在研究南京大屠殺被日寇屠殺的中國軍民總人數時，屍體的掩埋方式和數量也是佐證日軍暴行的重要證據。總體來說，南京大屠殺時對屍體掩埋和處理的組織有：慈善團體，市民群體，僞政權和日軍部隊這四條管道。
掩埋和處理屍體的過程中，必然要涉及人力、時間、經費、工具等多方面的因素，這就會自然地形成一批檔案和口碑資料。迄今為止學術界在對遇難同胞屍體掩埋與處理的研究中，一直沿用着紅卍字會南京分會、崇善堂、紅十字會、同善堂四家慈善機構，上新河、城南、回民三支市民掩埋隊，第一、下關二僞區政府收屍的架構與模式。
後來，由于大量新檔案資料的發現與中日雙方口述資料的出現，改變與完善了研究屍體掩埋與處理的架構。在慈善機構中，新發現了紅卍字會八卦洲分會、代葬局、順安善堂、明德慈善堂四家；市民掩埋隊中，發現了北家邊村民掩埋隊；僞政府中發現了第二、第三兩區。此外，還湧現出大量日軍部隊直接處理屍體的第一手資料。今天看幾段口述資料，一窺當年日軍的暴行。
當年擔任紅卍字會掩埋隊埋屍班班長的山東人高瑞玉，曾率99人在雨花台、水西門外和中山門城邊一帶埋屍，從1937年12月一直幹到1938年的秋天。1984年，他住在南京白下區龍王廟，已有80多歲高齡。高瑞玉回憶說：
我自幼在山東長大，是棗莊人，抗戰前是軍閥抓壯丁到南京的，在南京還未淪陷之前，我經朋友介紹，就在紅卍字會南京分會做事。日本兵進城以前，紅卍字會專門辦慈善的事，如放赈等。日軍進城後，滿街屍首，都是被殺害的同胞。紅卍字會就組織收屍埋屍。當時有兩個班，一個班負責收，一個班負責埋。我是埋屍班的班長，這個班共有九十九人。埋屍的地點主要是在雨花台西側，憲兵操場。漢中門外城牆根，中山門外城邊都埋過。埋屍的人每人穿一件褂子或背心，有的因來不及做，用的是袖章作為符号。我是穿的褂子，褂子的前胸後背，都有卍字，有的帽子上也有卍字(當時我還拍過照片，後來找不到了)。字是白底紅字，褂子顔色為深藍色。埋屍的墳很大，一個墳就有千把人，上面覆寫蘆席和泥土，我這個班經手埋的有幾千人。當時埋的屍首，有全屍的，也有沒頭沒腿的，我們就用鈎子拉，扔在坑裡，一天埋多少也不一定，有的時侯埋得少，就先把坑扒好。埋屍工作我幹了好幾個月，直到第二年秋天。（《高瑞玉證言》，南京大屠殺史料編輯委員會等編《侵華日軍南京大屠殺史料》）
他在接受作家徐志耕采訪時，還說道：
雨花台的墳山都是我埋的，現在還在，那地方以前叫憲兵操場。一個墳山裡千把人，你算算，百十米長，三米深，一個人寬，十個人一垛，正好一千人一個坑。我們那隊埋了一個大墳，兩個小墳，有一個小墳堆裡的是女屍。每天早上去，晚上回來，我們隊有四部車子，勞工不少是江北招來的，收屍的滿城都收，汽車上有白布紅卍字旗子，墳山埋人時也插上紅卍字旗。我們埋了幾個月。我管埋屍的。每天埋了多少，用自來水筆記下，回來報給賬房。賬房叫周建玄，大個子，胖胖的，今年活着的話有90多歲了……。怎麼埋的？先挖好坑，坑上架着跳闆，拉屍車一來，鈎子鈎，蘆席卷十個一排垛起來，一排一排垛過去，上面堆上土。有時候日本和尚來念經敲鼓。日本兵也有來幫忙掩埋的，是工兵部隊，人不多，他們膽子大，來發洋财，屍體身上到處摸，摸出手表、鋼筆、金戒指、大洋、鈔票，都往腰包裡裝。（徐志耕著《南京大屠殺》）
當年從下關五所村躲入安全區琅琊路國小避難的南京人管開福說：
當時我即在甯海路二号世界紅卍字會裡做清潔工、伕役……我在紅出字會的工作就是掩埋被日本兵殺害的中國同胞屍體。我們一卡車、一卡車的拉，有的送到中華門外，有的送到南秀村(現在南京大學天文台院子裡)掩埋。有一次，我們在大方巷的一個塘裡，就收了120多具屍體。“萬人坑”裡埋的有上千上萬具屍體，男的埋在一個坑裡，女的另外埋。有的是被日軍用機槍掃射死後，再用汽油燒的。（《管開福證言》，侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館收藏）
當年為紅卍字會開卡車運送屍體的司機徐金德，幹了半年多的時間。他的名字和另一名廣東人周永和，同時被記錄在《世界紅卍字會東南主會救濟第三隊第一中隊隊長員伕名冊》中。
他對當年掩埋屍體的情況記憶猶新，他在接受作家徐志耕采訪時說：
我的車能裝十幾、二十幾個。開始還好，天氣冷，一個死屍一張席一卷，用繩子或電線中間一紮，擡到車上。路上死人多，忙啊，來回拉。拉什麼地方？陰陽營、朝天宮、寶塔橋，挹江門這個地方最多，都拉。車子到處開，（有時也）拉到雨花台、花神廟去埋。朝天宮前面是秦淮河，河裡也有好多死人，最慘的是一個婦女，蠻年輕的，光着身子泡在水裡，一隻胳膊砍掉了，小便的地方插着一把刺刀，我看見的這個最慘。婦女的屍體都是披頭散發、臉上抹灰，沒有一個穿好衣服的，好的衣服也是撕壞的。後來蘆席不多了，兩個死人、三個死人合一張，卷起來一捆，丢到車上就算，來不及了。那個日本和尚有時下車，看一看，咚咚咚地敲幾下鼓。嘴裡咕噜咕噜地念經。什麼意思，我也搞不清。後來天暖和了，屍體臭得要命，我受不了，我老婆給我做了個十八層紗布的大口罩，她在鼓樓醫院當護士，她有紗布。那個口罩也不行了，臭得厲害，死人都爛了啊，收屍的一人一個鈎子，一尺多長，手指粗，頭上彎彎的。你不知道，一拉，肉就一塊塊往下掉。以前蘆席上捆一根繩，後來捆兩道，最後來要捆三道，怕掉出來。池塘裡泡着的像爛魚一樣了，一鈎就散。還有小巷子裡的，我的車開不進去，爛了的，個别的，就地挖個坑埋了。那時城内空地多，随便什麼地方挖個坑一埋就行。說出來你不相信，一天下來，我的車子到處都是蛆。死人爛了，長蛆，到處爬。連車窗玻璃上都是，白白胖胖的，一扭一扭地動，我的身上、衣服上也不少。車子一天兩次用水沖，一回家，衣服先到門外抖幾下，把蛆抖掉。慘啊！