朱棣造反是經過長期醞釀的一次兵變，主要的原因是朱棣不服朱允炆，導火索是朱允炆削藩。朱元璋在建立明朝以後就恢複了漢朝大封親王的做法，曆史上隻有一個漢高祖劉邦和朱元璋的出身如此低微，是以朱元璋很多時候都以劉邦為榜樣，在大封藩王這件事情上也是學習劉邦。
但是他就沒有仔細考慮考慮為什麼漢朝會發生七國之亂，以及後世的西晉為什麼會發生八王之亂。當時有個人給朱元璋提過醒，如果大封藩王，幾代以後尾大不掉，必然會發生嚴重的内亂，朱元璋不但不聽還把此人下獄。
但是事實的發展果然不出這個人的所料，朱元璋先後分封了24個兒子和1個孫子為藩王，駐守在各地。第一代藩王的能力素質都比較高，很多都是朱元璋親自教導的，或者宴請名師教育的，這些人就任藩王以後都還能夠勝任。這對朱元璋來說是很好的消息，說明自己的決策是正确的，于是堅定了封王的決心。
朱元璋本身對長子朱标是非常看重的，請來名師進行教育，自己也言傳身教，給朱标傳授治國理政的經驗，這使朱标成長很快，但是不幸的是，朱标在朱元璋之前就病死了。這一下，讓朱元璋的傳位計劃落空了。
朱元璋雖然很難過，但是還要繼續重新立儲，最後确定立朱标的長子朱允炆，這對朱棣是個很沉重的打擊，他本想朱标死了，自己就有希望了，不料會出現這樣的局面。
朱元璋為了防止朝臣弄權，規定藩王可以疑問中央捉拿奸臣，必要時候可以奉天子“密诏”靖難，同時為了防止藩王作亂，也允許後世皇帝削藩。當時朱元璋分封的諸王中秦王、晉王和燕王的實力最大。
建文帝即位以後，立即開始削藩，先後廢掉或者殺掉了周王、代王、齊王、湘王，還把燕王朱棣的精銳騎兵調走，準備對朱棣下手。朱棣聽取了姚廣孝的建議殺死了朱允炆派來逮捕朱棣的官員，以“清君側，靖内難”的名義起兵造反。
這時候在明王朝内部就開始分化了，朱允炆和朱棣是對立的兩派，其餘諸王特别是其中的實力派是雙方争取的對象，但是這些藩王也知道這次事件是因為削藩引起的，如果支援建文帝，鎮壓了朱棣，那自己也不會有好結果，是以公開支援建文帝的就兩個——遼王和谷王。
而暗中支援朱棣的就比較多了，那些被廢的王——周王、代王、齊王、岷王——全都支援朱棣。
朱棣知道甯王手下有一支精銳騎兵——朵顔三衛，甯王還在朱棣和朱允炆之間猶豫不定。于是朱棣就親自去見甯王，見到甯王以後，朱棣一把鼻涕一把淚地哭訴自己的苦衷，要求甯王給自己說情，自己這樣做都是被逼的。
甯王失去了警惕性，此時和朱棣一起來的人早就把朵顔三衛的人收買了。幾天後，甯王在城外給朱棣餞行，突然伏兵四起，朵顔三衛也歸順燕王了。甯王被劫持，被迫支援燕王了。朱棣也得到了8萬精銳騎兵。
秦王和晉王都已經到第二代了，他們的實力也不弱，是以對建文帝持支援态度，但是也沒有挽回建文帝的敗局。
就這樣，朱棣打到了南京，奪取了政權。朱元璋當年定下的分封諸王，夾輔中央的政策沒有效果，反而引發了内亂。