《金陵十三钗》這部電影因其獨特的藝術性廣受好評，影片中金陵十三钗在家國危難之時，挺身而出，為了保護女學生，甘願代替她們承受日寇的侮辱，令無數的人為之感動。
1937年，盧溝橋事變爆發，日軍開始了全面侵華戰争，在占領上海後，日軍急速南下，意圖占領南京。中國立馬派出軍隊攔截，進行南京保衛戰。蔣介石調動了從上海撤退的軍隊，可誰知由于指令下達過于倉促，軍隊從上海撤離時沒能完成交接工作，又趕上日軍大規模空襲，組織潰散隻好倉皇逃走，更加無法到達南京進行防禦作戰，日軍趁着這個空隙大舉進犯，南京守備軍雖然苦苦抵抗，然後不敵日軍火力威猛，南京城很快淪陷了。
12月，日軍占領了南京，日軍司令官松井石根和師團長古壽夫傳下指令，對南京同胞展開了慘絕人寰的大屠殺，長達四十多天的時間裡，他們燒殺搶掠，沒有反擊之力的百姓們被日軍殘忍的殺害，幸存的人也隻能東躲西藏以求一線生機。
故事就這樣開始了，金陵十三钗本是秦淮河岸的煙花女子，為了躲避日軍的殘殺，主人公玉墨帶着姐妹們逃到了一家國際友人資助的教堂中。當時有許多的國際友人，向中國伸出援手，比如德國人貝拉，他是西門子中國分部的負責人，雖然他隻是一個普通的從業人員，但是他的國籍身份成為他最好的保護傘，讓他在中國擁有一定地位和号召力，因為德國身份可以讓日本人将他當作“同盟”不至于被迫害，貝拉就憑借這個友善和妻子在公司裡為中國同僚及家人提供避難所和食物。
教堂由于是國外的教派，神父也是外國人，是以還是一個相對安全的地方，玉墨帶着姐妹們到了一所國際友人修建主持的教堂避難，但是卻不想神父拒絕了她們這群煙花女子，怎麼也不肯讓他們進教堂，還讓人把她們攔在外面，無論玉墨等人如何苦苦哀求，神父都不肯松口。
玉墨等人隻為了活命，無奈之下，她重重地向神父下跪，真誠地向他懇求：自己一行人的确身份卑賤，但她們并不是自輕自賤，實屬無法生存才被迫走上了這條道路，如今日寇猖行，如果流落在外面，等待她們的就隻有一死，希望神父能給她們一個庇護之所，除此之外别無他求。
神父低頭沉思了一會，教堂本就是拯救世人的所在，自己的職責也是幫助世人脫離苦難，若是真的放任她們在亂世之中自生自滅，才是違背了本意。于是，神父答應了玉墨，玉墨十分感激地再次向神父下跪。
就這樣，金陵十三钗終于進入了教堂，此時在教堂中避難的還有一群女學生。這些女學生不谙世事，有些瞧不起玉墨這些煙花女子。她們讀過書，受過好的教育，生存在一個比較單純的環境中，是以不了解在亂世之中，玉墨等人也是走投無路，才淪落這般地步，并非是貪圖錢财才出賣自己的身體。雙方在教堂中避難的日子，發生了不少沖突，然而這些摩擦在日寇暴行給大家帶來的沖擊中顯得那麼微不足道。
瘋狂的日軍早已在這場屠殺中泯滅了人性，終于把魔爪伸向了玉墨等人避難的教堂，一個清晨，日軍闖進了教堂。當時教堂中還有幾位受傷的中國士兵，日寇一進入教堂，立馬殺害了這些士兵，緊接着就試圖殘害這些女學生。日寇中一位隊長表示，希望這些女學生能夠跟他們去日本軍隊裡，為他們唱一些慶祝勝利的歌。
這些日寇的卑劣心思人盡皆知，誰都知道絕非唱歌這般簡單，一旦落到日寇的手裡，這些女學生一定會受盡折磨。然而這些日軍手中都有槍，如果這時反抗，大家肯定都活不了。危急時刻，教父站了出來，他向這些日寇說道：“這座教堂雖然在南京城内，但是依舊受到國際條例的保護，你們無權強闖，更不可以随意行動，否則你們一定會遭到國際的審判。”
教父的外國人身份對這些日寇起到了一定的震懾作用，當時雖然世界大戰正在進行，但是國際條例還是有一定的限制性。但是，南京城已經處于日寇的掌控，就算他們不敢做得太過分，但是抓幾個學生走誰也管不了他們，他們對神父說，他們隻是帶走這些女學生唱歌而已，隻要跟他們走，教堂裡的其他人絕對不會受到傷害。
在這部劇的原型中，一位名叫明妮· 魏特林的人是當時的金陵女子文理學院的教育系系主任，當時這所學校也屬于教會學校，也就是說處在一個相對安全的環境中。明妮幫助了大批婦女兒童進入學校避難，逃離日寇的威脅。
明妮留下的日記中寫道：1937年12月24日，明妮被叫到日軍軍官辦公室，她被要求從當時的一萬名南京難民中挑選出一百位妓女，貢獻給日軍，這樣日本士兵就不會到處糟蹋平民婦女了，最終他們挑走了二十一位女性。
在《金陵十三钗》中，這些女學生不幸被日軍選中，神父也無可奈何，如果不答應，教堂中避難的其他人也會慘遭槍殺，神父無比艱難地答應了日軍明天過來接人的條件。
得知這一消息的女學生們無比地絕望，不敢想象一天後會陷入怎樣悲慘的境地，甚至有幾個學生不願遭受此劫難，想要跳樓一了百了。正在這個時候，玉墨竟然站了出來，提出由自己和姐妹們代替學生去日本人那裡，希望這些學生妹妹能夠好好活下去。
她們剪去長發，擦掉妝容，換上了學生服，平靜地接受即将到來的厄運。平日裡很看不慣這些風塵女子的學生們心中不免五味雜陳，其實玉墨等人并沒有将這些女學生的誤解放在心上，她們在亂世之中跌跌撞撞走到今天，看過太多人情淡薄，遭受過無數的惡意與冷眼，早已不再為這些诋毀所傷心難過，她們願意以身飼虎，不過是不願日寇侵害自己的同胞，不忍這些女學生們就這般結束年輕的生命。
學生們的誤解也隻是因為她們心思單純，沒有經曆過太多人世間的磨難，這不就是當初的自己嗎？是以，既然自己的未來已經模糊而又暗淡，何不讓這些學生們好好活下去，帶着希望替自己看看和平的未來。玉墨等人這般想着，心中雖然有面對折磨與死亡的恐懼，但沒有一個人想過退縮和放棄。這一晚，她們将身上最珍貴的東西都留給了這些女學生，父母留下的項鍊、贖身的錢......無一不承載着她們曾經對生活的希望。
第二天清晨，喬裝成學生模樣的金陵十三钗毅然決然地登上了日寇的軍車。在日本人的手中，她們遭受了非人的折磨，有的人實在不堪受辱自盡而亡，也有的被充當慰安婦折磨緻死，她們先後離開了這個世界，那些精緻美麗的面容，操着一口吳侬軟語唱的《秦淮景》，都化為煙塵消散在了空中。
唯有玉墨，僥幸成為了唯一一名幸存下來的人，她偶然得到機會從日軍手裡逃跑出來，為了躲避日寇地追捕東躲西藏，甚至毀掉了容貌，才得以苟延殘喘地活了下來。她在黑暗中艱難地生存，無時無刻不在承受着身體與心靈上的痛苦，但是有一個信念支撐着玉墨，她相信日寇一定會被趕出中國的土地，南京城還能回到從前的繁華與笙歌，為了這一天的到來，她可以忍受萬般苦楚。
終于，1945年8月15日，日本宣布無條件投降，玉墨終于等來了這一天，這無疑是她陰霾的世界裡照進的一縷光芒。第二年8月，國際法庭開庭，對日本在戰争中犯下的巨大罪行進行審判，而玉墨，也作為證人出庭作證。在審理的過程中，玉墨忍受着無法言喻的痛苦，再次翻開破碎的傷疤，仔細回憶了日軍對她犯下的所有罪行，她講述着姐妹們是如何被日軍折磨又殺害，種種慘無人道的罪行令人無不氣恨到咬碎了一口牙。在玉墨的作證下，日寇的暴行被公之于衆。
庭審結束後，玉墨站起身，走出了法庭，就在這時，一個人叫住了她：“請問你是玉墨嗎？”這人正是當年幾位女學生中的一位，但是玉墨見到故人，卻拉了拉衣服，小聲說：“不是，你認錯人了。”然後匆忙離開。曆經了此般人生變故，玉墨容顔已毀，從前的傷害已深入骨髓，今後無論是否開始新的生活，她都并不想再回憶起往事，是以當看到故人，她沒有相認，反而匆忙離去。
《金陵十三钗》的故事隻有大緻的原型，電影本身運用了許多藝術手法來渲染描繪，但是我們知道，整個抗日戰争期間，日寇抓去我國二十萬女性充當慰安婦。這些可憐的女性在日軍的魔爪下飽受折磨，僅憑一句史料的記載，我們根本無法想象她們所經受的痛苦。
2014年的時候，我國進行了相關統計，中國大陸上幸存的慰安婦僅有二十二位，至今更是相繼離開人世，她們艱難得活下來，每一天都在經曆心靈上的苦痛與身體上的病痛，她們的存在，是日軍罪行的最有力的證據，然而，直到今天，她們都沒能等到日軍的忏悔和道歉，日軍不斷地美化事實，用狡猾與無恥來掩蓋他們所犯下的滔天罪行。
南京大屠殺，也就是《金陵十三钗》的曆史背景中，日軍大肆屠殺者手無寸鐵、毫無反擊之力的百姓，他們殺人、飲血，幹盡了一切無法想象的殘暴惡行，在一個外國傳教士的記錄中寫道，他進入南京城以後，看到的一切都是那樣的恐怖。在後來東京審判的法庭中，他也出庭作證：日軍進入南京後的所作所為，連畜生都比不上，他們殺人如麻，大肆侮辱女性，每天大街上都會想起婦女的慘痛叫聲，每一刻都不曾停歇。
1937年12月13日，在南京淪陷于日軍之手後，昔日繁華的古都成了一片修羅場，滿地都是橫屍、到處是殘垣斷壁、流民在四處逃竄，簡直是人間地獄，這是中國人永遠的傷痛。課本中曾有過這樣一句話：“作為曆史的回顧，我們不能隻有四大發明、古國文化、開元盛世、絲路花雨，也應該有南京大屠殺。”中國人不會忘記這段慘痛的曆史，它無時無刻不在提醒着我們，落後就要挨打，隻有國家強大，才能阻止這樣的悲劇再次發生。
如今，我們的國家已經傲立于世，這是中國人付出了鮮血和生命的代價才換來的，他們用鮮血祭奠國家被欺淩的那段曆史，今天，我們終于可以以強大的國家力量、鋼鐵的民族之氣來告慰那些逝去的靈魂。
我們銘記曆史，因為那是亡人的訓誡，因為那是同胞的哀鳴，但這絕不是一種怨念，無論何時，戰争傷害最大的都是無辜的百姓。我們不願、不忍心讓曆史重演，不忘鮮血的代價，隻是對後人永遠的忠告，中華民族要奮鬥、要堅強，大風大浪中的曆練将會是我們寶貴的經驗，而未來的中國，必将是國力富強、人民幸福的和平國度，這是先輩所希望的明天，是我們一直拼搏的目标。