Minimap2簡介

Minimap2是知名比對工具BWA的開發者Li Heng新開發的比對工具，它能夠快速的将DNA或者mRNA序列比對到參考基因組上，使用場景有下面幾種：

• 将PacBio或OXford Nanopore的read和已有參考基因組（如人類）進行比對
• 尋找高錯誤率read(15%)之間的overlap
• 将PacBio Iso-Seq 或Nanopore cDNA或RNA序列比對到參考基因組
• 将illumina 單端或者雙端序列比對到參考基因組
• 組裝之間的比對
• 臨近物種的全基因組比對

最近用Canu的不同參數裝了幾個版本的基因組，希望比較不同組裝之間是否連續，要是在組裝結果A裡面的是ABCD的排布，在結果B裡面卻出現了倒置變成了ACBD，那麼我就要懷疑人生了。

我仔細看了一下PAF的輸出格式，發現輸出結果非常友好，但是不可能直接用 

read.table

或者 

data.table::fread

讀取，是以我就自己寫了一個解析函數。同時為了提高我對R語言中grid系統的了解，我又寫了一個專門的畫圖代碼