借由《甘肃镇战守图略》中的布防，审视明朝甘肃镇的边患危机。
《甘肃镇战守图略》为嘉靖二十三年，甘肃边官上呈至兵部的地方边防图，描绘的是甘肃镇十三处卫所城堡的边防危机与防守策略，旨在对西北边疆进行及时有效的军事防御。
明中期，甘肃镇在陕西三边中已过渡至防御的中心位置。
贺兰山成为蒙古部落南下入边的新路线，河西走廊北部烽火不息。
由于蒙古部落亦卜剌的南迁与嘉峪关外吐鲁番的东侵，甘肃镇南部与西部边患不宁。
这一时期，甘肃镇三面受困，边防形势严峻。而在以守为主的防御策略下，明朝舍弃哈密，并与吐鲁番恢复通贡关系。如此一来，在嘉靖二十三年，甘肃镇主要面临的边防危机是蒙古部落的南北夹击，而采取的防御手段则是依靠以长城为中心的防御工事，并选择性地将番族纳入防御体系之中。
甘肃镇孤悬西北边界，南、北、西三面与外境相接，面临着三边危机。
明初，蒙古部落虽北迁塞漠，但残余部落仍在九边一带盘旋住牧，时常越境犯边。因而，甘肃镇北边最先有警。弘治、正德年间，随着吐鲁番的东侵以及亦卜剌部落的南迁，甘肃镇西边与南边出现新的边患危机。
嘉靖初，哈密卫失守不复，甘肃镇西边藩篱己撤。同时，北方蒙古部落开始南下征讨，甘肃镇受到蒙古部落的南北夹击。嘉靖八年，随着吐鲁番与明朝恢复通贡关系，嘉峪关以西边患稍息。至嘉靖二十三年，甘肃镇的主要防御对象是蒙古部落，主要防御方向在南、北两边。
蒙古部落南北夹击甘肃镇东接兰州、西至嘉峪关。除西宁卫外，镇内卫所沿河西走廊东西一线分布，南北有山川包围，均与外境接壤。其中，嘉峪关外设有羁縻卫所，以哈密卫为西部藩篱，与西域连接联络。
西宁卫，在湟中地区，位于庄浪卫以南，与安定、曲先、阿端、罕东右等藩篱卫所相邻，并有番族住牧。因而，甘肃镇“以一线之路，孤悬几二千里，西控西域，南隔羌戎，北遮胡虏”？，其战略地位明显。《皇明九边考》绘有《甘肃边图》，此图虽绘制于嘉靖二十年，但实际上反映的是明嘉靖前甘肃镇的边防局势。
图中在甘肃镇外南、北、西三面分别图注有土达、瓦剌。所谓“土达”，网上普遍认为其指生活在甘宁青地区的蒙古人，基本是在明朝西征过程中归顺或降服于明朝的蒙古部众，被安置在中国内地住牧，不再逐水草而移徙。
《甘肃镇战守图略》之《西宁图说》中所述的南部番族即属于土达。瓦剌，属于北方蒙古部落的一支，正统年间达到全盛。景泰至成化年间，内部分裂瓦解，逐渐向西北迁徙。在《甘肃边图》中，瓦剌即位于甘肃镇西北方向，与哈密相近。
哈密，属于明代在西北所设的羁縻卫所，位于嘉峪关外，负责管控西域地区。在嘉靖前，土达、瓦剌与哈密在一定程度上可视作甘肃镇的南、北、西三边的防御屏障。
嘉靖初，西海亦卜剌、北虏小王子、西番土鲁番为甘肃镇的三大防御对象，共同构成甘肃镇的三边危机。
嘉靖中期，随着吐鲁番与明朝恢复通贡关系，甘肃镇的西边危机暂时解除，南北两边烽火不息。此一时期，“北虏倏去倏来，南番坐守之夷耳，惟土鲁番自两犯甘肃以来，累肆荼毒渐不可长”。
因而，嘉靖二十三年时，甘肃镇的边防危机主要来自南北两边的蒙古部落。以正德四年为时间节点，甘肃镇前期的防御对象主要是来自河套地区的小王子部落，后期则是受到西海地区的亦卜剌部落与河套北部的蒙古部落的南北夹击。而退居西北的瓦剌则势单力薄，左右摇摆，时而为明朝西北援手，时而又与吐鲁番构乱西域。
《甘肃镇战守图略》图说中直接所指的防御对象主要有两个：
河套地区的蒙古部落，即文中“贼”“套贼”“套虏”之类称呼所指。
西海地区的亦卜剌部落，即文中“海贼”“达贼”“海寇”“西海达贼”之类称呼所指。亦卜剌原本是北方小王子部落的一支，因叛逃而占据西海，所以两者都属于蒙古部落，因而被共同称作“虏患”。
在甘肃镇的十三个卫所、城堡中，红城子堡、庄浪卫、镇羌堡、古浪守御千户所、镇番卫、山丹卫、镇夷守御千户所等七处的防御对象主要为北方的小王子部落，西宁卫、凉州卫、永昌卫、甘州卫、高台守御千户所、肃州卫等六处的防御对象主要为北方的小王子部落与西海的亦卜剌部落。
甘肃镇南部危机西宁卫，位于青海湟水谷地，在甘肃镇东南部。
其北部为河西走廊，卫所沿长城一线分布，为其树立起坚固的防御屏障。从地理位置上看，西宁卫处在北方蒙古部落的侵犯范围边缘地带，因而“昔年不经虏患”。
甘肃镇的西宁危机始于正德四年。正德四年，蒙古部落中的酋长亦卜剌与丞相阿尔秃廝获罪其主，率众奔出河套，占据西海，“自是甘肃、西宁始有海寇之患”。亦卜剌、阿尔秃厮西逃之路主要在甘肃镇一带，范围波及凉州、永昌、山丹、高台、镇夷、肃州等地。
期间，西逃部队一边逃奔，一边抢掠，在甘肃镇境内攻破堡寨、杀掠兵民、抢夺牲畜、强抢粮草。至正德九年七月，亦卜剌、阿尔秃廝二酋部落“攻破堡寨五十三，杀掠官军并居民一千二百有奇，孳畜、器械、粮饷亡失以数万计”。
亦卜剌一行到达凉州时，强行要求在此住牧，并在凉州卫一带进行了长达十多天的抢劫活动。之后，亦卜剌南下占据西海，并抢夺西宁安定王等族诘印，致使西宁番族散亡。亦卜剌在北上侵扰河西甘肃镇一带的同时，也开始向东南侵扰，“春秋逐水草住牧，收冬踏河冰掠洮岷”。
嘉靖元年十一月，亦卜剌寇岷州，至冷地略。对此，边官在冷地峪西三岔筑造城堡、驻扎官兵、储备粮草，亦卜剌的势力仍继续向西南扩展。嘉靖二年五月，亦卜剌“纠合岷洮过河之艰，直逼镇城”，其部落对河东地区也造成了威胁。
甘肃镇总兵徐谦提议将原调河东游兵遣归河西，并调拨延绥、宁夏二镇精兵六千，在兰州、庄浪会集待命。但这个提议遭到了三边总制侍郎李铖的反对。面对两方争议，朝廷给出的建议是“令镇巡官审度赋势、相机慎动、务求万全、无贻边患”。其后，随着亦卜剌退归西海，三边稍宁，各镇兵马也未有调动。李钺的观点表明在嘉靖初期，西海达贼与北虏已经成为河东、河西共同的两大边患。
嘉靖初，位于北方的蒙古部落对青海地区发动多次征讨，试图收归西逃的亦卜剌等部落。为得到更多的支援，亦卜剌等部落一方面向明朝发出通贡请求，一方面与西部的吐鲁番、帖木哥等部落联合结亲。嘉靖三年，亦卜剌与土鲁番联合，常乌合而来，甘肃一带边情频传。
嘉靖十二年，小王子部落之一的吉囊渡河西，亦卜剌部落大半被收抢，只有卜儿孩部落逃脱。之后，卜儿孩向西南的四川、松潘一带抢掠。从表面上看，甘肃镇西宁一带边患稍安，但曾与卜儿孩交往密切的帖木哥则成为潜在的西部边患。
帖木哥，为沙州、罕东左卫番夷，自嘉靖七年后在肃州、高台等处住牧。其后不断东迁，搬移至永昌山后、黄城儿等地，与西海亦卜剌、卜儿孩等部落往来密切。此前，帖木哥与卜孩结亲往来，并为卜儿孩向朝廷请求纳款通贡。
因而，卜儿孩虽已迁出青海，但边臣仍然有所担忧。
甘肃镇北部危机瓦剌，位于鞑靼西部，是土木堡之变的主要参与者。
土木堡之变后，瓦剌首领也先通过对其他部落强制性的联络整合，其势力范围迅速扩张，东至建州、兀良哈，西至赤斤蒙古、哈密，对整个九边地区形成威胁态势。但随着也先被杀，瓦剌内部开始分崩瓦解。
其后，鞑靼小王子达延汗统一东西蒙古，瓦剌散居至西域。随着甘肃镇以西吐鲁番势力的扩张，瓦剌与吐鲁番的关系也开始影响着甘肃镇西面的边防安危。弘治初期，吐鲁番占据哈密。在巡抚许进的建议下，通过赍赏金帛，明朝与瓦剌部落中的火儿忽力、火儿古倒温两支部落达成合作，成功击退吐鲁番，使得哈密复国。
正德十一年，吐鲁番再次占据哈密，并攻入嘉峪关，直犯肃州。此时，瓦剌部长卜六王屯居把儿思阔，驻扎之地在哈密附近。时任肃州兵备的陈九畴便效法许进，纳帑卜六王进行军事合作，乘虚攻破了吐鲁番三座城池。最终，“土鲁番畏逼，与之和”。
从事件的结果上来看，瓦剌对于甘肃镇的西部防守起了积极作用，与明朝实现了互惠互利。但在过程中，双方的军事合作是以明朝赏赐金帛为条件，这种合作实际上是明朝在向瓦剌求援，更说明了明朝在边防上的被动状态。
之后，瓦剌转而与吐鲁番进行勾结，也正好说明瓦剌与明朝此前的共同防御只是基于利益上达成的暂时性合作。嘉靖七年，吐鲁番进入甘肃境内抢掠。其在进犯肃州时，瓦剌二千多骑兵也在侵扰队伍之中。关于此次进攻，瓦剌被怀疑为主导者，兵部奏议“或事出瓦剌，则斩瓦剌百人以赎罪”。
虽然吐鲁番进犯肃州一事，并未确认瓦剌是否为真正的主导者，但明朝统治者对瓦剌失去了信任，瓦剌再次成为甘肃镇的边患之忧。
嘉靖九年，瓦剌与吐鲁番因议婚一事产生仇隙，甘肃镇巡官唐泽打算遣使赍赏，借此离间瓦剌与吐鲁番的关系。而总制尚书王琼则以无故赍赏，恐生事端为顾虑提出反对。最终，兵部决议“瓦剌叩关纳款，量行犒赏，如其不来，不必遣使”。
明朝统治者并没有强行招徕瓦剌，主要原因在于吐鲁番己与明朝恢复通贡，双方达成相对稳定和平的军事关系，遣使招徕瓦剌的举动会引起吐鲁番的不满，恐再生事端。但明朝统治者及官员深知瓦剌若与吐鲁番再次联合，防御难度极大，因而对瓦剌还是抱有抚顺之心，“如遇瓦剌归附，即行赏赍抚绥，务得其欢心”气之后，瓦剌内部分崩离析，势力消退，已难以单独对甘肃镇造成威胁。
嘉靖十二年春，蒙古右翼三万户达延汗之孙吉囊率十万余众住牧河套，本打算向河东深入，犯延绥、花马池直捣京城。但因边臣早已防备，各边固守戒严。吉囊转而向河西进攻，率五万骑兵由野马川渡河，击败亦不剌、卜儿孩两支部落。攻破西海之后，吉囊又转而向东北抢掠，侵扰宣府、大同。
蒙古右翼部落的吉囊与俺答时常在花马池、贺兰山一带住牧，在河西地区倏去倏来，其渡河向西海袭击的目标直接指向蒙古部落内叛的卜儿孩、亦卜剌，并在击败二枝部落之后，旋即离开，而未占据西海。
这一时期，甘肃镇常因北方蒙古部落收抢西海而遭受侵略。嘉靖二十一年秋，蒙古右翼部落之一的吉囊离世，俺答开始处于全盛时期，时常在河套地区扰乱。《甘肃镇战守图略》中所指的“北虏”即是指蒙古右翼的俺答部落。