这是一个悬案，连历史也不知道他去哪里了。
在明史的记载中，都有两个版本，一是死在宫中，二是逃跑了。
实际上，一开始大家都认为他死了。朱棣进入南京后，命人搜检宫中，发现一具穿着龙袍带着皇冠的尸体。朱棣见到后还装模作样的说，傻孩子啊，何至于此啊！
然后，朱棣拜谒太祖庙，登基为帝。朱棣登基后，还为建文帝举行了天子的葬礼，此举是为了让天下人安心。
同时，朱棣将明实录各处改得面目全非。说什么朱元璋生前多次斥责建文帝，而赞赏朱棣，临死之前还想朱棣即位，建文帝封锁宫内不让来。朱棣来奔丧，建文帝也不允许。
然而，按说连这些细节都改到了，不管本来死没死，建文帝的死都应当尘埃落定了，毕竟其他人又没有发言权。
但是，明史中多处记载建文帝下落不明，胡荧传还说的有鼻子有眼的。
这说明，朱棣觉得建文帝没死，而且还隐隐对他有威胁。
如果建文帝没死，但朱棣安心了，那么史书上，建文帝的记录肯定是死了；如果朱棣不安心，即使建文帝真的死了，那么史书上也会留下蛛丝马迹。
因此，建文帝之所以“下落不明”，主要是朱棣觉得他下落不明。
于是，《明史胡荧传》中明确记载了，胡荧在朱棣的授意下前后两次全国访查，多达10多年，巡查的过程中顺带了解了民生疾苦，向朝廷报告。
明史中还记载，郑和下西洋也是为了寻找建文帝。
于是，在野史传说中，才出现了建文帝到江西某地做了和尚，朱棣死后几十年，快死了才向后人公开身份；建文帝到福建某地巡游，逍遥快活，等等记录。
但胡荧寻找建文帝的事应该是真的，因为胡荧并没有别的功劳，却在访查回来，便步步高升，任礼部尚书、户部尚书等，直到89岁高龄，病死。
那么，胡荧的访查是否有结果呢？有的，永乐二十一年，朱棣正在征服蒙古回军的路上，胡荧匆忙到达宣府，请见朱棣。朱棣本已经睡下，却还是接见了胡荧，两人谈论到四更。此后，胡荧就没有再出去过了。
这段记载说明这样几个信息，其一，胡荧觉得这件事很重要，所以才连夜到宣府汇报；其二，朱棣也觉得这件事很重要，因为他连夜接见了胡荧；这两点从侧面应证了胡荧寻访是为了查找建文帝。
这段记录还说明，此事应当有结果了，因为胡荧后来便没有出去过了。
但是这件事并不能证明建文帝究竟死在南京，还是出逃了。或许，某些写史书的人，就是想要这个结果。
而真正的建文帝，或许早已死在南京，只不过，是朱棣篡位，内心不安而已。