解放戰争結束，蔣集團土崩瓦解，退守台灣。知識分子一部分流亡台灣，一部分留在大陸，一部分在歐美留學。
傅斯年：山東聊城人，武松、宋江等隻反貪官，不反皇帝的儒家“正統”“忠君”思想，到後來不反對蔣，隻反對孔祥熙和宋子文，讓蔣痛并快樂着得人物，号稱黃河流域第一才子，考入北大，之後與陳獨秀、李大钊、胡适在北大興風作浪，背景老闆就是北大校長蔡元培。蔡元培是光緒欽點的翰林，1917年接受黎元洪發的任命狀，當時人們笑言，豬八戒肚子裡吞了個孫悟空。1919年5月4日的五四運動，傅斯年就是其中一，有人說他是學生運動領袖，廢除21條，歸還山東青島，趙家樓痛毆曹汝霖，燒了趙家樓，從北大畢業，輾轉到英國和德國深造，追尋愈大維和陳寅恪，1926年在外學習7年的傅斯年歸國被朱家骅請為廣州中山大學教授，之後傅斯年被聘請為中央研究所所長，傅斯年學問高深同時性格強硬，在政治上想有所作為。一直輾轉在政府與學術之間。直到蔣退守，1949年1月，傅斯年正式就任台灣大學校長，兼任中央研究院史語所所長。台灣大學，是中日甲午海戰之後1928年日本建立的，原名台北帝國大學，直到1945年抗日戰争勝利，國民黨派羅宗洛接手，改名國立台灣大學，因為種種原因，傅斯年就任時台大已經是第4任校長了，國民黨撤退，正處于大蕭條、混亂時期，一百萬人蜂擁而至的時候，校舍都沒有辦法容納。55歲的傅斯高血壓腦出血死後，台灣各界名流5000多人前來吊唁。一年後，台北大學在實驗植物園内建造紀念亭一座，傅園，亭子為斯年亭，後來兵工廠贈送一座紀念鐘，傅鐘。
胡适。胡适（提倡白話文），新文化運動的倡導者。1948年，胡适沒有聽從愛徒吳晗的勸說留在北大，艱苦支撐一年之後，被美國普林斯頓大學聘請為東方圖書館館長，胡适盡管是一代大儒，也要接受考核進入異族人的考核流程。1952年，為期兩年的聘期已滿，被普林斯頓大學解聘，給了一個名譽館長。毛考慮擒賊先擒王的态度。胡适作為學術界的精神教主，隻要把他壓在五指山下，才能殺一儆百。1954年，倒胡運動開始，針對胡适的思想集中進行批判，郭沫若一馬當先，開始口誅筆伐；胡适幫助沈從文追到張兆和（吳晗沒追到），二人師生關系密切。但是沈從文依然選擇批胡。胡适的小兒子胡思杜也站出來批判老爹，最後在1957年反右的時候，胡思杜被革職，變成了漢奸走狗，精神上奔潰的胡思杜最後選擇上吊自殺。1957年前後，胡适也遭遇胃潰瘍大出血，胃切除術，1958年胡适就任台灣中央研究院院長，為顯示對學術界的尊重，蔣攜陳誠親自光臨，以壯聲勢，1958年胡适主持台灣院士選舉，選出楊振甯、李政道、吳健雄等海外的實體學家。1959年胡适公開反對蔣介石連任總統，蔣介石大為光火。1962年，胡适與梅贻琦在台大醫院執手言談，互相慰藉。1962年胡适心髒病發，當時有被李濟氣死一說。
身赴台灣的胡适，臨死都不知道曾經謾罵他是“美帝國主義走狗”的小兒胡思杜已經自殺，還饒有深情地在遺囑中提出給小胡分遺産，其狀堪憐。胡适雖然是著名的學界“大鳄”，不僅要忍受台灣同行的明槍暗箭，還要忍受小兒胡思杜的檢舉揭發，精神上的抑郁可想而知。在胡适迷人微笑的背後，其實是一顆千瘡百孔的心。最終，這位古稀老人在一次宴會上溘然離世。在胡适死後若幹年發動的那場浩劫中，在紅衛兵歇斯底裡的批鬥聲中，曾經積極揭發過他的學生、朋友、親戚，不知道想到的最多的又是什麼？兔死狗烹嗎？
張伯苓應周恩來挽留在北京，後被南開大學一陣搶白之後變得沉默寡言，郁郁寡華中離開人世，大陸隻是給張伯苓舉行了簡單的告别儀式，而蔣聽聞之後在日記中寫下痛悼無己。并在台灣舉行盛大的追悼大會。張伯苓的遺願是葬在南開校園。直到1986年，才得以如願。
梅贻琦。1948年梅贻琦離開大陸，來到美國，1955年建立台灣清華大學；1958年受好友陳誠相邀，就職教育部長，嘔心瀝血，夫人韓永華在美國，兒子梅祖彥在清華大學助教。1962年，繼胡适去世之後，梅贻琦離世，新竹清華園内下葬，稱為梅園。一心維系家國命運的梅贻琦，雖然在台灣新竹完成了重建清華的夙願，但直到生命彌留之際再也沒有見過愛子梅祖彥。
蔣夢鱗。辭去北大校長之後的蔣夢鱗跟着宋子文鞍前馬後跑了一陣之後，随着宋子文倒台，樹倒猢狲散了，蔣夢鱗到達台灣之後建立農複會。妻子陶氏死後，蔣夢鱗娶了徐賢樂，這位徐小姐也屬于名流，但隻追求錢财，嫁給一位年近50的楊傑将軍（被國民黨特務暗殺），維持婚姻7個月就宣布離婚，一直都有情人，直到75歲的蔣夢鱗遇到53歲的徐賢樂，為她寫豔詞，這得到了宋美齡在内一衆人反對，胡适也不顧病體，加以勸告，但蔣夢鱗采取“打槍的不要，悄悄地進房”政策，悄悄結婚。之後徐掌控家中錢财，以前同僚請蔣夢鱗吃飯從來不到，之後一請就來，一天飯錢都被限定為20元，蔣夢鱗跌傷一條腿之後，婚姻也走到了盡頭，1964年蔣夢鱗肝癌離世。一代名儒慘淡收場。
葉公超。叔父葉恭綽（北洋政府交通總長，孫中山廣州革命政府财政部長，南京國民政府鐵道部長），1937年上海淪陷之後，葉恭綽流亡海外，小妾潘氏争奪财産（含有毛公鼎，道光出土，青銅器内有銘文，主要内容時周宣王治國（台北故宮博物院三寶毛公鼎、肉形石、翡翠白菜）），葉公超正值38歲，叔父葉恭綽派葉公超專程保護毛公鼎。毛公鼎最早落入端方手中，1916年，端方的後人将寶鼎押在天津俄國人開辦的銀行，時任交通總長的葉恭綽3萬元贖回。結果，葉公超被小潘用計被日本憲兵隊以間諜名義抓走，除了審判，最重要的是從葉公超口中得出毛公鼎的下落，但葉咬牙挺住，最終秘密攜帶毛公鼎逃往香港，這一去，也結束了葉公超的西南聯大外文系主任以及教授生涯，成了國民黨駐英辦事處處長，之後升為歐洲司司長，抗戰勝利後，葉公超被任命為台灣當局外交部長，之後調任台灣駐美大使。回台灣之後，在台灣過起了文人雅士的生活，梁秋實當時在台灣師範大學任教，立邀葉到學校講課，但當局又來施壓，一個學期之後便離開學校，甚至不讓面見在美國的家人，直到1981年在台灣逝世。葉公超當時西南聯大的同僚有錢鐘書、聞一多、徐志摩、梁秋實（翻譯莎士比亞全集），他的學生季羨林、楊振甯、許淵沖。
有人說，台灣的學者唱戲彭屁股自己捧自己，大陸的學者對着鏡子喊王八自己罵自己。
吳晗，解放戰争期間，吳晗利用清華大學教授的身份暗中與中共地下黨聯系，召開秘密會議，蔣追捕地下黨的時候，吳晗逃亡河北西柏坡，受到毛、周接見，吳晗把自己寫的《朱元璋傳》給毛過目。1949年1月解放軍炮擊天津，中共高c的授意下，入主清華園，整肅掉馮友蘭頭上清華校務委員會委員和文學院院長兩頂帽子之後，吳晗接過馮友蘭開始主持清華校務，1949年新中國成立之後，馮友蘭聞聽清華大學許多教授寫信給毛表忠心，加以效仿，争取五年時間寫出一部馬列主義史官的哲學史，将功贖罪。結果毛回信，讓其“采取老實态度為宜”。一月北平城和平解放的時候，11月，吳晗就出任北京市副市長。一次，毛看湘劇《生死牌》結尾海瑞經常大罵嘉靖皇帝，并且被下獄，但當得知皇帝死後，卻大哭，說明對皇帝忠心耿耿，毛找到宣傳部的人寫一篇關于海瑞的文章，由此想到明史專家吳晗，吳晗受寵若驚，寫了一篇《海瑞罵皇帝》發表在人民日報上，中心思想突出海瑞的“敢”，之後，又寫了《海瑞罷官》》《海瑞的故事》等文章，宗旨就是宣傳海瑞敢說真話的精神，給予充分肯定，之後1960年，吳晗在平劇演員馬連良要求下，寫出五場平劇《海瑞》劇本，如此在一幫糊塗蛋的鼓噪吹捧之下，彩排，《海瑞罷官》正式上演。上演之後，毛很高興。1965年年底，吳晗從報紙上就看到了姚文y評新編曆史劇《海瑞罷官》的文章，他隐約感覺到風暴要來臨了。1969年被批鬥緻死。
俞大維（哈佛數學邏輯學，提出造原子彈）和曾昭掄（化學專家，北大教授，曾國藩後人），蔣介石和陳誠同意之後，篩選李政道、楊振甯、吳大猷，華羅庚等，随着解放戰争的白熱化，兩黨也開始争搶這些國寶級人物。吳大猷、李政道、楊振甯留在國外，曾昭掄、華羅庚、趙忠堯傳回大陸。曾昭掄被周恩來任命為北大化學系主任兼教務長，權利和地位與清華的吳晗不相上下。1955年，中國科學院化學研究所成立，任所長。1957年，曾昭掄被打成右派，曾昭掄一生治學，之後武大校長李達請曾昭掄進入武漢大學教書，在這裡更是一心治學，書寫了140萬字的《元素有機化學》，全稿六冊，但文革爆發之後僅僅殘存了兩稿。自己得了淋巴癌，愛妻自殺，李達被批鬥之後，曾昭掄慘死。
葉企孫的愛徒熊大缜，在敵後冀中根據地，制造炸藥、地雷，抵禦日本的機械化部隊，切斷日本交通線路，而新中國成立之後，地雷戰那些電影中出演的農民發明的地雷，就藝術角度講，顯得新奇，适應人民創造曆史的理論導向，但不符合曆史事實，這也正是後來勝利者骨子裡對知識分子輕視和不信任，才導緻的知識分子群體的悲劇。
梁思成與林徽因，因為林徽因弟弟林恒在成都飛行員犧牲，蔣贈送一把中正劍，正是因為這把劍，也未能幸免，梁思成被鬥争搞得焦頭爛額，長歎抗戰八年，跋山涉水，先長沙，在昆明，後李莊，面對饑餓與疾病，過關斬将，終于迎來勝利，現在看來卻過不了文革這一關，1972年一帶建築大師梁思成溘然長逝。1946年，林徽因結束了九個年頭的颠沛流離，跟家人回到了一直以來念茲在茲的北平，滿懷深情地重訪每一處故地。抗戰結束之時，雖然已受盡病痛折磨，但她依然選擇了放棄赴美治療的機會，選擇了“和祖國一起受苦”。這位“民國女神加才子”，像一位勇士，她的一生，是對得起金嶽霖對她“一身詩意千尋瀑，萬古人間四月天”的哀挽，以及終生未娶的癡情的。
錢穆：江蘇無錫人，在聯大任教，被顧颉剛攜帶至燕大，北大，與胡适、傅斯年等人不合，錢穆說傅斯年是山東土匪頭子，傅斯年說錢穆是南方小裁縫，聞一多說錢穆不是東西。胡适講課講不過錢穆，國學大師開始嫉妒。錢穆第一個妻子死亡，第二個妻子肚子撫養五個孩子，新中國成立之後，錢穆到香港，後在朱家骅邀請到台灣演講受傷，受到女學生胡美琪的照顧，1956年二人結為夫婦。這段婚姻，李敖譏諷台大教授的風氣，有先奸而後娶，也有先奸而不娶者，1967年蔣介石讓蔣經國師從錢穆，學習治國之學，錢穆被選為院士，直到1989年錢穆的靠山去世，一個叫陳水扁的立法委員也站了出來，書面形式收回素書樓，時任台灣總統的陳水扁，則想到一個辦法，錢穆搬出後，改素書樓為錢穆紀念館，結果錢穆大怒，說活着不讓住，還沒死就建紀念館，這是哪家的邏輯，在這種夾攻之下，95歲雙目失明的錢穆被迫在1990年搬出居住了20年的素書樓，三個月以後去世。胡美琪把錢穆的骨灰安葬在無錫太湖，也算落葉歸根。1994年陳sb當上台b市長，把素書樓改為紀念館，2010年，錢穆去世20周年，國民黨主席馬yj來到紀念館紀念。
1952年，教育部開始清算和調整院校，為減少庚子賠款，美帝國主義遺留在清華的印痕和毒素，清華被五馬分屍，文學院、法學院、理學院被并入北大，清華隻得到一個北大的工學院，作為一個工科大學在風雨中自生自滅，北大成為了革命的搖籃，接受了清華三個學院之後，搬入燕京大學，兼并了燕京大學的校舍教職工和學生，與清華大學隔一條馬路。
知識分子雖然命運不同，結局不同，但星星之火可以燎原，革命的火種和知識分子的火種還是得以保留，中華民族的文化基因依然在祖國大地綻放。