相傳在女娲造人之後，人類并不太平。因為上古時期的禽獸數量遠比人類多，是以居住在地面上的人類，經常會遭到禽獸的攻擊，時刻生活在危險中。
由于生活環境的惡劣，部分人類開始向北遷徙。他們來到了黃河中遊地區（今山西和陝西一帶），模仿鼠類動物的生存方法，在黃土高原的山坡上打洞，居住在裡面，并用石頭或樹枝将洞口擋住，這才安全了許多。但還是有很多人留在了南方，他們甯願繼續過着危險的生活，也不願去忍受北方的寒冷氣候。
這時候，在九嶷山南的蒼梧，有巢氏出生了。傳說他曾經遊過仙山，并且得到了仙人的指點，因而有了極高的智慧。他看到鳥類在樹上築巢，受到了啟發，最先發明了“巢居”。他教人們在高大的樹幹上用樹枝和藤條建造房屋，樹枝将房屋四周和屋頂遮擋得嚴嚴實實，既能遮風擋雨，又能避免禽獸的攻擊。從此人們告别了以前的危險生活，再也不用在下擔驚受怕中過日子了。
人們對有巢氏非常感激，推選他為部落酋長，并尊稱他為有巢氏，有巢氏成為部落酋長後，為大家辦了許多好事。不久之後，各個部落都流傳着他的口事迹，他的名聲傳遍了整個中華大地。各部落的人都認為他德高望重，擁有聖王的才能，便又推選他為總首領，也就是部落聯盟總部的大酋長，并尊他為“巢皇”。
傳說有巢氏執政以後，将都城近至北方聖地石樓山（今山西呂梁市興縣東北），有巢氏讓人在山上挖了一個山洞，而他就居住在山洞裡處理政務。是以石樓山被後世人稱為有巢氏的皇都。
有巢氏時期，中華大地已經進入到母系氏族公社階段。男子以打獵和捕魚作為主要的社會活動，女子則采集野菜和挖掘植物的塊根。當時人類的婚姻形式也有了很大改變，不僅杜絕了親屬之間的通婚關系，而且同一氏族内部的同輩男女也禁止通婚，隻能選擇其他氏族裡的男女結為夫妻，這便是母系氏族社會的族外群婚。