新疆位于歐亞大陸中部，伊犁是歐亞大陸的咽喉，戰略位置十分重要，是我國安全統一的戰略屏障。
伊犁河谷三角洲
清朝時有學者稱：“重新疆者是以保蒙古，保蒙古者是以衛京師。西北臂指相連，形勢完整，自無隙可乘。若新疆不固，則蒙古不安，匪特陝、甘、山西各邊時虞侵轶，防不勝防，即直北關山亦将無晏眠之日。”。
民國初，袁世凱：“就新疆多亂情形而言，隻有一人可擔此大任，此人是雲南蒙自楊增新，乙醜年進士，此人政、軍、教都得心應手。屬一地，一地可風調雨順，屬一方，一方可五谷豐登，屬一區，一區可風清弊絕，是一位全心全意為民的邊臣良吏，如是一股純正的西北之風刮動，在官界很有口碑。幾次欲挽留在身邊，以資醍醐之用。可楊氏有班超之勇，志在邊疆。據此自當有嘉許之獎，可自古藩鎮割據，莫不是臣民受恩隻知諸侯而不知有王，且楊氏以文入科，有古今之韬略，非我袁某可望及，城府至深，非拙眼可探”。
楊增新與科考隊
清王朝将西域納入版圖後，在多民族與宗教問題上，一直沒有善政良策，新疆土著群眾遇事則群起發難，時有殺戮異教群衆事件。這些信仰萬裡之外神教的族群，畏威而不懷德。
新疆多事之秋，南疆各地哥老會戕官自封，東疆哈密維民暴亂，西疆伊犁各國間諜頻繁出入，北疆外蒙兵入境在阿勒泰地區打家劫舍，疆外沙俄增兵邊境，意在吞并新疆。漢民十之其一，可見楊增新接篆視事難度之大。
1911年武昌起義，新疆陸軍二營哥老會嘩變和王高升縱火案。同盟會聯合新疆哥老會發動迪化起義、伊犁起義，伊犁将軍志銳和新疆都督袁鴻祐，被殺害于府衙。
哥老會在新疆各地殺害政府官員不下20位，史稱“南疆戕官”事件。巡撫袁大化因省軍軍力不敷使用，饬令楊增新招練回軍馬隊， 袁大化回到北京後，保薦楊增新任新疆都督。
楊增新上台後，将回隊擴編到十五營，馬福興是雲南回族人，清朝舊軍官，因犯錯被充軍新疆，與楊增新是雲南老鄉，是老教的一個領袖，楊增新命其統領回隊。
楊增新勘定新疆，回隊在增援招撫纏回、保衛省城、戡定南疆、剿滅會黨等軍事行動中，為新政權的鞏固起到了關鍵作用。
1913年3月，哈密維民爆發反王府暴動，當局令他“就近查遜”，楊增新臨時招當地福勝得商店掌櫃堯樂博斯充翻譯，了解事變起因後進行調停，在回隊營長李壽福的招撫下，解決了哈密維民暴動。
有軍隊有财政權，肩負保衛六分之一國土的楊增新，以詩言志。
一山橫亘界南北,
萬古雄奇塞大荒。
都護已非唐代府,
匈奴不複漢時王;
斜陽雁帶凍白雲,
夜月燐飛秋草原。
太息重門今洞辟,
元戎何以固邊防。
新疆軍隊裡的哥老會，是左宗棠收複新疆時的湘軍骨幹與客勇，與同盟會義軍在伊犁成立新政府，楊增新采取“先離巢穴，後解兵權”的計策，瓦解哥老會，他下令限制内地人入疆，任命部分哥老會主要幹将，擔任省級和地方級的要職。
革命黨首腦人物楊缵緒被任命為喀什提都，義軍代表賀家棟、郝可權等人被楊增新以重金收買，自行解職回到内地。将步兵統領邊永福和魏得喜調迪化任職，後将魏得喜遣送回内地，将邊永福押回甘肅處死。
伊犁街景
駱駝商隊
楊增新：新疆亂世是絕地，治世是桃源。在新疆，實際隻能打一仗，一仗過後，玉石俱焚。你耗盡人力物力資源拼命一戰，可在戰後你得到的隻是一個生靈滅絕、文明湮沒的荒野。是以，在西部的綠洲戰亂，不可能有勝者。
楊增新在文章寫到：新疆譬如瘠牛，有皮無肉，不像傳說中的富饒，新疆官兵數百萬維持之而不足者，而一二軍閥破壞之而有餘。
在與外蒙古軍隊開戰時，楊增新廣設眼線，釋出告示，警告挑撥民族是非問題的間諜，對煽風蠱惑之人割舌，對一切妄圖颠覆邊疆的人，格殺勿論。
楊增新嚴防俄國軍隊在新疆境内滋事，對下屬說“現在俄國地方大亂。中國地方亦大亂，若新疆回纏與俄國回纏聯為一氣，當可以得志于西北，脫離中國束縛”。
1912年6月，俄國人策動于田沖突，借機派兵侵入喀什，楊增新無奈，賠付7萬兩白銀，将俄軍送出邊境。俄軍退出後又策動回部将領馬福興組織“大一回教國”，被楊增新獲知。
俄國士兵
俄國哥薩克騎兵
馬福興知道楊增新的厲害，讓小妾"杭州夫人"在京活動，向曹锟賄買了個"建威将軍"的虛銜，妄圖取楊增新而代之，楊增新決定除去馬福興。
據金樹仁《新疆省政府主席蒙自楊公形狀》記載 :“ 當公招募回隊之初, 思得一回籍将官為首領。适有馬福興者, 雲南建水回籍也, 出身行伍, 清光緒間因案遣戍新疆。為人目不識丁, 性粗暴使酒, 嘗在迪化府附近種稻自給, 潦倒垂二十年。公募軍時, 以其回籍回民隸尺籍者, 蓋曾任軍官, 乃擢為回隊五營幫統。”。
金樹仁和他從家鄉找的親戚衛隊
據傳馬紹武與馬福興二人的祖上有夙怨，楊增新調烏什縣長的馬紹武面授機宜，馬紹武是甘肅河州著名阿洪，他利用其宗教影響，在吐魯番、鄯善等回族哲合林耶教民中，招兵買馬，經過短期訓練，馬紹武偷襲喀什一舉成功，把馬福興打死在疏勒北門外。
馬紹武又名馬世英，新疆頗有影響力的宗教和軍界回族人士。
為了消除有宗教影響力的俄國人對馬家回隊的影響，楊增新不惜對自己親手組建的回隊下手，這天，楊增新宴送教育部視察員，觥籌交錯之際，楊增新忽然喝道:“來呀，砍夏鼎!”。
魂不附體的内地衆賓客剛定下神，楊增新又一聲喝令:“砍李寅”，然後若無其事地招呼大家吃好喝好”。使得楊增新名聲在外，内地人很少介入新疆事務。
楊增新說：嘉峪關外 唯我獨尊
楊增新撰對聯：
共和實草味初開，羞稱五霸七雄，紛争莫問中原事，
邊庭有桃源勝境，狙率南回北準，渾噩長為太古民。
楊增新言:“知其為害，則當于患之未發而先除之，無或姑息。”又說:“聖人為天下除害，亦須狠心辣手。”。
興起于中東中亞地區土耳其突厥人奉行的主義，通過多種管道滲透到中國新疆地區，成為一大禍害，楊增新下達嚴格指令，禁止聘請土耳其等外國人到新疆充當教習和阿洪，禁止民間私聘外國人充當阿洪，嚴禁土耳其人入境傳播所謂的主義。
北韓戰争中，志願軍俘虜的土耳其士兵。
楊增新頒布省政府布告，限制有關人員到麥加朝觐，麥斯武德曾在土耳其醫學院學習，回國時帶了幾個土耳其人在伊犁開醫院，辦“紮吉德”學校，用土耳其語授課。楊增新将學校查禁，将麥斯武德關進監獄。
楊增新在給下屬的密令中說：“我國官吏，正宜利用宗教，尊重回纏經典，以為聯絡民心，維持現狀之計……對于纏民阿洪不得無故更換，亦不得故為淩虐，以維宗教。”。
楊增新規定：隻保留原有教派，任何人不得另立派别，不準擅自添建新寺，嚴禁跨區傳播，政府從業人員不得入教。宗教人士不得幹預政治或操縱地方政權，對出國朝觐實行嚴格限制。
北韓戰争中，志願軍俘虜的土耳其人
楊增新以不幹涉一般性宗教活動為原則，加強政府對寺院的管理，所有習教人員都登記入冊，明确表示：“欲求新疆長治久安，不外利用新疆各族之人，以保新疆，實為完全之策”。
他任用的各級官吏具有漢、回、維、哈、蒙等各族背景，省議會會長饒孜是維吾爾人，庫車縣知事桂芬是滿人，财政廳長潘震是漢人，喀什道尹馬紹武是回民。
新疆是一個多民族多宗教地區，楊增新承認少數民族王公貴族原有爵位，保護其封建特權，對土爾扈特部落盟長、哈密王、吐魯番郡王、庫車郡王等，都給予優厚待遇。
他說：“設若新疆一旦政綱失握，外有強鄰之虎視，内有外蒙之狼貪，恐此大好河山将淪陷於異族之手。”，明令禁止新疆地區民間教民私設道堂，對從甘肅地區前來的教民，層層設卡圍追堵截,嚴加防範。
楊增新持“認廟不認神”的政策，始終承認中央政府，竭力防止中央政府插手新疆事務，伊犁革命黨人馮特民辦《伊犁白話報》任主筆，鼓吹革命。楊增新以述職之名，召入省城，馮特民在督署便宴後到東花園散步，被埋伏的士兵刺殺。
楊增新一生清貧廉潔，痛恨A錢，抓到A錢賄賂的人必定要重罰。阿克蘇縣知事徐文彬賄賂高官被楊增新下令處死。
楊增新：“士君子當大亂之時，又當責無可缷之時，一切拼命做去，挽回一份便算一份，保全一隅便算一隅。”，他不依賴中央支援，努力實作地方财政平衡，在中原軍閥混戰之際，保新疆偏安一隅。
為了财政支出和建設新疆，楊增新與前蘇聯議定了《伊犁中俄通商條款》三十條。使新疆收回了喪失數十年的關稅權，沙俄強奪的治外法權、領事裁判權、貿易權等被取消。采取必要措施，促使英、俄商人照章納稅。
俄國十月革命後，楊增新采取中立主義，拒絕執行北京政府關于支援俄國舊政權的指令，妥善處理了白俄敗兵對新疆的侵擾，成功保全新疆的完整統一，靠自身微薄之力看護萬裡邊疆，使中國六分之一的版圖，安然無恙。