在民國軍閥中，西北的馬家軍絕對算是一個奇葩的存在。馬家軍實力一般，但名氣極大，就網上的“罵名”而言，如果他們說第二，沒人敢稱第一。最重要的是大家肯定想不到在民國反動透頂的馬家軍，祖上還都是國之棟梁般的大英雄，在維護國家統一、抗擊外敵上都立有大功。
馬家軍最早是同治年間陝甘之亂中的河州叛軍，其始祖馬占鳌在太子寺之役中殺得左宗棠丢盔棄甲，一戰擊斃清軍主帥2名，将佐多達140餘人，因而被左宗棠賞識，吸納進湘軍系統，并一步步成為清廷在西北的代理人。
受太平天國之亂的影響，西北在同治年間也爆發了大規模的叛亂。清廷起先從東南戰場上抽調八旗猛将多隆阿赴西北平亂，可是就在陝西的亂軍即将被剿滅殆盡之時，多隆阿卻在陣前被流矢擊中頭部，不治身亡，這樣平亂的擔子就壓到了左宗棠的肩上。
同治八年太平軍被覆滅後，清軍終于有了喘息之機，左宗棠全面展開了對叛軍的鎮壓。當時陝西叛亂已基本肅清，甘肅的叛軍主要分為四大股，其中又以金積堡的馬化龍為核心。
左宗棠調集多路大軍，用了一年多的時間攻克了金積堡，淩遲處死了馬化龍父子，随後又兵發三路，對河州叛軍首領馬占鳌進行了圍剿。清軍掃清了外圍的關口後，在河州城的門戶太子寺與叛軍展開了決戰。
左宗棠
“集結了三萬多大兵，以六位提督，十三位總兵，分統各路清軍，意欲一鼓盡殲馬占鳌所部”
。然而馬占鳌卻用“黑虎掏心”戰術，趁夜在清軍前右兩營中間建起了三座堡壘。
清軍提督傅先宗在指揮進攻時被馬占鳌的副手馬海宴一槍斃命，主帥陣亡，傅部潰不成軍，棄營而逃。次日，提督徐文秀率部來援，不料又中了叛軍的埋伏，在黨川堡遇害。清軍兩日内連失兩位主帥，部隊人心惶惶，馬占鳌則乘機反撲，清軍幾不成軍，全線潰敗。
叛軍大獲全勝，可馬占鳌卻沒有乘勝追擊，反而遞上了求撫案帖。為了表示投誠的決心，
“馬占鳌共繳馬匹四千有奇，槍矛一萬四千有奇”，
并且按照左宗棠的要求，派遣長子馬五七與馬海宴等頭領兒子前往清軍安定大營晉見左宗棠，史稱“十大少爺進安定”。
左宗棠自進甘以來，親眼目睹了這個西北大省的糜爛腐敗，
“甘肅之軍，不能衛民，反以擾民；甘肅之官，不能治民，反激民為亂”
。他認為解決西北亂軍必須啟用新人，而馬占鳌兵勝投降，正中左宗棠的下懷。
在招降過程中，馬占鳌父子舉止從容、談吐有度，給左宗棠留下了深刻的印象，并私下對幕僚說道：
“馬占鳌固回中之傑，其子亦非凡品。将來彈壓河州，其在馬氏父子乎”
。果不其然，馬占鳌的人馬被收編為馬旗三隊後，立刻調轉槍頭，在西甯戰役中誘捕了叛軍首領、宗教領袖馬桂源。
馬占鳌的“投降”路線在客觀上造成了西北穆斯林上層的分裂，以馬占鳌為首的軍事集團與反清的宗教勢力之間進行了長達二十餘年的鬥争，而這期間清廷在西北的壓力驟減，再無大規模叛亂發生。
随着清政府對邊疆控制力的不斷減弱，馬占鳌父子依靠中央“合法”權威逐漸崛起，不僅成為清政府在西北的代理人，鎮壓各地叛亂，還一度被倚圍國家支柱。庚子事變中，馬福祥血戰正陽門，壯烈殉國。兩宮太後西逃時，馬安良率隊北上勤王，立下汗馬功勞。
民國初年，受外蒙獨立影響，内蒙也爆發叛亂，甯夏總兵馬福祥親自率兵赴河套，設計誘捕匪首旺德呢瑪和僞皇帝達爾六吉。青海馬家軍的創始人馬麒在抵抗英國人的滲透，穩定青海和西藏上都有貢獻，遺憾地是馬家軍傳到第三代卻都成了反動軍閥頭子。