马关战争结束之后，高杉晋作被放了出来，并被派去和洋人进行谈判。他带了自己的两个老朋友——伊藤博文、井上馨。因为二人连同另外三人（分别是山尾庸三、井上胜、远藤谨助，五人合称“长州五杰”）曾被长州藩秘密派往英国留学，英语很好。他们也是知道了藩内与洋人发生了战争，国家处于危急存亡的时刻紧急回国的。
日本第一任首相——伊藤博文
明治九元老之一——井上馨
谈判中高杉晋作各种插科打诨，最终打消了英法租界土地的要求，并且也让英法等国转变了看法，开始逐渐与长州接触。
“禁门之变”直接导致了第一次长州征伐战，在萨摩藩的周旋之下，长州向幕府伏罪，俗论党掌握了大权，高杉晋作被迫出逃。东躲西藏一段时间后他又不得不又回到长州，因为他把钱又花光了。
回到长州之后，高杉晋作首先找到了奇兵队的队长山县有朋，想要他组织奇兵队起义。但是山县有朋觉得内有数万的藩政府军，外有十几万的幕府军，起义根本没有指望，所以拒绝了。
山县有朋
山县有朋这个人，别看他现在受到了俗论派的打压，日后的他对日本可是起了非常大的影响他是日本近代陆军的奠基人，曾两次出任首相，在任期间提倡“尚武精神”。他是甲午中日战争的第一军司令，也是第一个率军踏过鸭绿江的日军统帅；八国联军侵华时，他再度出任首相，积极派兵入侵中国。他被称为“明治维新以来军阀王国的始祖”，也是后来日本军国主义的奠基人！
说回高杉晋作，当他被自己领导组建起来的奇兵队拒绝之后感到万分绝望，于是他给自己写好了墓志铭，然后准备在马关的功山寺切腹自杀。
1865年1月13日，几十个奇兵队的队员听说高杉晋作要切腹玉碎，就跑过来给他送行。但是当他看到来了这么多兄弟之后转头又想到，与其这样死掉，不如跟俗论党们拼一把！于是他开始鼓动来人，这些人本来都是他的追随者，被他一番激昂的演说刺激之后就啥也不管了，抄起手边顺手的家伙就跟着他往外走。
高杉晋作回天义举之所——功山寺起义纪念碑
他们首先的目标是长州藩在马关的新地会所，这个会所主事的伊藤博文，他是晋作的老战友啊，所以当看到高杉晋作来了，伊藤博文还以为是来串门的，也没做任何防御。结果这帮人进了会所之后就开始找枪炮子弹，伊藤博文愣住了，这帮人是要造反啊！可是人家已经全副武装站在自己面前了，高杉晋作上前微笑着对伊藤博文说：兄弟，让哥走还是要跟哥干一仗？伊藤博文还没反应过来，下意识地让了一下，随后高杉晋作就带着人大踏步地走出了会所。
伊藤博文缓了缓，看着长枪短炮走出去的那帮人，一拍脑门：哎呀！这是给我挖坑啊！于是冲着还没走出大门的高杉晋作喊到：哥！你等等我！随后便招呼着自己的部队跟着一起造反去了。
得知消息的山县有朋也是在大骂高杉晋作不仗义：你把我的人拉过去了，这不就是在拉我下水吗？于是也招呼着自己的奇兵队跟着加入了造反的行列。
于是原本应该是功山寺追悼会变成了著名的“功山寺起义”。
话说高杉晋作在长州藩的人气还是很旺的，他的部队一拉起来，立马就有很多市民、农民跑过来投效，那些富商也纷纷捐钱捐物支持起义部队，很快义军人数就达到了三千人。
在高杉晋作的带领下，义军一路打到了长州藩政府的中心萩城，而这里也是俗论党的大本营，有数千正规军驻守。反观义军这边，除了奇兵队等几百人算是正规军，剩下的市民、商人、农民可以说是一帮乌合之众，胜算极低。高杉晋作就让那些市民们作为先头部队首先与藩政府军战斗，看到对方这支连武器都是五花八门的部队，藩政府军自然起了轻敌之心。但是没成想，半夜的时候，高杉晋作领着精锐部队赶到，来了一波夜间偷袭，一下子就让藩政府军炸了营，义军转败为胜。
打败了俗论党之后，攘夷派重新夺回了政权，虽然起义是由高杉晋作领导的，但他对权力毫无兴趣，主动退出了权力中心，然后在藩政府资助了一千两之后准备出国留洋。
但是到了长崎之后遇到了帮他协调留洋的外国商人古拉巴，他建议晋作运作一下开放马关为通商口岸。但是此时掌权的攘夷派，通商这种事情肯定得不到支持，于是乎高杉晋作又受到了威胁，不得已放弃留洋出逃了。
电视剧《龙马传》中长泽雅美前男友伊势谷友介饰演高杉晋作
后来第二次长州征伐战，高杉晋作又被启用，但是就在长州将要取得完全胜利前夕，高杉晋作肺病发作离开了战场。
1867年5月17日，高杉晋作病逝，临终前他的妻子雅子、情人奥野守候在他的身边，还有一个他的恩人，也是忘年交野村望东尼也在他身边。
晋作临终前喊到：让无趣的世界，变得有趣.....
野村望东尼接着说：所依赖的，唯有自己的心。
高山晋作看了看野村望东尼，笑着说：有意思！随后合上双目而去，年仅28岁。