在中国历史上，漕运是指王朝把各地的赋粮运到京城。漕运可以是陆道，可以是河道，也可以是海道，那是指漕运所采用的主要运输方式。实际上漕粮运到京师往往是水陆联运，甚至几经转手。隋唐以来，中国经济重心南移，南方盛产粮食，但京师往往在北方，因此漕运也就成了南粮北调的一种特殊形式。例如北宋的京师在开封，当时的漕粮就是通过运河和陆道联运的办法而运到开封的。
一、元代的漕运以海运为主
海上运粮，早在春秋战国时候就已经有了，船只来往于沿海各地之间，一般途程较近。唐朝时候，朝廷也已经调运南方的粮食到河朔和辽东，不过那不是漕运，也不是经常进行的。元代，京师设在大都，需要大量的粮食，而当时海运的条件又比较成熟，海道漕运便得到了空前的发展。
当1276年伯颜攻下临安以后，漕运问题就提到议事日程上了。
开始的时候，江浙一带的漕粮中在扬州，沿古运河北上，在淮安由淮河入黄河，溯流至中滦(今河南省封丘西南)，从中滦以下，则又改由陆路运至淇门(今河南省浚县西南)，再入御河(今卫河)，抵达通州，从通州又转陆路抵达大都，这是以河道为主，水陆联运。
河道迂回，水陆转运中又要装卸三次，十分不方便。为了缩减从淮安到中滦的水道和从中滦到淇门的陆道，1282年修浚济州河、渡水、泗水等河水，使漕船从淮安继续北上进入大清河，再由利津(今属山东)入渤海至直沽。这样，全程几乎都是水运，只留下从通州到大都一小段是陆运。但是济州河的修浚不深，利津入海口又容易淤塞，所以这条路线的运输量仍然不大。当时还曾在山东半岛开凿从胶州(今胶县)到莱州(治所在掖县)的运河，但遇到地层岩石坚固的地段，不能深凿，河水太浅，最后也只好放弃。
二、元代的海漕每年春夏运两次
河道不便，当时的丞相伯颜就想起了海道。1276年他攻下临安以后就命令属下把南宋的库藏、图籍和货物从海道运到了大都。1282年，伯颜见河运效果不好，便奏请试用海运，得到忽必烈的允准。这年试运才四万六千余石。而且由于“风汛失时”，第二年才到达直沾。可是，海运一旦打通，就显得比河运便捷得多，因而不久就成了漕粮的主要运道。原先陆运挽输的劳苦，基本上可以避免了。
元代的海漕每年春夏运两次。
1289年时，海运漕粮九十三万五千石，抵岸九十一万九千九百四十三石，已占了全部漕粮的多数。1290年，海漕增至一百五十余万石。到1292年，大都已积储了丰盈的粮食。从1309年起，年运二百万石以上。从1319年起，年运经常在三百万石以上。在大都生活的人，上至皇帝，下至百姓，人们的食粮大多依靠海道从南方运来。
当然，皇帝以及贵族官僚吃的是上等好粮。元廷规定每年必须“上供”白梗米和香莎糯米各五万石。不过，元朝的皇帝懂得，要吃到江南的好米很不容易。据说皇帝进膳时习惯上总由御厨先端上黄梁，以示不忘前此的某种困乏。
三、元廷对海运十分重视，设有专门的机构进行管理
1291年，有关机构归并为二个海道都漕运万户府。当时的万户是朱清和张瑄。朱、张两人原来是海盗头目，后来归附元朝，在开创和经管海运方面有很大的功劳。元廷给他以高官厚禄，他们靠经管海运起家，成了江南富豪。
他们盛时，“弟侄甥婿皆大官，田园宅馆遍天下，库藏仓胰相望，巨艘大舶帆交蕃夷中。”忽必烈甚至一度特许他们自印纸钞。朱清、张瑄称霸江南，到1302年才被元成宗治罪。第二年，元延改置一个海道运粮万户府。但这以后，海运官吏仍然得到朝廷的优遇。“漕臣之长，必天下重望”，来往京师可用驿站，俸禄也特别优厚。漕吏也成了元代吏职中的肥缺。
四、造船和航海技术为海运提供了条件
海运的发达无疑是由于元廷需要南粮而给予了特别的注意。同时，当时在造船和航海的技术上也为这样的海运提供了条件。
海运大约多用楼船。这是一种尖底的三桅帆船，两头各置一舵二桨，前后对称，上盖望楼。由于形制如楼，称楼船。在遇到风暴时，转帆困难，这种楼船可以首尾互换，灵活运用。海运的船，起初小船只能载三百石，大船最多载一千石。随着运粮的大幅度増加，运船也就越造越大，延祐(1314—1320)以梢后，最大的船可以装到八九千石。在每一艘航船上，都有“惯熟工”“凭针路定向行船，仰观天象以卜明晦”。他们对于海道上的潮汛、风信、天象等的变化规律都有仔细的观察和切实的认识。
从刘家港(今江苏太仓县浏河镇)开洋去到直沽的针路，也一再得到改进。开始是沿海岸线航行，旁山依墺，曲折危险，航期需两月有余。最后是船到三沙、崇明后即进入黑水洋，在深水中越过东海(今黄海)，再绕山东半岛尖端进入渤海湾，航道便捷，顺风十天便可走完全程。在海上航行，风涛变幻无穷，是比较危险的。但由于当时具有较高的造船和航海技术，又不断改进航道，因此海运事故很少，每年的漕船绝大多数都能安全抵达。
五、海运对船户来说是有利可图的
大规模的海运需要保持一千几百艘海船和数以万计的船上人手。起初，得自南宋的战船和为了出征海外而造的战船都有转用于海运的。后来大部分海船由“近海有力之家”承造，同时也由官府直接营造一部分。船上人手大量的是水手，起初有不少是军人，后来主要从民间勾括得来。至于火长(掌管指南针的导航员)、大工(舵工)、碇手等技术人员，则是由船主高价招募而来的。
为了保证海船的提供和水手的差使，元廷在户籍中专门编定了船户和海道梢水户。船户是中上人家，需为元廷用自己的资财造船，以供海运。海道梢水户是中下人家，需为元廷出壮丁充当水手。这两种户计都免去杂泛差役。据1292年的规定，出梢工水手的人户，每户还发给五人的口粮。
当海运初兴的时候，运米一石，官府支给船户脚价中统钞八两五钱，相当于江南一石米价的两三倍，脚钞甚至预支。船户造一只一千料的海船，用工料钱约需一百锭，而运粮一千石，可得脚价一百七十锭。所以，当时海运对船户来说是有利可图的。
以后脚价有减有加，但由于物价不断上涨，脚价实际上越来越低，加上管理海运的官吏贪吞脚价，或拖延支发，这就使不少船户收支不能平衡，越来越贫乏。
到了元代后期，海道上盗贼出没，漕船常遭劫掠。元廷规定，船存粮失，由船主在下一年运赔。对于一般船户来说，一且遇上遭劫的厄运，自然就难以生存下去了。只有少数富豪船户，与官吏相勾结，反而从中得利或假报船只复溺，吞没官粮或夹带船只，走私军利或把自己造船运粮的负担转嫁于他人。至于水手，他们家人的口粮也经常遭到官吏的克扣，他们的生活自然就十分艰难，恰与富豪船户形成了鲜明的对照。然而，正是数以万计的水手们每年冒着海上的风浪把南粮运到大都，维持了大都的粮食供应。