借由《甘肅鎮戰守圖略》中的布防，審視明朝甘肅鎮的邊患危機。
《甘肅鎮戰守圖略》為嘉靖二十三年，甘肅邊官上呈至兵部的地方邊防圖，描繪的是甘肅鎮十三處衛所城堡的邊防危機與防守政策，旨在對西北邊疆進行及時有效的軍事防禦。
明中期，甘肅鎮在陝西三邊中已過渡至防禦的中心位置。
賀蘭山成為蒙古部落南下入邊的新路線，河西走廊北部烽火不息。
由于蒙古部落亦蔔剌的南遷與嘉峪關外吐魯番的東侵，甘肅鎮南部與西部邊患不甯。
這一時期，甘肅鎮三面受困，邊防形勢嚴峻。而在以守為主的防禦政策下，明朝舍棄哈密，并與吐魯番恢複通貢關系。如此一來，在嘉靖二十三年，甘肅鎮主要面臨的邊防危機是蒙古部落的南北夾擊，而采取的防禦手段則是依靠以長城為中心的防禦工事，并選擇性地将番族納入防禦體系之中。
甘肅鎮孤懸西北邊界，南、北、西三面與外境相接，面臨着三邊危機。
明初，蒙古部落雖北遷塞漠，但殘餘部落仍在九邊一帶盤旋住牧，時常越境犯邊。因而，甘肅鎮北邊最先有警。弘治、正德年間，随着吐魯番的東侵以及亦蔔剌部落的南遷，甘肅鎮西邊與南邊出現新的邊患危機。
嘉靖初，哈密衛失守不複，甘肅鎮西邊藩籬己撤。同時，北方蒙古部落開始南下征讨，甘肅鎮受到蒙古部落的南北夾擊。嘉靖八年，随着吐魯番與明朝恢複通貢關系，嘉峪關以西邊患稍息。至嘉靖二十三年，甘肅鎮的主要防禦對象是蒙古部落，主要防禦方向在南、北兩邊。
蒙古部落南北夾擊甘肅鎮東接蘭州、西至嘉峪關。除西甯衛外，鎮内衛所沿河西走廊東西一線分布，南北有山川包圍，均與外境接壤。其中，嘉峪關外設有羁縻衛所，以哈密衛為西部藩籬，與西域連接配接聯絡。
西甯衛，在湟中地區，位于莊浪衛以南，與安定、曲先、阿端、罕東右等藩籬衛所相鄰，并有番族住牧。因而，甘肅鎮“以一線之路，孤懸幾二千裡，西控西域，南隔羌戎，北遮胡虜”？，其戰略地位明顯。《皇明九邊考》繪有《甘肅邊圖》，此圖雖繪制于嘉靖二十年，但實際上反映的是明嘉靖前甘肅鎮的邊防局勢。
圖中在甘肅鎮外南、北、西三面分别圖注有土達、瓦剌。所謂“土達”，網上普遍認為其指生活在甘甯青地區的蒙古人，基本是在明朝西征過程中歸順或降服于明朝的蒙古部衆，被安置在中國内地住牧，不再逐水草而移徙。
《甘肅鎮戰守圖略》之《西甯圖說》中所述的南部番族即屬于土達。瓦剌，屬于北方蒙古部落的一支，正統年間達到全盛。景泰至成化年間，内部分裂瓦解，逐漸向西北遷徙。在《甘肅邊圖》中，瓦剌即位于甘肅鎮西北方向，與哈密相近。
哈密，屬于明代在西北所設的羁縻衛所，位于嘉峪關外，負責管控西域地區。在嘉靖前，土達、瓦剌與哈密在一定程度上可視作甘肅鎮的南、北、西三邊的防禦屏障。
嘉靖初，西海亦蔔剌、北虜小王子、西番土魯番為甘肅鎮的三大防禦對象，共同構成甘肅鎮的三邊危機。
嘉靖中期，随着吐魯番與明朝恢複通貢關系，甘肅鎮的西邊危機暫時解除，南北兩邊烽火不息。此一時期，“北虜倏去倏來，南番坐守之夷耳，惟土魯番自兩犯甘肅以來，累肆荼毒漸不可長”。
因而，嘉靖二十三年時，甘肅鎮的邊防危機主要來自南北兩邊的蒙古部落。以正德四年為時間節點，甘肅鎮前期的防禦對象主要是來自河套地區的小王子部落，後期則是受到西海地區的亦蔔剌部落與河套北部的蒙古部落的南北夾擊。而退居西北的瓦剌則勢單力薄，左右搖擺，時而為明朝西北援手，時而又與吐魯番構亂西域。
《甘肅鎮戰守圖略》圖說中直接所指的防禦對象主要有兩個：
河套地區的蒙古部落，即文中“賊”“套賊”“套虜”之類稱呼所指。
西海地區的亦蔔剌部落，即文中“海賊”“達賊”“海寇”“西海達賊”之類稱呼所指。亦蔔剌原本是北方小王子部落的一支，因叛逃而占據西海，是以兩者都屬于蒙古部落，因而被共同稱作“虜患”。
在甘肅鎮的十三個衛所、城堡中，紅城子堡、莊浪衛、鎮羌堡、古浪守禦千戶所、鎮番衛、山丹衛、鎮夷守禦千戶所等七處的防禦對象主要為北方的小王子部落，西甯衛、涼州衛、永昌衛、甘州衛、高台守禦千戶所、肅州衛等六處的防禦對象主要為北方的小王子部落與西海的亦蔔剌部落。
甘肅鎮南部危機西甯衛，位于青海湟水谷地，在甘肅鎮東南部。
其北部為河西走廊，衛所沿長城一線分布，為其樹立起堅固的防禦屏障。從地理位置上看，西甯衛處在北方蒙古部落的侵犯範圍邊緣地帶，因而“昔年不經虜患”。
甘肅鎮的西甯危機始于正德四年。正德四年，蒙古部落中的酋長亦蔔剌與丞相阿爾秃廝獲罪其主，率衆奔出河套，占據西海，“自是甘肅、西甯始有海寇之患”。亦蔔剌、阿爾秃厮西逃之路主要在甘肅鎮一帶，範圍波及涼州、永昌、山丹、高台、鎮夷、肅州等地。
期間，西逃部隊一邊逃奔，一邊搶掠，在甘肅鎮境内攻破堡寨、殺掠兵民、搶奪牲畜、強搶糧草。至正德九年七月，亦蔔剌、阿爾秃廝二酋部落“攻破堡寨五十三，殺掠官軍并居民一千二百有奇，孳畜、器械、糧饷亡失以數萬計”。
亦蔔剌一行到達涼州時，強行要求在此住牧，并在涼州衛一帶進行了長達十多天的搶劫活動。之後，亦蔔剌南下占據西海，并搶奪西甯安定王等族诘印，緻使西甯番族散亡。亦蔔剌在北上侵擾河西甘肅鎮一帶的同時，也開始向東南侵擾，“春秋逐水草住牧，收冬踏河冰掠洮岷”。
嘉靖元年十一月，亦蔔剌寇岷州，至冷地略。對此，邊官在冷地峪西三岔築造城堡、駐紮官兵、儲備糧草，亦蔔剌的勢力仍繼續向西南擴充。嘉靖二年五月，亦蔔剌“糾合岷洮過河之艱，直逼鎮城”，其部落對河東地區也造成了威脅。
甘肅鎮總兵徐謙提議将原調河東遊兵遣歸河西，并調撥延綏、甯夏二鎮精兵六千，在蘭州、莊浪會集待命。但這個提議遭到了三邊總制侍郎李铖的反對。面對兩方争議，朝廷給出的建議是“令鎮巡官審度賦勢、相機慎動、務求萬全、無贻邊患”。其後，随着亦蔔剌退歸西海，三邊稍甯，各鎮兵馬也未有調動。李钺的觀點表明在嘉靖初期，西海達賊與北虜已經成為河東、河西共同的兩大邊患。
嘉靖初，位于北方的蒙古部落對青海地區發動多次征讨，試圖收歸西逃的亦蔔剌等部落。為得到更多的支援，亦蔔剌等部落一方面向明朝發出通貢請求，一方面與西部的吐魯番、帖木哥等部落聯合結親。嘉靖三年，亦蔔剌與土魯番聯合，常烏合而來，甘肅一帶邊情頻傳。
嘉靖十二年，小王子部落之一的吉囊渡河西，亦蔔剌部落大半被收搶，隻有蔔兒孩部落逃脫。之後，蔔兒孩向西南的四川、松潘一帶搶掠。從表面上看，甘肅鎮西甯一帶邊患稍安，但曾與蔔兒孩交往密切的帖木哥則成為潛在的西部邊患。
帖木哥，為沙州、罕東左衛番夷，自嘉靖七年後在肅州、高台等處住牧。其後不斷東遷，搬移至永昌山後、黃城兒等地，與西海亦蔔剌、蔔兒孩等部落往來密切。此前，帖木哥與蔔孩結親往來，并為蔔兒孩向朝廷請求納款通貢。
因而，蔔兒孩雖已遷出青海，但邊臣仍然有所擔憂。
甘肅鎮北部危機瓦剌，位于鞑靼西部，是土木堡之變的主要參與者。
土木堡之變後，瓦剌首領也先通過對其他部落強制性的聯絡整合，其勢力範圍迅速擴張，東至建州、兀良哈，西至赤斤蒙古、哈密，對整個九邊地區形成威脅态勢。但随着也先被殺，瓦剌内部開始分崩瓦解。
其後，鞑靼小王子達延汗統一東西蒙古，瓦剌散居至西域。随着甘肅鎮以西吐魯番勢力的擴張，瓦剌與吐魯番的關系也開始影響着甘肅鎮西面的邊防安危。弘治初期，吐魯番占據哈密。在巡撫許進的建議下，通過赍賞金帛，明朝與瓦剌部落中的火兒忽力、火兒古倒溫兩支部落達成合作，成功擊退吐魯番，使得哈密複國。
正德十一年，吐魯番再次占據哈密，并攻入嘉峪關，直犯肅州。此時，瓦剌部長蔔六王屯居把兒思闊，駐紮之地在哈密附近。時任肅州兵備的陳九疇便效法許進，納帑蔔六王進行軍事合作，乘虛攻破了吐魯番三座城池。最終，“土魯番畏逼，與之和”。
從事件的結果上來看，瓦剌對于甘肅鎮的西部防守起了積極作用，與明朝實作了互惠互利。但在過程中，雙方的軍事合作是以明朝賞賜金帛為條件，這種合作實際上是明朝在向瓦剌求援，更說明了明朝在邊防上的被動狀态。
之後，瓦剌轉而與吐魯番進行勾結，也正好說明瓦剌與明朝此前的共同防禦隻是基于利益上達成的暫時性合作。嘉靖七年，吐魯番進入甘肅境内搶掠。其在進犯肅州時，瓦剌二千多騎兵也在侵擾隊伍之中。關于此次進攻，瓦剌被懷疑為主導者，兵部奏議“或事出瓦剌，則斬瓦剌百人以贖罪”。
雖然吐魯番進犯肅州一事，并未确認瓦剌是否為真正的主導者，但明朝統治者對瓦剌失去了信任，瓦剌再次成為甘肅鎮的邊患之憂。
嘉靖九年，瓦剌與吐魯番因議婚一事産生仇隙，甘肅鎮巡官唐澤打算遣使赍賞，借此離間瓦剌與吐魯番的關系。而總制尚書王瓊則以無故赍賞，恐生事端為顧慮提出反對。最終，兵部決議“瓦剌叩關納款，量行犒賞，如其不來，不必遣使”。
明朝統治者并沒有強行招徕瓦剌，主要原因在于吐魯番己與明朝恢複通貢，雙方達成相對穩定和平的軍事關系，遣使招徕瓦剌的舉動會引起吐魯番的不滿，恐再生事端。但明朝統治者及官員深知瓦剌若與吐魯番再次聯合，防禦難度極大，因而對瓦剌還是抱有撫順之心，“如遇瓦剌歸附，即行賞赍撫綏，務得其歡心”氣之後，瓦剌内部分崩離析，勢力消退，已難以單獨對甘肅鎮造成威脅。
嘉靖十二年春，蒙古右翼三萬戶達延汗之孫吉囊率十萬餘衆住牧河套，本打算向河東深入，犯延綏、花馬池直搗京城。但因邊臣早已防備，各邊固守戒嚴。吉囊轉而向河西進攻，率五萬騎兵由野馬川渡河，擊敗亦不剌、蔔兒孩兩支部落。攻破西海之後，吉囊又轉而向東北搶掠，侵擾宣府、大同。
蒙古右翼部落的吉囊與俺答時常在花馬池、賀蘭山一帶住牧，在河西地區倏去倏來，其渡河向西海襲擊的目标直接指向蒙古部落内叛的蔔兒孩、亦蔔剌，并在擊敗二枝部落之後，旋即離開，而未占據西海。
這一時期，甘肅鎮常因北方蒙古部落收搶西海而遭受侵略。嘉靖二十一年秋，蒙古右翼部落之一的吉囊離世，俺答開始處于全盛時期，時常在河套地區擾亂。《甘肅鎮戰守圖略》中所指的“北虜”即是指蒙古右翼的俺答部落。