日，埃及国会通过一项建议：“授权纳赛尔采取一切他认为必要的措施，以重建阿拉伯联合共和国的军事力量。”获得国会授权之后，纳赛尔集政治和军事大权于一身，马上着手改组内阁，整顿军队。1967年7月23日，纳赛尔在开罗发表的演说中指出，阿拉伯联合共和国失败的三军正在重建和整编，要继续同以色列战斗。
埃及从溃败的耻辱中认识到，关键性的改进对于埃及作为一个主权国家的生存和成为一个强大国家的进步是必要的。“六五”战争后，埃及从军事失败中吸取大量经验和教训。一是，由于埃及将士执行力的欠缺以及在“六五”战场上埃及军队的混乱，军事机构需要整合与重组。
二是，“六五”战争对军队士兵的身体及心理冲击是巨大的，埃及军队需要及时对将士进行再教育，恢复士气，克服对以色列军队的恐惧。三是，埃及的军事力量的建设刻不容缓，国防大量资金的投入，先进武器装备的引进，来实现埃及军队现代化。
四是，以色列在“六五”战争的胜利与强大的情报机构密不可分，埃及需要建立自己的情报机构来对抗以色列，获取自己的战争情报，以了解对手。“六五”战争造成了埃及武装力量和指挥结构的崩溃，埃及从零开始重建武装部队。从军事国防角度来看，埃及武装部队的着眼点主要是为了维护1952年的革命，这意味着军队更多地关注队伍中的内部异议，而不是更多地向国外投放其权力。
自纳赛尔1952年获得权力以来，埃及一直致力于解决来自军队内部的威胁。埃及在“六五”战争中的战败，其特点是战场混乱，领导层和战场上的部队之间缺乏沟通。其具体的表现是，埃及陆军元帅阿密尔没有接到明确的指令和得到任何参考，便做出了决定迅速退出战斗的命令，以致于造成了军队的混乱和不确定性。
尽管埃及对与以色列作战并非毫无准备，但当阿密尔突然下令撤军时，埃及失去了自卫的机会，这导致了比战争本身更大的破坏和混乱。在埃及看来，阿密尔这种行动是埃及惨败的主要原因之一，这也源于陆军元帅阿密尔的古怪性格和对权力的追求。因此，“六五”战争结束后埃及领导层的变革势在必行。
“六五”战争后，埃及改革领导体制。首先，重组埃及国家安全机构。纳赛尔任命阿明·霍威迪为战争部长，同时还担任战略情报局局长。他是埃及现代政治史上唯一一位同时担任战争部长和埃及战略情报局局长的人。1968年1月20日，纳赛尔又任命本·穆罕默德·法齐（Gen.MohamedFawzi）为战争部长（WarMinister），以便能够专注于情报收集、分析、指示和警戒。
