白蓮教起源于唐朝的佛教淨土宗。一開始發展比較緩慢，成員一般為出家僧人。有過幾次小規模暴動，卻未引起朝廷的重視。
到了宋朝，開始向平民階層發展，成為僧與俗參半的社團，并形成了相當大的規模。宋政府看到這股勢力不斷強大，便開始鎮壓。在此期間暴發了以方臘，鐘相，呂師囊，王念經，餘五婆五次著名的農民起義。由于遭到政府的無情打壓，白蓮教組織開始轉入地下。
元朝時期，白蓮教被政府利用，因成績顯著被得到表彰。其勢力又迅速擴張，在當時可以說能與朝廷軍齊軀。政府感到不妙，便對其開始了打壓。這時期，以韓山童為首的江淮起義暴發了。
朱元璋利用明教（即白蓮教）的力量登上了曆史的舞台。明朝為了鞏固國力也開始了對白蓮教的鎮壓。這期間曾有三次轟轟烈烈的農民起義，分别是山東的唐賽兒和徐鴻儒起義，四川的蔡伯貫起義。由于遭到明軍的圍剿，這時的白蓮教不得不再次轉移到地下活動。
來到清朝，白蓮教成為平民百姓信奉的社團組織，其力量更加壯大。尤其在乾隆和嘉慶年間，暴發了好幾次大規模的起義。當時有湖北枝江，宜都的張正谟、聶傑起義。襄陽黃龍呆的姚之富、王聰兒起義。還有山東的王倫起義最為著名。清政府耗資一億兩千萬銀兩才将其消滅。
不過，最後還有許多殘餘人士又偷偷地加入到義和團的隊伍當中去了。