尽管抗联官兵在苏军派出的特种支队中大显身手，苏联远东军对抗联教导旅的使用却是十分谨慎的。8月9日清晨苏军对日开战后，抗联如何行动，却没有得到任何命令。据周保中日记记载，苏军对日开战后，远东军对第88旅又有了新的动议，曾命令该旅组织几个梯队待命。到了8月11日3时，按指示，抗联教导旅第一梯队各队停止派遣，解散回营，准备全旅行动由江运，这意味着抗联教导旅将由梯队行动转入全旅建制行动。
11日下午18时，第88旅受命移驻江边。第二天，王新林来信称暂停原地，不移动。
同一天，王新林又指示第88旅重组第一梯队各队，准备出发。第二天，即8月13日3时，第88旅的作战任务又有了新的变化。
至8月19日，第88旅仍未得到出发命令。周保中旅长带中尉参谋、军械处处长同行赴总司令部，请示该旅今后的行动，由于 POAHK （苏远东军第二方面军军官，抗联反攻东北时任旅政治委员）不在，不得结果而回。
尔后，周保中旅长再次到伯力，要求王新林代转给阿巴纳申科总司令的请战电报；此后，周再次赴远东第二方面军司令部询问本旅行动问题，"并请帮助以便我亲自赴大本营请示王新林上校"。直到"13日11时，王新林上校来寓所通知本旅行动问题，大本营也已去电第二方面军司令询问具体意见"。
就在抗联任务未定之时，8月下旬，周保中突然接到由远东军司令部转来的斯大林从莫斯科打来的电报。电文如下："东北是你们中国人民的东北，苏联红军的任务是解放东北，建设东北的任务是你们的使命。"
尽管开战已近17天，抗联官兵急于奔赴前线的愿望仍然没有得到满足，但大家并不感到难过。因为，大家估计解放全东北的战斗要打较长时间，苦战、恶战有得打。然而谁也没有料到，日本政府在8月15日就已宣布投降。听到这个消息，大家既欣喜若狂，又惋惜自己没能亲自参加痛歼日本侵略者的战斗。
日本政府于8月15日宣布无条件投降后，8月14日，与苏联政府签订《中苏友好同盟条约》的国民党政府对解放区的人民军队下令就地驻防待命，不得向敌伪"擅自行动"。美军麦克阿瑟又以远东盟军司令名义命令日军向蒋介石的军队及其政府投降，而不得向中国共产党领导的人民武装力量投降。在美蒋配合抢夺抗战胜利果实的情况下，苏联远东军和东北抗联不能不根据实际情况采取相应的对策。
8月28日，苏联远东军总司令部军事委员希金中将召见抗联教导旅旅长周保中，下达了远东军总司令华西列夫斯基的指示：第88旅现有中国人员和苏联人员要分别行动，苏联人员暂时不动。中国人员要随苏军各方面军分别占领东北各个战略要点，并准备接受驻东北各城市苏军卫戍司令的任命。同时，他规定了抗联返回东北后的任务：
一、帮助苏军维持占领地的革命秩序，肃清敌伪残余和一切反革命分子，提高苏军在当地群众中的威信，促进中苏人民友好。
二、利用抗联参加军事管制的合法地位建立党组织，开展群众运动，在主要的占领地以外建立人民武装和根据地。
希金中将还同周保中一起估计到了三种可能发生的情况：第一，中共中央和八路军向东北分布力量，准备迎接党中央和八路军。第二，八路军被新的反动势力暂时隔断，国民党统治东北，准备进行新的长期的游击战争，反对国民党。第三，抗联在东北处于十分不利的情况下，可随同苏军撤退，再回苏联。
抗联教导旅指战员在配合苏军反攻东北时，具有双重身份。他们既是中国东北抗日联军人员，又属于苏军编制，在占领地可以开展各种合法活动。待苏军撤出东北后，他们可以顺理成章地以抗联指战员身份接管城市。这样，既不违反8月14日苏联政府与中国国民党政府签订的《中苏友好同盟条约》的规定，又确保各地区能顺利地回到人民手中，使美蒋合流掠夺人民抗战胜利成果的阴谋归于失败。
根据上述精神，抗联领导人向全体指战员布置了具体行动方案：
第一，抗联指战员在反攻东北后，迅速抢占57个战略要点，即12个大城市和45个中、小城市，以接收东北。
第二，撤销抗联第88旅的建制。抗联干部在各战略要点的主要负责人，都以苏军卫戍区司令部副司令的身份出现，每个抗联指战员都发给苏军军官证书。为保密起见，在军官证书上，都改换姓名，不暴露本人在东北抗联的姓名和身份，以应付各种复杂局面。如周保中改为黄绍元，张寿篯改为李兆麟，崔石泉改为崔庸健。
第三，规定了联络系统、联络工具，规定了人员调动与苏军总指挥部的联络关系，规定了抗联与远东第二方面军司令部及其他两个远东方面军司令部的临时联络方法。
8月27日晚，周保中到远东第二方面军司令普尔卡耶夫大将寓所商谈派遣人员的分配问题。当时抗联共有330人（不包括已派出的特遣编外支队和小部队人员），其中朝鲜战士几十名可作为反攻人员，一些在苏联远东军执行小部队侦察等任务的抗联人员此时自动返回不少，也可参加反攻。其余患病者、孕妇、体弱者和儿童为留守人员，这些人可在适当时机返回中国和朝鲜。
考虑到斗争需要和抗联的实际情况，东北党组织委员会、第88特别旅和远东军总司令部共同决定，对一批抗联战士提前提衔晋级，其中中国同志晋升40名，朝鲜同志晋升17名。同时，鉴于第88旅的抗联战士已经过长期革命战争的严峻考验，均已具备了中国共产党员的条件，中共东北委员会决定，批准在第88旅的抗联非党战士，集体加入中国共产党，并规定不经过候补期直接转为中共正式党员。8月28日下午，教导旅召开连以上军官会议，宣布上述决定事项，部署出发准备工作。抗联领导人周保中、李兆麟叮嘱大家要以新的战斗姿态完成抢占和接收东北的伟大任务，号召全体共产党员在接收东北的斗争中，积极贯彻中共七大路线，为建立统一、民主、自由的新中国贡献力量。至此，第88特别教导旅正式撤销。
经过一系列的紧张准备，东北抗联指战员在苏联远东军有关方面人员的护送下从伯力分赴中国东北和朝鲜，从此抗联的光荣斗争历史又揭开崭新的一页。
第一批共170人于9月6日乘飞机分赴中国东北哈尔滨、吉林、延吉和朝鲜。其中，李兆麟赴哈尔滨市，王效明赴吉林市，姜信泰（朝鲜族）赴延吉市，金日成赴朝鲜平壤。
第二批共四十多人，于9月7日由彭施鲁率队，乘飞机赴佳木斯市。
第三批共102名，于9月8日由周保中率队，分乘四架飞机飞抵长春、沈阳等市。
第四批共三十多人，于9月9日由王明贵、范德林、董崇彬率领，乘飞机到达哈尔滨、大连等市。
9月8日下午3时10分，四架满载东北抗联102名指战员的飞机在长春机场降落。在此之前，8月18日，苏军已有500名官兵空降占领长春。8月24日，后贝加尔方面军总司令部和总司令马利诺夫斯基元帅迁入长春原日本关东军司令部旧址。中共东北委员会和周保中迁入大和旅馆，开始了接收、占领长春的工作。这样，长春市既是抗联抢占东北的12个大战略城市之一，又是抗联抢占和接收东北的总指挥部。
抗联部队抢占的东北战略要地共有12个中心点，这些中心点是：长春，周保中负责；哈尔滨，李兆麟负责；沈阳，冯仲云负责；吉林，王效明负责，延吉，姜信泰负责；齐齐哈尔，王明贵负责；北安，王钧负责；海伦，张光迪负责，绥化，陈雷负责；佳木斯，彭施鲁负责；牡丹江，金光侠负责；大连，原派去董崇斌等7人，后因苏军接管大连，董崇斌等人撤到长春。每个大的战略要地下面又各有若干小战略点，近五十个。
随着苏军对各个战略点的解放和抗联抢占与接收东北斗争的开展，东北各地都有一些过去被捕而被解放出狱、或在执行任务中与抗联失去联系的抗联人员纷纷找上来。还有在苏联远东军直接掌握下执行小部队侦察任务，于完成任务后自动归来的抗联人员加入到各个战略点的抗联队伍中，使抗联人员有所增加。当然，也有一些原八路军、新四军被捕战士获得释放，以及东北党组织的地下工作者也都踊跃前来报到，如抢占齐齐哈尔的抗联人员在到达该地三天内，就有29名这样的人员加入他们的战斗行列。11月间，原抗联第4军军长李延禄、中共吉东特委负责人之一李范五以及第5军师长李荆璞等，从延安先后到达佳木斯、牡丹江等地，使接收东北的领导力量得到加强，抗联的声势和影响更大了。
抗联指战员分布于东北各战略要地之后，即着手进行工作。由于东北地区在日本帝国主义统治下长达14年之久，加以日本战败后又面临国民党政权极力争夺东北这一复杂的形势，斗争从哪里进行，工作如何开展，这的确是一个重大的课题。根据1945年8月份确定的行动任务，经过认真研究，抗联首先确定当前的工作重心就是恢复和建立党的组织，建立人民军队，建立人民政权。在工作方式上，根据不同的特点，大体上分两种进行。一种是由苏军直接占领的大、中城市，如沈阳、长春、哈尔滨、大连、齐齐哈尔等地，因苏联政府与中国国民党政府订有条约，苏方不便允许我党公开建立政权和军队，抗联开展工作只能以隐蔽方式进行，在一般情况下，在这样的城市，抗联人员以苏联驻军负责人的身份进行社会活动。另一种方式是在一些没有苏联驻军的县城和乡镇，则以苏军可以占领、而苏军尚未到达为理由，拒绝国民党当局到这些地区接收和管理，抗联人员便可放手发动群众，公开进行工作。
返回东北的抗联领导人十分重视在东北地区尽快恢复和发展党的组织问题，早在反攻东北之前即派遣一批党的地下工作者到各地开展此项工作。反攻开始后，东北党组织委员会要求到各地去开展工作的抗联人员，必须把恢复、发展党的组织作为首要任务，认真抓好。当时东北地区党组织的状况是：原有的各级地方党组织，在日伪统治下屡遭破坏和镇压，损失殆尽，仅存的一些基层组织和党员多半与上级失去组织关系，有的党员被捕后一直监押在狱；原抗联各部的指战员或在对作战中被俘被敌关押，或因病、因伤掉队失去组织联系而潜伏在各地；此外，还有在日伪时期，中共中央东北工作委员会或关内其他解放区在不同时期派往东北进行秘密活动的地下党员和干部，以及在关内与日军作战被俘后，日军将其监禁做苦役的"特殊工人"中的党员。上述各部分人员，在大反攻开始后，有的从监狱中出来，有的就地而起，一时之间，形成了一股很大的革命力量。对这些不同的党组织和党员，都要尽快搞清情况，恢复组织关系。由于情况错综复杂，在短时间内做好恢复和发展党的组织工作，确非易事。东北党组织委员会综合分析了上述情况后，指出东北各战略要地应积极而慎重地开展这一项工作。
长春，是苏军驻东北总司令部所在地。为了更好地配合苏军工作，中共东北委员会机关和抗联总部也设在这里。周保中率领抗联人员飞抵长春之后，立即着手恢复长春地区党组织的工作，并于9月中旬就成立了中共长春地委，书记由周保中兼任。
抢占哈尔滨的抗联党员很快建立起以李兆麟为书记的中共松江地区委员会。
冯仲云率领抗联人员飞抵沈阳后，与相继挺进到沈阳地区的八路军党组织取得了联系，于9月中旬正式成立了中共沈阳地委。
黑龙江地区组建了中共齐齐哈尔市委员会，后组建中共黑龙江地区委员会，负责人由王明贵、王钧、陈雷、张光迪、张瑞麟组成。
以后，在佳木斯、牡丹江、吉林、延吉都分别建立起党的组织。
从9月初到10月中旬这段时间里，返回东北的抗联就已在各地积极协助苏军肃清日伪残余和反动武装，开始建立起了党的各级组织。
成立人民政权的工作，是抗联在协助苏军肃清敌伪残余、维持进驻地区治安和配合八路军、新四军进军东北的过程中进行的。
1945年8月，苏军刚刚进驻长春后，这里的反动势力十分猖獗。伪满的汉奸、警察等敌伪残余，摇身一变，变成了国民党的各种"挺进军"、"先遣军"。各种冒牌的国民党的"市党部"、"区党部"、"区分部"多如牛毛，还组织了所谓"长春维持会"。反动的维持会和国民党特务唆使敌伪残余分子到处打黑枪，破坏治安。
抗联进入长春后，周保中即向苏军驻军总部提出，要通过电台、报社向全世界宣传东北人民在中国共产党领导下进行的14年艰苦卓绝的抗日斗争，宣传抗日联军，表彰抗日烈士，宣传中国共产党领导的八路军、新四军及其他人民军队坚持抗战的英雄业绩等，以树立正确的舆论；并要求接管公安局，建立人民警察队伍，以维持社会治安。经过协商，双方决定由抗联派出王一知等人，以苏军名义进驻伪康德新闻社广播电台、伪邮电局、伪公安局等要害部门，对这些部门实行军事管制。电台称"长春人民广播电台"。报纸只发行两种，即《光明报》和《东北日报》。由于是军管，上述部门原有人员也只好服从指挥。伪公安局被抗联人员以苏军名义军管后，原消防和警察队伍被清理，另建立了三百余人的"自愿警察队"，成立了警备司令部保卫处，执行维护治安任务。为了完成实际上的接管城市工作，由抗联独立组成了长春警备司令办公处，下设公安、社会、工务、政治、特务5个部，分别开展工作。除长春外，哈尔滨及北满各大、中城市也采取了类似措施。
东北的最大城市沈阳，因为八路军李运昌所部于9月上旬即已到达此地，各方面工作开展得更为迅速。当曾克林、唐凯率八路军先头部队到达沈阳时，开始苏军不允许进城，后经再三交涉，说明八路军是遵照延安总部朱总司令的命令，到东北配合苏军作战，接管东北城市、维持社会秩序是理所当然的事，苏军当局才允许其进驻，并将共产党部队改称东北人民自治军。进城后，东北人民自治军在冯仲云率领的抗联人员配合下，接管了沈阳兵工厂、仓库及电台、邮电局等部门，并很快就建立了沈阳市人民政府，以白希清为市长、焦若愚为副市长、赵灌华为公安局局长。不久，鞍山、海城、安东等地也被东北人民自治军接管。