天王（即皇帝）洪秀全起兵之初，尚有一番革命的激情，但等到攻取号稱“小天堂”的南京後，志向便開始大變。尤其是解除清軍江南、江北兩大營對天京（即南京）的圍困後，洪秀全自以為功業圓滿，便整日沉溺于醇酒美人間，迅速地腐化堕落。就在此時，太平軍内部發生嚴重的内讧，東王楊秀清、北王韋昌輝相繼被殺，翼王石達開則負氣出走，導緻太平天國的勢力大損。
洪秀全進入南京後，迅速腐化堕落
面對危局，洪秀全采取的破解之道，除了起用洪仁玕、李秀成、陳玉成等人治國、打仗外，便是濫封王爵，希望以此來收買人心、苟延殘喘。然而洪秀全的政策并沒有幫助太平軍解除困境，其内部的權力争鬥依舊激烈，而與此相伴随的，則是在戰場上的左支右绌，漸漸地便讓天京成為一座孤城。
同治元年（1862年）五月初，湘軍大舉進犯天京，江蘇布政使曾國荃攻克秣陵關，駐軍雨花台，兵部侍郎彭玉麟則率水師進泊護城河口，形成對天京的包圍。洪秀全見形勢危急，便急召經略蘇南的忠王李秀成回師“勤王”。閏八月，李秀成率部向雨花台發起進攻，力戰46晝夜，雖然殺傷敵軍數千，但最終卻因饷械、兵員不斷得到補充，無奈停止進攻。
曾國荃掃蕩完太平軍據點，包圍天京城
次年11月底，曾國荃經浴血奮戰，率部攻占孝陵衛。至此，太平軍據守的城外要點，僅限于紫金山頂的天堡城、紫金山西側的地堡城、城北的神策門，以及與地堡城互為犄角的太平門，宛若“甕中之鼈”。與此同時，蘇州、無錫等重鎮也相繼淪陷，杭州危在旦夕，使得天京城的局勢更是岌岌可危。
在這種情況下，困守天京不僅毫無意義，而且極度危險，一旦城池淪陷，太平軍所有的首腦都将被“一鍋端”。是以李秀成出于儲存實力的考慮，便力勸洪秀全跟随自己突圍，到江西、湖北一帶流動作戰，等到實力恢複後再度卷土重來。就當時的情勢而論，李秀成的建議非常合理，非常可惜的是，洪秀全根本不予采納。
李秀成建議從天京城突圍，遭到洪秀全拒絕
此時的洪秀全，在度過多年酒色蝕骨、唯我獨尊的生活後，不僅毫無戰鬥意志，而且還患上嚴重的神經錯亂，早已分不清虛幻與現實的差別。在洪秀全的腦海中，依然頑固地相信自己真的是的“天選之子”，認為無論遇到多大的災難，上帝定會幫他消災解難。
是以，面對着李秀成的苦苦哀求，洪秀全非但沒有采納，反而聲色俱厲地訓斥他，妄稱自己的江山如鐵桶般堅固，國中有百萬天兵天将，根本無懼清軍的圍困，完全沒必要棄城遠走。李秀成聽後叫苦不疊，但既然臣服于這個“瘋子”，便隻能一條路走到底，即使搭上自己的性命，也隻能自認倒黴。
天王又再嚴責雲我：“朕奉上帝聖旨、天兄耶稣聖旨下凡，作天下萬國獨一真主，何懼之有？不用爾奏，政事不用爾理，爾欲出外去欲在京，任由于爾。朕鐵桶江山，爾不扶，有人扶。爾說無兵，朕之天兵多過于水，何懼曾妖者乎…”見《太平天國文書彙編·李秀成自述》（中華書局版，第527-528頁）。
洪秀全絕望至極，最終服毒自殺
然而現實卻給洪秀全緻命一擊。同治三年（1864年）正月，李秀成做出最後的努力，率主力進攻曾國荃的雨花台大營，結果大敗虧輸，連城外最重要的軍事據點-天堡城也被攻陷。随後，曾國荃率部進逼至太平門、神策門外紮營，完成對天京的最後合圍，此時城内糧源、兵源斷絕，就算是洪秀全想要突圍，也已經是“插翅難逃”。
此時，洪秀全難得清醒幾天，發現沒有盼來上帝派遣的百萬天兵，反而等來如潮水般湧來攻城的湘軍，他心中那份絕望可想而知。5月30日，自知大勢已去的洪秀全在天王府服毒自盡，結束自己荒誕的一生，終年51歲。洪秀全死後，長子洪天貴福即位，是為幼天王。
幼天王洪天貴福被清軍俘獲，遭受淩遲極刑
7月19日淩晨，湘軍炸開了太平門附近的一段城牆，而後蜂擁而入，天京至此陷落。天京淪陷後，洪天貴福被部将簇擁着突圍至湖州，然後打算會合江西的太平軍北上攻略中原，結果很快便在江西境内的石城縣楊家牌被擊潰。10月25日，洪天貴福被清軍俘獲，11月18日在南昌被淩遲處死，年僅16歲。随着洪天貴福遇難，太平天國正式覆亡。