在主系列动画珍钻篇中，神代来到神奥地区是为了调查雪峰市的雪峰遗迹，和真司的六比六对战可以说是一个小插曲（但这次对战却对真司的改变有着莫大的影响），而在和真司打完比赛之后，先前先行一步前往遗迹的神代的弟子奏太郎以及遗迹的看守者神子赶回来说遗迹那边发生了情况，为此，已经离开的小望、小菘以及雷司、真司并不知情，还有小智一行人和神代一起赶往遗迹，并打算去看看那里发生了什么事，那么，就让我们来看看具体的剧情吧。
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相关集数：钻石＆珍珠第127集《复活的雷吉奇卡斯！J再度出现》
破坏遗迹的J：
在一行人前往雪峰遗迹的过程中，神子讲述了关于雪峰市的传说，据说以前雪峰市所在的位置曾经发生过火山喷发，是雷吉奇卡斯平息了此次爆发，之后创造了雷吉洛克、雷吉斯奇鲁以及雷吉艾斯之后陷入了沉睡，沉睡的地点就是如今的雪峰遗迹；而当小智一行人来到雪峰遗迹附近时，发现原来这群来到遗迹的神秘团伙是J以及她的手下，这次J想要下手的目标恰是雷吉奇卡斯，为此，J破坏了守护雷吉奇卡斯的三根柱子，并攻击雷吉奇卡斯的核心。
陷入暴走的雷吉奇卡斯：
传说是真的，雷吉奇卡斯被J唤醒，但是J的唤醒方式让雷吉奇卡斯产生了暴走，并开始无缘故地进行攻击，于是，众人逃离了雪峰遗迹，在遗迹的外边，神代命令雷吉洛克、雷吉斯奇鲁以及雷吉艾斯攻击雷吉奇卡斯，打算以收服的方式来平息雷吉奇卡斯的愤怒，但是J中途出来捣乱，以至于神代收服失败，随后，雷吉奇卡斯使用奇异之光操纵了神代的三只神柱，于是，三只神柱开始跟着雷吉奇卡斯到处破坏，宛如化身为传说中守护雷吉奇卡斯的三只守护神。
被平息的愤怒：
而就在三神柱跟随着雷吉奇卡斯一起破坏的途中，J拦在前方，用陷阱限制了雷吉奇卡斯的行动，随后用石化装置打算让雷吉奇卡斯石化，却一一被三神柱给挡了下来，而在三神柱都被石化之后，神代也纵身一跃挡住了本来应该打向雷吉奇卡斯的石化光线，雷吉奇卡斯被神代的这个举动所感染而恢复了理智，而J这边，则因为客户怕把事情闹大而取消了委托所以撤退，随后雷吉奇卡斯将神代以及三神柱恢复，并再度化为核心陷入了沉睡。
在故事的最后，神代打算重建该遗迹，并让三神柱如传说一边守护雷吉奇卡斯，那么按照这样的剧情走向，神代后续很有可能把三神柱放生，但是官方对此没有再进行过后续剧情的描述，对于结果如何，我们也就不得而知了。