馬關戰争結束之後，高杉晉作被放了出來，并被派去和洋人進行談判。他帶了自己的兩個老朋友——伊藤博文、井上馨。因為二人連同另外三人（分别是山尾庸三、井上勝、遠藤謹助，五人合稱“長州五傑”）曾被長州藩秘密派往英國留學，英語很好。他們也是知道了藩内與洋人發生了戰争，國家處于危急存亡的時刻緊急回國的。
日本第一任首相——伊藤博文
明治九元老之一——井上馨
談判中高杉晉作各種插科打诨，最終打消了英法租界土地的要求，并且也讓英法等國轉變了看法，開始逐漸與長州接觸。
“禁門之變”直接導緻了第一次長州征伐戰，在薩摩藩的周旋之下，長州向幕府伏罪，俗論黨掌握了大權，高杉晉作被迫出逃。東躲西藏一段時間後他又不得不又回到長州，因為他把錢又花光了。
回到長州之後，高杉晉作首先找到了奇兵隊的隊長山縣有朋，想要他組織奇兵隊起義。但是山縣有朋覺得内有數萬的藩政府軍，外有十幾萬的幕府軍，起義根本沒有指望，是以拒絕了。
山縣有朋
山縣有朋這個人，别看他現在受到了俗論派的打壓，日後的他對日本可是起了非常大的影響他是日本近代陸軍的創始者，曾兩次出任首相，在任期間提倡“尚武精神”。他是甲午中日戰争的第一軍司令，也是第一個率軍踏過鴨綠江的日軍統帥；八國聯軍侵華時，他再度出任首相，積極派兵入侵中國。他被稱為“明治維新以來軍閥王國的始祖”，也是後來日本軍國主義的創始者！
說回高杉晉作，當他被自己上司組建起來的奇兵隊拒絕之後感到萬分絕望，于是他給自己寫好了墓志銘，然後準備在馬關的功山寺切腹自殺。
1865年1月13日，幾十個奇兵隊的隊員聽說高杉晉作要切腹玉碎，就跑過來給他送行。但是當他看到來了這麼多兄弟之後轉頭又想到，與其這樣死掉，不如跟俗論黨們拼一把！于是他開始鼓動來人，這些人本來都是他的追随者，被他一番激昂的演說刺激之後就啥也不管了，抄起手邊順手的家夥就跟着他往外走。
高杉晉作回天義舉之所——功山寺起義紀念碑
他們首先的目标是長州藩在馬關的新地會所，這個會所主事的伊藤博文，他是晉作的老戰友啊，是以當看到高杉晉作來了，伊藤博文還以為是來串門的，也沒做任何防禦。結果這幫人進了會所之後就開始找槍炮子彈，伊藤博文愣住了，這幫人是要造反啊！可是人家已經全副武裝站在自己面前了，高杉晉作上前微笑着對伊藤博文說：兄弟，讓哥走還是要跟哥幹一仗？伊藤博文還沒反應過來，下意識地讓了一下，随後高杉晉作就帶着人大踏步地走出了會所。
伊藤博文緩了緩，看着長槍短炮走出去的那幫人，一拍腦門：哎呀！這是給我挖坑啊！于是沖着還沒走出大門的高杉晉作喊到：哥！你等等我！随後便招呼着自己的部隊跟着一起造反去了。
得知消息的山縣有朋也是在大罵高杉晉作不仗義：你把我的人拉過去了，這不就是在拉我下水嗎？于是也招呼着自己的奇兵隊跟着加入了造反的行列。
于是原本應該是功山寺追悼會變成了著名的“功山寺起義”。
話說高杉晉作在長州藩的人氣還是很旺的，他的部隊一拉起來，立馬就有很多市民、農民跑過來投效，那些富商也紛紛捐錢捐物支援起義部隊，很快義軍人數就達到了三千人。
在高杉晉作的帶領下，義軍一路打到了長州藩政府的中心萩城，而這裡也是俗論黨的大學營，有數千正規軍駐守。反觀義軍這邊，除了奇兵隊等幾百人算是正規軍，剩下的市民、商人、農民可以說是一幫烏合之衆，勝算極低。高杉晉作就讓那些市民們作為先頭部隊首先與藩政府軍戰鬥，看到對方這支連武器都是五花八門的部隊，藩政府軍自然起了輕敵之心。但是沒成想，半夜的時候，高杉晉作領着精銳部隊趕到，來了一波夜間偷襲，一下子就讓藩政府軍炸了營，義軍轉敗為勝。
打敗了俗論黨之後，攘夷派重新奪回了政權，雖然起義是由高杉晉作上司的，但他對權力毫無興趣，主動退出了權力中心，然後在藩政府資助了一千兩之後準備出國留洋。
但是到了長崎之後遇到了幫他協調留洋的外國商人古拉巴，他建議晉作運作一下開放馬關為通商口岸。但是此時掌權的攘夷派，通商這種事情肯定得不到支援，于是乎高杉晉作又受到了威脅，不得已放棄留洋出逃了。
電視劇《龍馬傳》中長澤雅美前男友伊勢谷友介飾演高杉晉作
後來第二次長州征伐戰，高杉晉作又被啟用，但是就在長州将要取得完全勝利前夕，高杉晉作肺病發作離開了戰場。
1867年5月17日，高杉晉作病逝，臨終前他的妻子雅子、情人奧野守候在他的身邊，還有一個他的恩人，也是忘年交野村望東尼也在他身邊。
晉作臨終前喊到：讓無趣的世界，變得有趣.....
野村望東尼接着說：所依賴的，唯有自己的心。
高山晉作看了看野村望東尼，笑着說：有意思！随後合上雙目而去，年僅28歲。