公元705年，在應仙宮患病的武則天很少走出寝宮。宮殿除了二張和上官婉兒，沒有人能輕易進去。在想張柬之見狀立即率領軍隊對武則天進行遷居上陽宮。并幫助唐中宗李賢即位。在這場風雲變幻的事件中，上官婉兒一點也不受影響，但卻受到了李賢的重視。
李賢雖然害怕武則天和韋後，但長期以來對上官萬兒的仰慕，繼位後直接被封為“昭榮”。從此，上官婉兒離開武則天，完成了一個宏偉的轉折，成為了真正的二品妃子。他母親被封為诰命夫人。當然，上官婉兒并沒有被内閣束縛，而是繼續執行了典章诏令等職責。李賢是一個軟弱的人，但他周圍的人，如魏侯、太平公主和公主，都是雄心勃勃的人。
上官婉兒與這些人有着密切的聯系，逐漸形成了一股強大的力量，将李賢左右束縛住。韋後了解上官萬兒的才華，把上官萬兒視為自己的心腹。萬兒順水推舟，多次勸說韋後效仿武則天，并積極跑着為他籠絡人才。武則天的侄子武三思，在上官萬兒的大力推薦下，得到了李賢和魏侯的器重。在這些人的重用下，武三思構陷誅除張谏之等老臣。
武三思為人狡詐。他的發展是由于上官萬兒的推薦，他一直與李崇君有沖突。此時此刻，上官萬兒的慘淡結局已經注定。公元707年，李仙顯的女兒安樂公主在所有外戚及大臣的的支援下，一再要求父親廢黜她的哥哥李崇君的太子，并自立為皇太女，繼承她祖母的昔日之風。這讓李崇軍無法接受。于是，他帶領羽林軍猛然崛起，誅殺武三思，到上官萬兒宮殿欲殺之。
在李崇軍的行動中，我們可以看到，上官萬二不再是李崇軍的後代所能容納的。上官萬兒從這次劫難中逃出來後，任然沒有改變過。他繼續與韋後太平公主交往，并與許多大臣有聯系。他還推薦了才華橫溢的崔煌擔任宰相。公元710年，李先駕崩，上官萬二将頭轉向太平公主。那年七月，臨淄王李隆基為了阻止韋後效仿武則天，率先将其除名。
上官萬兒，也被李隆基處死。曆史學家在仔細研究史料後，認為上官萬兒在武則天身邊時行為端正，但李賢沒有武則天的威嚴，有頗為縱容其。這一時期上官的心态發生了巨大的變化，與韋後、太平公主一起“操縱權力、諸人謂之”。這樣的人，到了李隆基這裡，隻能斬草除根。太平公主也是如此。