二、整理流程
《規則》規定，歸檔檔案整理是指将歸檔檔案以件為機關進行元件、分類、排列、編号、編目等（紙質歸檔檔案還包括修整、裝訂、編頁、裝盒、排架；電子檔案還包括格式轉換、中繼資料收集、歸檔資料包組織、存儲等），使之有序化的過程。在這個過程中，元件、分類、排列、編号、編目是紙質歸檔檔案與電子檔案整理的通用整理流程，亦即歸檔檔案整理的一般要求。此外，紙質歸檔檔案還包括修整、裝訂、編頁、裝盒、排架等整理流程，電子檔案還包括格式轉換、中繼資料收集、歸檔資料包組織、存儲等整理流程。
具體來說，紙質檔案材料的整理流程包括：元件、修整、裝訂、分類、排列、編号、編頁、編目、裝盒、排架，如圖3一1所示。
與之相對應，電子檔案的整理流程包括：元件、格式轉換、中繼資料收集、分類、排列、編号、編目、歸檔資料包組織、存儲等，如圖3一2所示。
三、雙套制環境下歸檔檔案整理模式
所謂雙套制，是指檔案歸檔後紙質檔案和電子檔案共存的歸檔制度，亦稱為雙套歸檔。雙套制的實作，可以是将具有重要作用和長遠查考價值的電子檔案轉化為紙質檔案，也可以是對使用率高的紙質檔案進行數字化。雙套歸檔可使同一份檔案的電子版本和紙質版本共同處于存儲和可利用狀态。中共中央辦公廳、國務院辦公廳《電子檔案管理暫行辦法》（廳字〔2009〕39号）第十六條規定，“具有永久儲存價值或者其他重要價值的電子檔案，應當轉換為紙質檔案或者縮微膠卷同時歸檔”，展現了重要檔案“雙套制”整理的思想。
在機關檔案實際工作中，應以文檔一體化管理為基礎，充分發揮資訊化管理優勢，簡化紙質歸檔檔案整理方法，共享紙質歸檔檔案和歸檔檔案數字化副本、電子檔案管理資訊，采取切實可行的辦法保障紙質歸檔檔案和歸檔檔案數字化副本、電子檔案的聯系，降低機關檔案雙套制整理成本，提高檔案整理效率。
1、紙質歸檔檔案收集與整理為主的機關，應按照以下模式開展歸檔檔案整理。
（1）收到的電子檔案應列印形成紙質檔案，連同收到的紙質檔案和本機關形成的紙質檔案一并以紙質形态進行檔案流轉處理。
（2）紙質檔案流轉完畢後，由文書部門、業務部門人員對檔案進行價值鑒定，有歸檔價值的檔案應直接确定保管期限，對檔案進行分類整理，并賦予檔号，完成紙質檔案整理。
（3）收到的電子檔案、紙質檔案的數字化成果合并整理為電子檔案，電子檔案應與整理完畢的紙質檔案采取相同的保管期限、分類排列方法，并編制相同的檔号，與紙質檔案一體化進行管理。
2、電子檔案收集與整理為主的機關，應按照以下模式開展歸檔檔案整理。
1）收到的紙質檔案應數字化形成數字化副本，連同接收的電子檔案和本機關形成的電子檔案一并以電子形态進人辦公系統，進行檔案流轉處理。
（2）電子檔案、紙質檔案數字化副本流轉完畢後，由文書部門、業務部門人員對檔案進行價值鑒定，有歸檔價值的檔案應直接确定保管期限，進行分類整理，并賦予檔号，完成電子檔案整理。
〈3）收到的紙質歸檔檔案、電子檔案的列印版本合并整理為紙質檔案，紙質檔案應與整理完畢的電子檔案采取相同的保管期限、分類排列方法，并編制相同的檔号，與電子檔案一體化進行管理。