東漢初年，光武帝任命馮勤為司徒，對他異常重視。甚至，光武帝對馮勤的母親也是極為尊重，每次會見的時候都免跪拜之禮，每次還讓侍衛親自扶着她上殿。有次會見馮勤母親的時候，光武帝還對着諸王及公主說：“是馮勤貴寵的，是這位老母啊！”
實際上，馮勤最開始也沒有得到光武帝重視，他僅僅是铫期麾下的軍曹而已，職責是替铫期管理政事。後來，馮勤與同縣人馮巡等起兵響應光武帝，計劃沒有成功而被豪富焦廉等人所反，馮勤就帶領母親兄弟及宗族親戚回到铫期身邊，铫期把他們全看作是心腹之人，并把馮勤推薦給光武帝。
起初，光武帝隻把馮勤當做普通人。後來，因謀劃軍糧問題，馮勤每件事都精心用力，漸漸得到了光武帝的親近和賞識。每次召見馮勤，光武帝就對周圍的人說：“真是個好官啊！”從此光武帝讓馮勤主管諸侯封賞事宜。
對于諸侯封賞事宜，馮勤做得更是出色。馮勤針對全國各地土地的遠近，以及土地的肥沃與瘠薄程度進行了細緻的歸類，然後根據實際情況将土地按等級排名。于是乎，光武帝每次封賞功勞的時候，都使用馮勤的資料，每次都能不失偏頗，讓每個人都心悅誠服。
有次，司徒侯霸舉薦前任梁縣縣令閻楊。閻楊先前多次提過意見，光武帝很讨厭他，見到侯霸奏章，懷疑其中有奸私，非常生氣，賜給侯霸诏書說：“崇山、幽都哪裡可以流放，斧鈍一下殺你頭。你是想以身試法呀？還是想殺身成仁啊？”派馮勤拿着诏書到司徒府。
馮勤到了侯霸府上，對他舉薦閻楊的事情做了具體詢問，得知侯霸舉薦閻楊這件事并沒有什麼奸私。回去後，馮勤就将自己的調查結果如實上報，陳述侯霸的本來用意，這才讓光武帝消了氣。
從這件事可以看出來，馮勤确實是個賢臣，這樣的人自然不會被埋沒。在積澱了十五年後，馮勤因功被授予關内侯爵位。後來，馮勤升任尚書令、大司農，并于武二十七年（公元56年）五月十一日升任司徒，位列三公。
升任司徒之前，光武帝擔心他和之前擔任三公的人一樣不能善終，就趁着宴會勸告馮勤說：“朱浮上不忠于國君，下欺壓同僚，最終是以獲罪直到現在，死活吉兇都不知道，難道不可惜麼！臣子遭到流放被殺，即使事後再加以賞賜祭奠，也不足以抵償可貴的人生。忠臣孝子，光耀前代，你應以此為鑒。能夠一心忠于國家，事奉君主沒有二心，那麼爵位與賞賜使你萬世光榮，功名永遠流傳，怎能不努力呢？”
從光武帝的話就可以看出來，他對馮勤是寄予厚望的。馮勤也因為光武帝勸告，行事更加恭儉盡心，人稱能勝任三公的職務。
建武中元元年（56年）六月二十八日，馮勤去世，光武帝悼念憐惜馮勤，派遣使者前往吊唁祭奠，賜給他家東園棺椁，贈給助葬費用超出标準。