在主系列動畫珍鑽篇中，神代來到神奧地區是為了調查雪峰市的雪峰遺迹，和真司的六比六對戰可以說是一個小插曲（但這次對戰卻對真司的改變有着莫大的影響），而在和真司打完比賽之後，先前先行一步前往遺迹的神代的弟子奏太郎以及遺迹的看守者神子趕回來說遺迹那邊發生了情況，為此，已經離開的小望、小菘以及雷司、真司并不知情，還有小智一行人和神代一起趕往遺迹，并打算去看看那裡發生了什麼事，那麼，就讓我們來看看具體的劇情吧。
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破壞遺迹的J：
在一行人前往雪峰遺迹的過程中，神子講述了關于雪峰市的傳說，據說以前雪峰市所在的位置曾經發生過火山噴發，是雷吉奇卡斯平息了此次爆發，之後創造了雷吉洛克、雷吉斯奇魯以及雷吉艾斯之後陷入了沉睡，沉睡的地點就是如今的雪峰遺迹；而當小智一行人來到雪峰遺迹附近時，發現原來這群來到遺迹的神秘團夥是J以及她的手下，這次J想要下手的目标恰是雷吉奇卡斯，為此，J破壞了守護雷吉奇卡斯的三根柱子，并攻擊雷吉奇卡斯的核心。
陷入暴走的雷吉奇卡斯：
傳說是真的，雷吉奇卡斯被J喚醒，但是J的喚醒方式讓雷吉奇卡斯産生了暴走，并開始無緣故地進行攻擊，于是，衆人逃離了雪峰遺迹，在遺迹的外邊，神代指令雷吉洛克、雷吉斯奇魯以及雷吉艾斯攻擊雷吉奇卡斯，打算以收服的方式來平息雷吉奇卡斯的憤怒，但是J中途出來搗亂，以至于神代收服失敗，随後，雷吉奇卡斯使用奇異之光操縱了神代的三隻神柱，于是，三隻神柱開始跟着雷吉奇卡斯到處破壞，宛如化身為傳說中守護雷吉奇卡斯的三隻守護神。
被平息的憤怒：
而就在三神柱跟随着雷吉奇卡斯一起破壞的途中，J攔在前方，用陷阱限制了雷吉奇卡斯的行動，随後用石化裝置打算讓雷吉奇卡斯石化，卻一一被三神柱給擋了下來，而在三神柱都被石化之後，神代也縱身一躍擋住了本來應該打向雷吉奇卡斯的石化光線，雷吉奇卡斯被神代的這個舉動所感染而恢複了理智，而J這邊，則因為客戶怕把事情鬧大而取消了委托是以撤退，随後雷吉奇卡斯将神代以及三神柱恢複，并再度化為核心陷入了沉睡。
在故事的最後，神代打算重建該遺迹，并讓三神柱如傳說一邊守護雷吉奇卡斯，那麼按照這樣的劇情走向，神代後續很有可能把三神柱放生，但是官方對此沒有再進行過後續劇情的描述，對于結果如何，我們也就不得而知了。