新疆位于欧亚大陆中部，伊犁是欧亚大陆的咽喉，战略位置十分重要，是我国安全统一的战略屏障。
伊犁河谷三角洲
清朝时有学者称：“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师。西北臂指相连，形势完整，自无隙可乘。若新疆不固，则蒙古不安，匪特陕、甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山亦将无晏眠之日。”。
民国初，袁世凯：“就新疆多乱情形而言，只有一人可担此大任，此人是云南蒙自杨增新，乙丑年进士，此人政、军、教都得心应手。属一地，一地可风调雨顺，属一方，一方可五谷丰登，属一区，一区可风清弊绝，是一位全心全意为民的边臣良吏，如是一股纯正的西北之风刮动，在官界很有口碑。几次欲挽留在身边，以资醍醐之用。可杨氏有班超之勇，志在边疆。据此自当有嘉许之奖，可自古藩镇割据，莫不是臣民受恩只知诸侯而不知有王，且杨氏以文入科，有古今之韬略，非我袁某可望及，城府至深，非拙眼可探”。
杨增新与科考队
清王朝将西域纳入版图后，在多民族与宗教问题上，一直没有善政良策，新疆土著民众遇事则群起发难，时有杀戮异教群众事件。这些信仰万里之外神教的族群，畏威而不怀德。
新疆多事之秋，南疆各地哥老会戕官自封，东疆哈密维民暴乱，西疆伊犁各国间谍频繁出入，北疆外蒙兵入境在阿勒泰地区打家劫舍，疆外沙俄增兵边境，意在吞并新疆。汉民十之其一，可见杨增新接篆视事难度之大。
1911年武昌起义，新疆陆军二营哥老会哗变和王高升纵火案。同盟会联合新疆哥老会发动迪化起义、伊犁起义，伊犁将军志锐和新疆都督袁鸿祐，被杀害于府衙。
哥老会在新疆各地杀害政府官员不下20位，史称“南疆戕官”事件。巡抚袁大化因省军军力不敷使用，饬令杨增新招练回军马队， 袁大化回到北京后，保荐杨增新任新疆都督。
杨增新上台后，将回队扩编到十五营，马福兴是云南回族人，清朝旧军官，因犯错被充军新疆，与杨增新是云南老乡，是老教的一个领袖，杨增新命其统领回队。
杨增新勘定新疆，回队在增援招抚缠回、保卫省城、戡定南疆、剿灭会党等军事行动中，为新政权的巩固起到了关键作用。
1913年3月，哈密维民爆发反王府暴动，当局令他“就近查逊”，杨增新临时招当地福胜得商店掌柜尧乐博斯充翻译，了解事变起因后进行调停，在回队营长李寿福的招抚下，解决了哈密维民暴动。
有军队有财政权，肩负保卫六分之一国土的杨增新，以诗言志。
一山横亘界南北,
万古雄奇塞大荒。
都护已非唐代府,
匈奴不复汉时王;
斜阳雁带冻白云,
夜月燐飞秋草原。
太息重门今洞辟,
元戎何以固边防。
新疆军队里的哥老会，是左宗棠收复新疆时的湘军骨干与客勇，与同盟会义军在伊犁成立新政府，杨增新采取“先离巢穴，后解兵权”的计策，瓦解哥老会，他下令限制内地人入疆，任命部分哥老会主要干将，担任省级和地方级的要职。
革命党首脑人物杨缵绪被任命为喀什提都，义军代表贺家栋、郝可权等人被杨增新以重金收买，自行解职回到内地。将步兵统领边永福和魏得喜调迪化任职，后将魏得喜遣送回内地，将边永福押回甘肃处死。
伊犁街景
骆驼商队
杨增新：新疆乱世是绝地，治世是桃源。在新疆，实际只能打一仗，一仗过后，玉石俱焚。你耗尽人力物力资源拼命一战，可在战后你得到的只是一个生灵灭绝、文明湮没的荒野。所以，在西部的绿洲战乱，不可能有胜者。
杨增新在文章写到：新疆譬如瘠牛，有皮无肉，不像传说中的富饶，新疆官兵数百万维持之而不足者，而一二军阀破坏之而有余。
在与外蒙古军队开战时，杨增新广设眼线，发布告示，警告挑拨民族是非问题的间谍，对煽风蛊惑之人割舌，对一切妄图颠覆边疆的人，格杀勿论。
杨增新严防俄国军队在新疆境内滋事，对下属说“现在俄国地方大乱。中国地方亦大乱，若新疆回缠与俄国回缠联为一气，当可以得志于西北，脱离中国束缚”。
1912年6月，俄国人策动于田冲突，借机派兵侵入喀什，杨增新无奈，赔付7万两白银，将俄军送出边境。俄军退出后又策动回部将领马福兴组织“大一回教国”，被杨增新获知。
俄国士兵
俄国哥萨克骑兵
马福兴知道杨增新的厉害，让小妾"杭州夫人"在京活动，向曹锟贿买了个"建威将军"的虚衔，妄图取杨增新而代之，杨增新决定除去马福兴。
据金树仁《新疆省政府主席蒙自杨公形状》记载 :“ 当公招募回队之初, 思得一回籍将官为首领。适有马福兴者, 云南建水回籍也, 出身行伍, 清光绪间因案遣戍新疆。为人目不识丁, 性粗暴使酒, 尝在迪化府附近种稻自给, 潦倒垂二十年。公募军时, 以其回籍回民隶尺籍者, 盖曾任军官, 乃擢为回队五营帮统。”。
金树仁和他从家乡找的亲戚卫队
据传马绍武与马福兴二人的祖上有夙怨，杨增新调乌什县长的马绍武面授机宜，马绍武是甘肃河州著名阿洪，他利用其宗教影响，在吐鲁番、鄯善等回族哲合林耶教民中，招兵买马，经过短期训练，马绍武偷袭喀什一举成功，把马福兴打死在疏勒北门外。
马绍武又名马世英，新疆颇有影响力的宗教和军界回族人士。
为了消除有宗教影响力的俄国人对马家回队的影响，杨增新不惜对自己亲手组建的回队下手，这天，杨增新宴送教育部视察员，觥筹交错之际，杨增新忽然喝道:“来呀，砍夏鼎!”。
魂不附体的内地众宾客刚定下神，杨增新又一声喝令:“砍李寅”，然后若无其事地招呼大家吃好喝好”。使得杨增新名声在外，内地人很少介入新疆事务。
杨增新说：嘉峪关外 唯我独尊
杨增新撰对联：
共和实草味初开，羞称五霸七雄，纷争莫问中原事，
边庭有桃源胜境，狙率南回北准，浑噩长为太古民。
杨增新言:“知其为害，则当于患之未发而先除之，无或姑息。”又说:“圣人为天下除害，亦须狠心辣手。”。
兴起于中东中亚地区土耳其突厥人奉行的主义，通过多种渠道渗透到中国新疆地区，成为一大祸害，杨增新下达严格指令，禁止聘请土耳其等外国人到新疆充当教习和阿洪，禁止民间私聘外国人充当阿洪，严禁土耳其人入境传播所谓的主义。
朝鲜战争中，志愿军俘虏的土耳其士兵。
杨增新颁布省政府布告，限制有关人员到麦加朝觐，麦斯武德曾在土耳其医学院学习，回国时带了几个土耳其人在伊犁开医院，办“扎吉德”学校，用土耳其语授课。杨增新将学校查禁，将麦斯武德关进监狱。
杨增新在给下属的密令中说：“我国官吏，正宜利用宗教，尊重回缠经典，以为联络民心，维持现状之计……对于缠民阿洪不得无故更换，亦不得故为凌虐，以维宗教。”。
杨增新规定：只保留原有教派，任何人不得另立派别，不准擅自添建新寺，严禁跨区传播，政府工作人员不得入教。宗教人士不得干预政治或操纵地方政权，对出国朝觐实行严格限制。
朝鲜战争中，志愿军俘虏的土耳其人
杨增新以不干涉一般性宗教活动为原则，加强政府对寺院的管理，所有习教人员都登记入册，明确表示：“欲求新疆长治久安，不外利用新疆各族之人，以保新疆，实为完全之策”。
他任用的各级官吏具有汉、回、维、哈、蒙等各族背景，省议会会长饶孜是维吾尔人，库车县知事桂芬是满人，财政厅长潘震是汉人，喀什道尹马绍武是回民。
新疆是一个多民族多宗教地区，杨增新承认少数民族王公贵族原有爵位，保护其封建特权，对土尔扈特部落盟长、哈密王、吐鲁番郡王、库车郡王等，都给予优厚待遇。
他说：“设若新疆一旦政纲失握，外有强邻之虎视，内有外蒙之狼贪，恐此大好河山将沦陷於异族之手。”，明令禁止新疆地区民间教民私设道堂，对从甘肃地区前来的教民，层层设卡围追堵截,严加防范。
杨增新持“认庙不认神”的政策，始终承认中央政府，竭力防止中央政府插手新疆事务，伊犁革命党人冯特民办《伊犁白话报》任主笔，鼓吹革命。杨增新以述职之名，召入省城，冯特民在督署便宴后到东花园散步，被埋伏的士兵刺杀。
杨增新一生清贫廉洁，痛恨贪污，抓到贪污贿赂的人必定要重罚。阿克苏县知事徐文彬贿赂高官被杨增新下令处死。
杨增新：“士君子当大乱之时，又当责无可缷之时，一切拼命做去，挽回一份便算一份，保全一隅便算一隅。”，他不依赖中央支持，努力实现地方财政平衡，在中原军阀混战之际，保新疆偏安一隅。
为了财政支出和建设新疆，杨增新与前苏联议定了《伊犁中俄通商条款》三十条。使新疆收回了丧失数十年的关税权，沙俄强夺的治外法权、领事裁判权、贸易权等被取消。采取必要措施，促使英、俄商人照章纳税。
俄国十月革命后，杨增新采取中立主义，拒绝执行北京政府关于支持俄国旧政权的指令，妥善处理了白俄败兵对新疆的侵扰，成功保全新疆的完整统一，靠自身微薄之力看护万里边疆，使中国六分之一的版图，安然无恙。