朱元璋不僅沒有祭祀晉朝就連秦始皇都沒有祭祀
明朝是中國最後一個漢人王朝，明朝開國皇帝朱元璋是曆朝曆代得位最正的哪一個，朱元璋早年再皇覺寺當過和尚，當過乞丐，後來他加入郭子興的紅巾軍，
再朱元璋建立明朝的過程中曾定下“廣積糧，緩稱王”的計策，朱元璋先趕跑了元朝，後消滅了陳友諒、張士誠、明玉珍、方國珍等割據政權，并自稱吳王，1367年朱元璋發出“驅逐鞑虜，恢複中華”的口号，結束了元朝再中國的統治。
1368年朱元璋再應天府稱帝建國，改國号為大明，年号洪武，朱元璋統一中國後就将祭祀作為第一件大事。
那曆代帝王廟中祭祀都有誰呢？曆代帝王廟中祭祀的分别是：漢太祖劉邦，世祖光武帝劉秀，唐太宗李世民，宋太祖趙匡胤，元世祖忽必烈。
洪武七年明太祖祭祀時是有隋文帝的，
中一室祀三皇。東一室五帝。西一室三王。又東一室漢高祖光武隋文帝。又西一室唐太宗宋太祖元世祖。凡五室十七帝。
洪武二十一年罷隋文帝，然後，當時因為帝王廟起火，明太祖朱元璋又在雞鳴山重新修建了帝王廟，後朱元璋又罷黜元世祖忽必烈。
曆代帝王祭祀都是全憑個人喜好，不一定會祭祀誰，朱元璋也不例外，朱元璋不僅沒有祭祀晉武帝司馬炎，也沒有祭祀秦始皇，唐高祖李淵這兩個，朱元璋不祭祀晉武帝司馬炎，第一是晉朝奪了曹魏的政權，要知道曹魏魏文帝曹丕受漢獻帝禅讓，被奉為正統。
而司馬炎的祖父的司馬懿則是曹魏重臣卻謀奪曹魏政權，高平陵之變後司馬懿掌握曹魏大權，為司馬炎統一奠定了基礎，其二，晉武帝短暫了統一中國，卻因為其妻子楊豔的原因，未能改立太子導緻賈南風專權，為八王之亂埋下禍根。
後琅琊王司馬睿南渡建康，使東晉偏安一隅一百五十多年。
這應該也是朱元璋沒有祭祀晉武帝司馬炎的原因。