在中國曆史上，漕運是指王朝把各地的賦糧運到京城。漕運可以是陸道，可以是河道，也可以是海道，那是指漕運所采用的主要運輸方式。實際上漕糧運到京師往往是水陸聯運，甚至幾經轉手。隋唐以來，中國經濟重心南移，南方盛産糧食，但京師往往在北方，是以漕運也就成了南糧北調的一種特殊形式。例如北宋的京師在開封，當時的漕糧就是通過運河和陸道聯運的辦法而運到開封的。
一、元代的漕運以海運為主
海上運糧，早在春秋戰國時候就已經有了，船隻來往于沿海各地之間，一般途程較近。唐朝時候，朝廷也已經調運南方的糧食到河朔和遼東，不過那不是漕運，也不是經常進行的。元代，京師設在大都，需要大量的糧食，而當時海運的條件又比較成熟，海道漕運便得到了空前的發展。
當1276年伯顔攻下臨安以後，漕運問題就提到議事日程上了。
開始的時候，江浙一帶的漕糧中在揚州，沿古運河北上，在淮安由淮河入黃河，溯流至中灤(今河南省封丘西南)，從中灤以下，則又改由陸路運至淇門(今河南省浚縣西南)，再入禦河(今衛河)，抵達通州，從通州又轉陸路抵達大都，這是以河道為主，水陸聯運。
河道迂回，水陸轉運中又要裝卸三次，十分不友善。為了縮減從淮安到中灤的水道和從中灤到淇門的陸道，1282年修浚濟州河、渡水、泗水等河水，使漕船從淮安繼續北上進入大清河，再由利津(今屬山東)入渤海至直沽。這樣，全程幾乎都是水運，隻留下從通州到大都一小段是陸運。但是濟州河的修浚不深，利津入海口又容易淤塞，是以這條路線的運輸量仍然不大。當時還曾在山東半島開鑿從膠州(今膠縣)到萊州(治所在掖縣)的運河，但遇到地層岩石堅固的地段，不能深鑿，河水太淺，最後也隻好放棄。
二、元代的海漕每年春夏運兩次
河道不便，當時的丞相伯顔就想起了海道。1276年他攻下臨安以後就指令屬下把南宋的庫藏、圖籍和貨物從海道運到了大都。1282年，伯顔見河運效果不好，便奏請試用海運，得到忽必烈的允準。這年試運才四萬六千餘石。而且由于“風汛失時”，第二年才到達直沾。可是，海運一旦打通，就顯得比河運便捷得多，因而不久就成了漕糧的主要運道。原先陸運挽輸的勞苦，基本上可以避免了。
元代的海漕每年春夏運兩次。
1289年時，海運漕糧九十三萬五千石，抵岸九十一萬九千九百四十三石，已占了全部漕糧的多數。1290年，海漕增至一百五十餘萬石。到1292年，大都已積儲了豐盈的糧食。從1309年起，年運二百萬石以上。從1319年起，年運經常在三百萬石以上。在大都生活的人，上至皇帝，下至百姓，人們的食糧大多依靠海道從南方運來。
當然，皇帝以及貴族官僚吃的是上等好糧。元廷規定每年必須“上供”白梗米和香莎糯米各五萬石。不過，元朝的皇帝懂得，要吃到江南的好米很不容易。據說皇帝進膳時習慣上總由禦廚先端上黃梁，以示不忘前此的某種困乏。
三、元廷對海運十分重視，設有專門的機構進行管理
1291年，有關機構歸并為二個海道都漕運萬戶府。當時的萬戶是朱清和張瑄。朱、張兩人原來是海盜頭目，後來歸附元朝，在開創和經管海運方面有很大的功勞。元廷給他以高官厚祿，他們靠經管海運起家，成了江南富豪。
他們盛時，“弟侄甥婿皆大官，田園宅館遍天下，庫藏倉胰相望，巨艘大舶帆交蕃夷中。”忽必烈甚至一度特許他們自印紙鈔。朱清、張瑄稱霸江南，到1302年才被元成宗治罪。第二年，元延改置一個海道運糧萬戶府。但這以後，海運官吏仍然得到朝廷的優遇。“漕臣之長，必天下重望”，來往京師可用驿站，俸祿也特别優厚。漕吏也成了元代吏職中的肥缺。
四、造船和航海技術為海運提供了條件
海運的發達無疑是由于元廷需要南糧而給予了特别的注意。同時，當時在造船和航海的技術上也為這樣的海運提供了條件。
海運大約多用樓船。這是一種尖底的三桅帆船，兩頭各置一舵二槳，前後對稱，上蓋望樓。由于形制如樓，稱樓船。在遇到風暴時，轉帆困難，這種樓船可以首尾互換，靈活運用。海運的船，起初小船隻能載三百石，大船最多載一千石。随着運糧的大幅度増加，運船也就越造越大，延祐(1314—1320)以梢後，最大的船可以裝到八九千石。在每一艘航船上，都有“慣熟工”“憑針路定向行船，仰觀天象以蔔明晦”。他們對于海道上的潮汛、風信、天象等的變化規律都有仔細的觀察和切實的認識。
從劉家港(今江蘇太倉縣浏河鎮)開洋去到直沽的針路，也一再得到改進。開始是沿海岸線航行，旁山依墺，曲折危險，航期需兩月有餘。最後是船到三沙、崇明後即進入黑水洋，在深水中越過東海(今黃海)，再繞山東半島尖端進入渤海灣，航道便捷，順風十天便可走完全程。在海上航行，風濤變幻無窮，是比較危險的。但由于當時具有較高的造船和航海技術，又不斷改進航道，是以海運事故很少，每年的漕船絕大多數都能安全抵達。
五、海運對船戶來說是有利可圖的
大規模的海運需要保持一千幾百艘海船和數以萬計的船上人手。起初，得自南宋的戰船和為了出征海外而造的戰船都有轉用于海運的。後來大部分海船由“近海有力之家”承造，同時也由官府直接營造一部分。船上人手大量的是水手，起初有不少是軍人，後來主要從民間勾括得來。至于火長(掌管指南針的導航員)、大工(舵工)、碇手等技術人員，則是由船主高價招募而來的。
為了保證海船的提供和水手的差使，元廷在戶籍中專門編定了船戶和海道梢水戶。船戶是中上人家，需為元廷用自己的資财造船，以供海運。海道梢水戶是中下人家，需為元廷出壯丁充當水手。這兩種戶計都免去雜泛差役。據1292年的規定，出梢工水手的人戶，每戶還發給五人的口糧。
當海運初興的時候，運米一石，官府支給船戶腳價中統鈔八兩五錢，相當于江南一石米價的兩三倍，腳鈔甚至預支。船戶造一隻一千料的海船，用工料錢約需一百錠，而運糧一千石，可得腳價一百七十錠。是以，當時海運對船戶來說是有利可圖的。
以後腳價有減有加，但由于物價不斷上漲，腳價實際上越來越低，加上管理海運的官吏貪吞腳價，或拖延支發，這就使不少船戶收支不能平衡，越來越貧乏。
到了元代後期，海道上盜賊出沒，漕船常遭劫掠。元廷規定，船存糧失，由船主在下一年運賠。對于一般船戶來說，一且遇上遭劫的厄運，自然就難以生存下去了。隻有少數富豪船戶，與官吏相勾結，反而從中得利或假報船隻複溺，吞沒官糧或夾帶船隻，走私軍利或把自己造船運糧的負擔轉嫁于他人。至于水手，他們家人的口糧也經常遭到官吏的克扣，他們的生活自然就十分艱難，恰與富豪船戶形成了鮮明的對照。然而，正是數以萬計的水手們每年冒着海上的風浪把南糧運到大都，維持了大都的糧食供應。