【3】惡性良性腫瘤基因組資料分析方法概述

目錄

• ​​惡性良性腫瘤基因組分析​​
• ​​惡性良性腫瘤标準分析​​
• ​​進階分析​​
• ​​惡性良性腫瘤資料庫​​

惡性良性腫瘤基因組分析

• 惡性良性腫瘤進化過程

  

• 基本概念：germline/somatic/driver/passenger mutation
• 二次打擊學說：生殖突變+體細胞突變
• 主要基于體細胞突變研究
• 發展趨勢：小樣本WES——大樣本多組學；液體活檢，免疫療法，人工智能，微生物

惡性良性腫瘤标準分析

• 惡性良性腫瘤研究整體流程

  

• 測序政策：WGS，WES，WXS（目标區域捕獲）
• 突變類型：點突變，Indel（<50bp），CNV（增加/缺失），SV，病毒插入整合
• 原癌基因和抑癌基因的不同突變模式：oncogene（功能性/激活性突變，熱點突變），tumor suppressor gene（截短型/失活型突變，突變分散）
• 成對分析模式

  

• 不同突變分析工具在體細胞突變差異較大，

  從多款軟體中取2個以上檢出位點，降低假陽性

• 主流軟體：BWA MEM+GATK Haplotypecaller
• Rawdata——cleandata：SOAPnuke（去接頭，低品質>50%base，N>10%），看cleanbases資料量及比例，Q20，Q30，GC%
• cleandata——bam：

  

  去重PCR，堿基品質重校正BQSR消除上下文（上下遊各1bp）環境對堿基品質影響。

  看重複率，平均測序深度，覆寫度，4X/10X/20X reads的覆寫度

• 變異檢測軟體：SNV（muTect，mutect2），TCGA MC3 計劃（7款）
• CNV（FACETS）：5種檢測算法（read count數目，paired-end，split reads，assembly， combinatorial approach），主流read count算法（非重複滑動視窗統計覆寫到視窗的reads），FACETS适用WES/WGS；CODEX2軟體可檢測體細胞和生殖細胞CNV

• SV檢測軟體：BreakDancer，FermiKit，laSV，MindTheGap

  ​​​Comprehensive evaluation of structural variation detection algorithms for whole genome sequencing​​

• 注釋軟體：

  

  annovar不能商用，snpEff較流行

  內建注釋軟體Oncotator（基因組，蛋白質，惡性良性腫瘤和非惡性良性腫瘤的相關注釋）

• 注釋結果：含4方面内容

  

進階分析

• 主要分析

  超突變樣品檢測

  顯著突變基因

  新抗原預測

  局部拷貝數變異

  病毒整合分析

  生殖系突變過濾

  突變特征分析

  SV突變特征分析

  突變鍊不對稱分析

  突變網絡分析

  惡性良性腫瘤分子分型

  惡性良性腫瘤克隆進化與異質性分析

  藥靶資料庫注釋

  TCGA資料庫分析

• 四大子產品：

  

​​惡性良性腫瘤分析資料挖掘及資訊解讀​​

惡性良性腫瘤資料庫

• TCGA，COSMIC
• BGI-PETA 泛惡性良性腫瘤跨組學百科全學

惡性良性腫瘤基因組臨床應用專題：

​​​【1】 惡性良性腫瘤醫學研究前言進展​​​​​​

​​【2】惡性良性腫瘤基因檢測相關技術原理​​

​​​【3】惡性良性腫瘤基因組資料分析方法概述​​​​​​

​​【4】惡性良性腫瘤轉錄組測序分析流程及相關軟體​​​​​​

​​【5】惡性良性腫瘤DNA甲基化資料分析原理及流程​​​​​​

​​【6】惡性良性腫瘤胚系突變遺傳分析及資料庫使用​​

​​​【7】基于NGS檢測體系變異解讀和資料庫介紹​​

​​​【8】惡性良性腫瘤臨床遺傳咨詢及案例分析​​