白莲教起源于唐朝的佛教净土宗。一开始发展比较缓慢，成员一般为出家僧人。有过几次小规模暴动，却未引起朝廷的重视。
到了宋朝，开始向平民阶层发展，成为僧与俗参半的社团，并形成了相当大的规模。宋政府看到这股势力不断强大，便开始镇压。在此期间暴发了以方腊，钟相，吕师囊，王念经，余五婆五次著名的农民起义。由于遭到政府的无情打压，白莲教组织开始转入地下。
元朝时期，白莲教被政府利用，因成绩显著被得到表彰。其势力又迅速扩张，在当时可以说能与朝廷军齐躯。政府感到不妙，便对其开始了打压。这时期，以韩山童为首的江淮起义暴发了。
朱元璋利用明教（即白莲教）的力量登上了历史的舞台。明朝为了巩固国力也开始了对白莲教的镇压。这期间曾有三次轰轰烈烈的农民起义，分别是山东的唐赛儿和徐鸿儒起义，四川的蔡伯贯起义。由于遭到明军的围剿，这时的白莲教不得不再次转移到地下活动。
来到清朝，白莲教成为平民百姓信奉的社团组织，其力量更加壮大。尤其在乾隆和嘉庆年间，暴发了好几次大规模的起义。当时有湖北枝江，宜都的张正谟、聂杰起义。襄阳黄龙呆的姚之富、王聪儿起义。还有山东的王伦起义最为著名。清政府耗资一亿两千万银两才将其消灭。
不过，最后还有许多残余人士又偷偷地加入到义和团的队伍当中去了。