刘仁轨从唐太宗、唐高宗、武则天时代一路走来，始终是一个以家国为重，很有大格局的人物，他也是在那个洪流激荡时代里寿终正寝的人物。
640年的秋天，唐太宗李世民准备东出长安城，到同州围猎。当时快要秋收了，为了避免损坏群众的庄稼，刘仁轨上书劝阻李世民放弃这次休闲活动。李世民是一个能听进去劝言的人物，他觉得刘仁轨的话很有道理，不但没有去围猎，还下书表扬刘仁轨：“虽然你官职很低，但是能够一心一意为了国家，你所说的事情，我都很喜欢听。”
的确，像李世民判断的那样，刘仁轨凭着一身正气行走在大唐的历史之中。
常言说树大了招风。在高宗一朝，刘仁轨屡遭陷害。高宗时期的李义府深得信任，但是这家伙心胸狭窄得厉害。他发现高宗有起用刘仁轨的苗头，便想着法子要掐掉这根苗子。660年(显庆五年)，李治发兵讨伐百济，这时候的刘仁轨负责监督海运。当时狂风大作，海啸连天，李义府强行出海，结果船队损失惨重，伤亡无数。这么重大的军事行动出现不测，高宗李治很是生气，他严令查办。这件事给李义府提供了一个收拾刘仁轨的机会，他利用接近高宗的便利条件嫁祸刘仁轨。李治脑子够数，他对李义府的小九九心知肚明，并没有治刘仁轨死罪。
老话说，大难不死，必有后福。刘仁轨的命运此后慢慢好转起来。高宗时期，刘仁轨的官场线路图清晰明了。乾封元年，他升迁右相，兼任检校太子左中护；总章元年，他任熊津道安抚大使，协助大名鼎鼎的李勣攻打高句丽；咸亨元年，他任陇州刺史；咸亨三年，高宗把他由地方大员调入朝廷人太子左庶子，并升任同中书门下三品，并监修国史；咸亨四年，高宗又把改修国史的担子压给了他；咸亨六年，他再次入朝任尚书左仆射、同中书门下三品兼太子宾客、监修国史，仍旧主持政务。
这一时期，刘仁轨的岗位走马灯一样变化，在朝廷和地方多个岗位上干事，成为高宗时代炙手可热的人物。
没有忠诚就没有信任。李治发现刘仁轨靠得住、能干事、能干成事。682年(永淳元年)，李治携带武则天巡幸东都洛阳，把太子李显留在长安城里处理朝政，同时下令刘仁轨与裴炎、薛元超辅佐太子监国；683年初，皇太子李显被高宗李治召到了洛阳，刘仁轨辅佐皇太孙李重照留守京师。
683年(弘道元年)十二月，高宗李治走完了自己的人生历程。大唐的皇位天翻地覆，皇太后武则天逐步走向了大唐的前台。
对于刘仁轨的表现，武则天看在眼里，记在心头。
这时候发生了一件让武则天很不舒服的事情。李显到了东都后，同和刘仁轨辅政的裴炎也去了洛阳，薛元超看出了武则天的心思，担心日后染上麻烦，以身体有病为由，坚决要求退休，武则天很利索地同意了他的请求。
长安城里继续由皇太孙李重照留守，武则天继续安排刘仁轨作为副手辅佐李重照。为了让刘仁轨更好地发挥作用，武则天加授刘仁轨为特进，拜为尚书左仆射，位置仅在丞相、太尉、御史大夫等三公之下。
换句话说，就是武则天在东都洛阳掌握天下，把长安城里的事情基本上给了刘仁轨。
同时，武则天给刘仁轨写了一封亲笔信。这封亲笔信让刘仁轨大惊失色。
“昔汉以关中事委萧何，今托公亦犹是矣。”好家伙，原来武则天告诉他，我要像西汉时候的刘邦委托萧何负责关中大事一样，委托你替我处理好京师长安的各项事务政务。
这是武则天给自己传来的要当皇帝的信号。刘仁轨惊恐不堪。
那年，刘仁轨已经83岁高龄，他唯一的办法只有称病离开岗位。他上书武后自己去职的愿望，并陈述了对西汉吕后乱政的看法。
同样，没有信任也就没有忠诚。在刘仁轨看来，武则天的作为虽然背离轨道，但是他坚持在岗位一天就得忠于职守一天。
面对刘仁轨的请求，武则天思前想后觉得长安的事情只有他能够稳住。于是，武则天安排侄子武承嗣来到了长安，专程安抚慰问刘仁轨。
武承嗣还真是巧舌如簧，传递了武后看到刘仁轨请求之后的自责，又以武则天的名义赞颂了刘仁轨的忠义操守，提议刘仁轨以匡正国事为重，继续发挥百官楷模的作用。
既然皇太后这么信任自己，岂能毁了一生的好声名。刘仁轨尽职尽责，稳定了长安城，为武则天临朝称制做了坚实的保障。
685年，84岁高龄的刘仁轨离开人世，武则天废朝三日，并下令在长安城里的文武百官必须到刘仁轨家中吊唁。