在研究南京大屠杀被日寇屠杀的中国军民总人数时，尸体的掩埋方式和数量也是佐证日军暴行的重要证据。总体来说，南京大屠杀时对尸体掩埋和处理的组织有：慈善团体，市民群体，伪政权和日军部队这四条渠道。
掩埋和处理尸体的过程中，必然要涉及人力、时间、经费、工具等多方面的因素，这就会自然地形成一批档案和口碑资料。迄今为止学术界在对遇难同胞尸体掩埋与处理的研究中，一直沿用着红卍字会南京分会、崇善堂、红十字会、同善堂四家慈善机构，上新河、城南、回民三支市民掩埋队，第一、下关二伪区政府收尸的架构与模式。
后来，由于大量新档案资料的发现与中日双方口述资料的出现，改变与完善了研究尸体掩埋与处理的架构。在慈善机构中，新发现了红卍字会八卦洲分会、代葬局、顺安善堂、明德慈善堂四家；市民掩埋队中，发现了北家边村民掩埋队；伪政府中发现了第二、第三两区。此外，还涌现出大量日军部队直接处理尸体的第一手资料。今天看几段口述资料，一窥当年日军的暴行。
当年担任红卍字会掩埋队埋尸班班长的山东人高瑞玉，曾率99人在雨花台、水西门外和中山门城边一带埋尸，从1937年12月一直干到1938年的秋天。1984年，他住在南京白下区龙王庙，已有80多岁高龄。高瑞玉回忆说：
我自幼在山东长大，是枣庄人，抗战前是军阀抓壮丁到南京的，在南京还未沦陷之前，我经朋友介绍，就在红卍字会南京分会做事。日本兵进城以前，红卍字会专门办慈善的事，如放赈等。日军进城后，满街尸首，都是被杀害的同胞。红卍字会就组织收尸埋尸。当时有两个班，一个班负责收，一个班负责埋。我是埋尸班的班长，这个班共有九十九人。埋尸的地点主要是在雨花台西侧，宪兵操场。汉中门外城墙根，中山门外城边都埋过。埋尸的人每人穿一件褂子或背心，有的因来不及做，用的是袖章作为符号。我是穿的褂子，褂子的前胸后背，都有卍字，有的帽子上也有卍字(当时我还拍过照片，后来找不到了)。字是白底红字，褂子颜色为深蓝色。埋尸的坟很大，一个坟就有千把人，上面覆盖芦席和泥土，我这个班经手埋的有几千人。当时埋的尸首，有全尸的，也有没头没腿的，我们就用钩子拉，扔在坑里，一天埋多少也不一定，有的时侯埋得少，就先把坑扒好。埋尸工作我干了好几个月，直到第二年秋天。（《高瑞玉证言》，南京大屠杀史料编辑委员会等编《侵华日军南京大屠杀史料》）
他在接受作家徐志耕采访时，还说道：
雨花台的坟山都是我埋的，现在还在，那地方以前叫宪兵操场。一个坟山里千把人，你算算，百十米长，三米深，一个人宽，十个人一垛，正好一千人一个坑。我们那队埋了一个大坟，两个小坟，有一个小坟堆里的是女尸。每天早上去，晚上回来，我们队有四部车子，工人不少是江北招来的，收尸的满城都收，汽车上有白布红卍字旗子，坟山埋人时也插上红卍字旗。我们埋了几个月。我管埋尸的。每天埋了多少，用自来水笔记下，回来报给账房。账房叫周建玄，大个子，胖胖的，今年活着的话有90多岁了……。怎么埋的？先挖好坑，坑上架着跳板，拉尸车一来，钩子钩，芦席卷十个一排垛起来，一排一排垛过去，上面堆上土。有时候日本和尚来念经敲鼓。日本兵也有来帮忙掩埋的，是工兵部队，人不多，他们胆子大，来发洋财，尸体身上到处摸，摸出手表、钢笔、金戒指、大洋、钞票，都往腰包里装。（徐志耕著《南京大屠杀》）
当年从下关五所村躲入安全区琅琊路小学避难的南京人管开福说：
当时我即在宁海路二号世界红卍字会里做清洁工、伕役……我在红出字会的工作就是掩埋被日本兵杀害的中国同胞尸体。我们一卡车、一卡车的拉，有的送到中华门外，有的送到南秀村(现在南京大学天文台院子里)掩埋。有一次，我们在大方巷的一个塘里，就收了120多具尸体。“万人坑”里埋的有上千上万具尸体，男的埋在一个坑里，女的另外埋。有的是被日军用机枪扫射死后，再用汽油烧的。（《管开福证言》，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆收藏）
当年为红卍字会开卡车运送尸体的司机徐金德，干了半年多的时间。他的名字和另一名广东人周永和，同时被记录在《世界红卍字会东南主会救济第三队第一中队队长员伕名册》中。
他对当年掩埋尸体的情况记忆犹新，他在接受作家徐志耕采访时说：
我的车能装十几、二十几个。开始还好，天气冷，一个死尸一张席一卷，用绳子或电线中间一扎，抬到车上。路上死人多，忙啊，来回拉。拉什么地方？阴阳营、朝天宫、宝塔桥，挹江门这个地方最多，都拉。车子到处开，（有时也）拉到雨花台、花神庙去埋。朝天宫前面是秦淮河，河里也有好多死人，最惨的是一个妇女，蛮年轻的，光着身子泡在水里，一只胳膊砍掉了，小便的地方插着一把刺刀，我看见的这个最惨。妇女的尸体都是披头散发、脸上抹灰，没有一个穿好衣服的，好的衣服也是撕坏的。后来芦席不多了，两个死人、三个死人合一张，卷起来一捆，丢到车上就算，来不及了。那个日本和尚有时下车，看一看，咚咚咚地敲几下鼓。嘴里咕噜咕噜地念经。什么意思，我也搞不清。后来天暖和了，尸体臭得要命，我受不了，我老婆给我做了个十八层纱布的大口罩，她在鼓楼医院当护士，她有纱布。那个口罩也不行了，臭得厉害，死人都烂了啊，收尸的一人一个钩子，一尺多长，手指粗，头上弯弯的。你不知道，一拉，肉就一块块往下掉。以前芦席上捆一根绳，后来捆两道，最后来要捆三道，怕掉出来。池塘里泡着的像烂鱼一样了，一钩就散。还有小巷子里的，我的车开不进去，烂了的，个别的，就地挖个坑埋了。那时城内空地多，随便什么地方挖个坑一埋就行。说出来你不相信，一天下来，我的车子到处都是蛆。死人烂了，长蛆，到处爬。连车窗玻璃上都是，白白胖胖的，一扭一扭地动，我的身上、衣服上也不少。车子一天两次用水冲，一回家，衣服先到门外抖几下，把蛆抖掉。惨啊！