這是一個懸案，連曆史也不知道他去哪裡了。
在明史的記載中，都有兩個版本，一是死在宮中，二是逃跑了。
實際上，一開始大家都認為他死了。朱棣進入南京後，命人搜檢宮中，發現一具穿着龍袍帶着皇冠的屍體。朱棣見到後還裝模作樣的說，傻孩子啊，何至于此啊！
然後，朱棣拜谒太祖廟，登基為帝。朱棣登基後，還為建文帝舉行了天子的葬禮，此舉是為了讓天下人安心。
同時，朱棣将明實錄各處改得面目全非。說什麼朱元璋生前多次斥責建文帝，而贊賞朱棣，臨死之前還想朱棣即位，建文帝封鎖宮内不讓來。朱棣來奔喪，建文帝也不允許。
然而，按說連這些細節都改到了，不管本來死沒死，建文帝的死都應當塵埃落定了，畢竟其他人又沒有發言權。
但是，明史中多處記載建文帝下落不明，胡熒傳還說的有鼻子有眼的。
這說明，朱棣覺得建文帝沒死，而且還隐隐對他有威脅。
如果建文帝沒死，但朱棣安心了，那麼史書上，建文帝的記錄肯定是死了；如果朱棣不安心，即使建文帝真的死了，那麼史書上也會留下蛛絲馬迹。
是以，建文帝之是以“下落不明”，主要是朱棣覺得他下落不明。
于是，《明史胡熒傳》中明确記載了，胡熒在朱棣的授意下前後兩次全國訪查，多達10多年，巡查的過程中順帶了解了民生疾苦，向朝廷報告。
明史中還記載，鄭和下西洋也是為了尋找建文帝。
于是，在野史傳說中，才出現了建文帝到江西某地做了和尚，朱棣死後幾十年，快死了才向後人公開身份；建文帝到福建某地巡遊，逍遙快活，等等記錄。
但胡熒尋找建文帝的事應該是真的，因為胡熒并沒有别的功勞，卻在訪查回來，便步步高升，任禮部尚書、戶部尚書等，直到89歲高齡，病死。
那麼，胡熒的訪查是否有結果呢？有的，永樂二十一年，朱棣正在征服蒙古回軍的路上，胡熒匆忙到達宣府，請見朱棣。朱棣本已經睡下，卻還是接見了胡熒，兩人談論到四更。此後，胡熒就沒有再出去過了。
這段記載說明這樣幾個資訊，其一，胡熒覺得這件事很重要，是以才連夜到宣府彙報；其二，朱棣也覺得這件事很重要，因為他連夜接見了胡熒；這兩點從側面應證了胡熒尋訪是為了查找建文帝。
這段記錄還說明，此事應當有結果了，因為胡熒後來便沒有出去過了。
但是這件事并不能證明建文帝究竟死在南京，還是出逃了。或許，某些寫史書的人，就是想要這個結果。
而真正的建文帝，或許早已死在南京，隻不過，是朱棣篡位，内心不安而已。