相传在女娲造人之后，人类并不太平。因为上古时期的禽兽数量远比人类多，因此居住在地面上的人类，经常会遭到禽兽的攻击，时刻生活在危险中。
由于生活环境的恶劣，部分人类开始向北迁徙。他们来到了黄河中游地区（今山西和陕西一带），模仿鼠类动物的生存方法，在黄土高原的山坡上打洞，居住在里面，并用石头或树枝将洞口挡住，这才安全了许多。但还是有很多人留在了南方，他们宁愿继续过着危险的生活，也不愿去忍受北方的寒冷气候。
这时候，在九嶷山南的苍梧，有巢氏出生了。传说他曾经游过仙山，并且得到了仙人的指点，因而有了极高的智慧。他看到鸟类在树上筑巢，受到了启发，最先发明了“巢居”。他教人们在高大的树干上用树枝和藤条建造房屋，树枝将房屋四周和屋顶遮挡得严严实实，既能遮风挡雨，又能避免禽兽的攻击。从此人们告别了以前的危险生活，再也不用在下担惊受怕中过日子了。
人们对有巢氏非常感激，推选他为部落酋长，并尊称他为有巢氏，有巢氏成为部落酋长后，为大家办了许多好事。不久之后，各个部落都流传着他的口事迹，他的名声传遍了整个中华大地。各部落的人都认为他德高望重，拥有圣王的才能，便又推选他为总首领，也就是部落联盟总部的大酋长，并尊他为“巢皇”。
传说有巢氏执政以后，将都城近至北方圣地石楼山（今山西吕梁市兴县东北），有巢氏让人在山上挖了一个山洞，而他就居住在山洞里处理政务。所以石楼山被后世人称为有巢氏的皇都。
有巢氏时期，中华大地已经进入到母系氏族公社阶段。男子以打猎和捕鱼作为主要的社会活动，女子则采集野菜和挖掘植物的块根。当时人类的婚姻形式也有了很大改变，不仅杜绝了亲属之间的通婚关系，而且同一氏族内部的同辈男女也禁止通婚，只能选择其他氏族里的男女结为夫妻，这便是母系氏族社会的族外群婚。