盡管抗聯官兵在蘇軍派出的特種支隊中大顯身手，蘇聯遠東軍對抗聯教導旅的使用卻是十分謹慎的。8月9日清晨蘇軍對日開戰後，抗聯如何行動，卻沒有得到任何指令。據周保中日記記載，蘇軍對日開戰後，遠東軍對第88旅又有了新的動議，曾指令該旅組織幾個梯隊待命。到了8月11日3時，按訓示，抗聯教導旅第一梯隊各隊停止派遣，解散回營，準備全旅行動由江運，這意味着抗聯教導旅将由梯隊行動轉入全旅建制行動。
11日下午18時，第88旅受命移駐江邊。第二天，王新林來信稱暫停原地，不移動。
同一天，王新林又訓示第88旅重組第一梯隊各隊，準備出發。第二天，即8月13日3時，第88旅的作戰任務又有了新的變化。
至8月19日，第88旅仍未得到出發指令。周保中旅長帶中尉參謀、軍械處處長同行赴總司令部，請示該旅今後的行動，由于 POAHK （蘇遠東軍第二方面軍軍官，抗聯反攻東北時任旅政治委員）不在，不得結果而回。
爾後，周保中旅長再次到伯力，要求王新林代轉給阿巴納申科總司令的請戰電報；此後，周再次赴遠東第二方面軍司令部詢問本旅行動問題，"并請幫助以便我親自赴大學營請示王新林上校"。直到"13日11時，王新林上校來寓所通知本旅行動問題，大學營也已去電第二方面軍司令詢問具體意見"。
就在抗聯任務未定之時，8月下旬，周保中突然接到由遠東軍司令部轉來的斯大林從莫斯科打來的電報。電文如下："東北是你們中國人民的東北，蘇聯紅軍的任務是解放東北，建設東北的任務是你們的使命。"
盡管開戰已近17天，抗聯官兵急于奔赴前線的願望仍然沒有得到滿足，但大家并不感到難過。因為，大家估計解放全東北的戰鬥要打較長時間，苦戰、惡戰有得打。然而誰也沒有料到，日本政府在8月15日就已宣布投降。聽到這個消息，大家既欣喜若狂，又惋惜自己沒能親自參加痛殲日本侵略者的戰鬥。
日本政府于8月15日宣布無條件投降後，8月14日，與蘇聯政府簽訂《中蘇友好同盟條約》的國民黨政府對解放區的人民軍隊下令就地駐防待命，不得向敵僞"擅自行動"。美軍麥克阿瑟又以遠東盟軍司令名義指令日軍向蔣介石的軍隊及其政府投降，而不得向中國共産黨上司的人民武裝力量投降。在美蔣配合搶奪抗戰勝利果實的情況下，蘇聯遠東軍和東北抗聯不能不根據實際情況采取相應的對策。
8月28日，蘇聯遠東軍總司令部軍事委員希金中将召見抗聯教導旅旅長周保中，下達了遠東軍總司令華西列夫斯基的訓示：第88旅現有中國人員和蘇聯人員要分别行動，蘇聯人員暫時不動。中國人員要随蘇軍各方面軍分别占領東北各個戰略要點，并準備接受駐東北各城市蘇軍衛戍司令的任命。同時，他規定了抗聯傳回東北後的任務：
一、幫助蘇軍維持占領地的革命秩序，肅清敵僞殘餘和一切反革命分子，提高蘇軍在當地群衆中的威信，促進中蘇人民友好。
二、利用抗聯參加軍事管制的合法地位建立黨組織，開展群衆運動，在主要的占領地以外建立人民武裝和根據地。
希金中将還同周保中一起估計到了三種可能發生的情況：第一，中共中央和八路軍向東北分布力量，準備迎接黨中央和八路軍。第二，八路軍被新的反動勢力暫時隔斷，國民黨統治東北，準備進行新的長期的遊擊戰争，反對國民黨。第三，抗聯在東北處于十分不利的情況下，可随同蘇軍撤退，再回蘇聯。
抗聯教導旅指戰員在配合蘇軍反攻東北時，具有雙重身份。他們既是中國東北抗日聯軍人員，又屬于蘇軍編制，在占領地可以開展各種合法活動。待蘇軍撤出東北後，他們可以順理成章地以抗聯指戰員身份接管城市。這樣，既不違反8月14日蘇聯政府與中國國民黨政府簽訂的《中蘇友好同盟條約》的規定，又確定各地區能順利地回到人民手中，使美蔣合流掠奪人民抗戰勝利成果的陰謀歸于失敗。
根據上述精神，抗聯上司人向全體指戰員布置了具體行動方案：
第一，抗聯指戰員在反攻東北後，迅速搶占57個戰略要點，即12個大城市和45個中、小城市，以接收東北。
第二，撤銷抗聯第88旅的建制。抗聯幹部在各戰略要點的主要負責人，都以蘇軍衛戍區司令部副司令的身份出現，每個抗聯指戰員都發給蘇軍軍官證書。為保密起見，在軍官證書上，都改換姓名，不暴露本人在東北抗聯的姓名和身份，以應付各種複雜局面。如周保中改為黃紹元，張壽篯改為李兆麟，崔石泉改為崔庸健。
第三，規定了聯絡系統、聯絡工具，規定了人員調動與蘇軍總指揮部的聯絡關系，規定了抗聯與遠東第二方面軍司令部及其他兩個遠東方面軍司令部的臨時聯絡方法。
8月27日晚，周保中到遠東第二方面軍司令普爾卡耶夫大将寓所商談派遣人員的配置設定問題。當時抗聯共有330人（不包括已派出的特遣編外支隊和小部隊人員），其中北韓戰士幾十名可作為反攻人員，一些在蘇聯遠東軍執行小部隊偵察等任務的抗聯人員此時自動傳回不少，也可參加反攻。其餘患病者、孕婦、體弱者和兒童為留守人員，這些人可在适當時機傳回中國和北韓。
考慮到鬥争需要和抗聯的實際情況，東北黨組織委員會、第88特别旅和遠東軍總司令部共同決定，對一批抗聯戰士提前提銜晉級，其中中國同志晉升40名，北韓同志晉升17名。同時，鑒于第88旅的抗聯戰士已經過長期革命戰争的嚴峻考驗，均已具備了中國共産黨員的條件，中共東北委員會決定，準許在第88旅的抗聯非黨戰士，集體加入中國共産黨，并規定不經過候補期直接轉為中共正式黨員。8月28日下午，教導旅召開連以上軍官會議，宣布上述決定事項，部署出發準備工作。抗聯上司人周保中、李兆麟叮囑大家要以新的戰鬥姿态完成搶占和接收東北的偉大任務，号召全體共産黨員在接收東北的鬥争中，積極貫徹中共七大路線，為建立統一、民主、自由的新中國貢獻力量。至此，第88特别教導旅正式撤銷。
經過一系列的緊張準備，東北抗聯指戰員在蘇聯遠東軍有關方面人員的護送下從伯力分赴中國東北和北韓，從此抗聯的光榮鬥争曆史又揭開嶄新的一頁。
第一批共170人于9月6日乘飛機分赴中國東北哈爾濱、吉林、延吉和北韓。其中，李兆麟赴哈爾濱市，王效明赴吉林市，姜信泰（北韓族）赴延吉市，金日成赴北韓平壤。
第二批共四十多人，于9月7日由彭施魯率隊，乘飛機赴佳木斯市。
第三批共102名，于9月8日由周保中率隊，分乘四架飛機飛抵長春、沈陽等市。
第四批共三十多人，于9月9日由王明貴、範德林、董崇彬率領，乘飛機到達哈爾濱、大連等市。
9月8日下午3時10分，四架滿載東北抗聯102名指戰員的飛機在長春機場降落。在此之前，8月18日，蘇軍已有500名官兵空降占領長春。8月24日，後貝加爾方面軍總司令部和總司令馬利諾夫斯基元帥遷入長春原日本關東軍司令部舊址。中共東北委員會和周保中遷入大和旅館，開始了接收、占領長春的工作。這樣，長春市既是抗聯搶占東北的12個大戰略城市之一，又是抗聯搶占和接收東北的總指揮部。
抗聯部隊搶占的東北戰略要地共有12個中心點，這些中心點是：長春，周保中負責；哈爾濱，李兆麟負責；沈陽，馮仲雲負責；吉林，王效明負責，延吉，姜信泰負責；齊齊哈爾，王明貴負責；北安，王鈞負責；海倫，張光迪負責，綏化，陳雷負責；佳木斯，彭施魯負責；牡丹江，金光俠負責；大連，原派去董崇斌等7人，後因蘇軍接管大連，董崇斌等人撤到長春。每個大的戰略要地下面又各有若幹小戰略點，近五十個。
随着蘇軍對各個戰略點的解放和抗聯搶占與接收東北鬥争的開展，東北各地都有一些過去被捕而被解放出獄、或在執行任務中與抗聯失去聯系的抗聯人員紛紛找上來。還有在蘇聯遠東軍直接掌握下執行小部隊偵察任務，于完成任務後自動歸來的抗聯人員加入到各個戰略點的抗聯隊伍中，使抗聯人員有所增加。當然，也有一些原八路軍、新四軍被捕戰士獲得釋放，以及東北黨組織的地下工作者也都踴躍前來報到，如搶占齊齊哈爾的抗聯人員在到達該地三天内，就有29名這樣的人員加入他們的戰鬥行列。11月間，原抗聯第4軍軍長李延祿、中共吉東特委負責人之一李範五以及第5軍師長李荊璞等，從延安先後到達佳木斯、牡丹江等地，使接收東北的上司力量得到加強，抗聯的聲勢和影響更大了。
抗聯指戰員分布于東北各戰略要地之後，即着手進行工作。由于東北地區在日本帝國主義統治下長達14年之久，加以日本戰敗後又面臨國民黨政權極力争奪東北這一複雜的形勢，鬥争從哪裡進行，工作如何開展，這的确是一個重大的課題。根據1945年8月份确定的行動任務，經過認真研究，抗聯首先确定目前的工作重心就是恢複和建立黨的組織，建立人民軍隊，建立人民政權。在工作方式上，根據不同的特點，大體上分兩種進行。一種是由蘇軍直接占領的大、中城市，如沈陽、長春、哈爾濱、大連、齊齊哈爾等地，因蘇聯政府與中國國民黨政府訂有條約，蘇方不便允許我黨公開建立政權和軍隊，抗聯開展工作隻能以隐蔽方式進行，在一般情況下，在這樣的城市，抗聯人員以蘇聯駐軍負責人的身份進行社會活動。另一種方式是在一些沒有蘇聯駐軍的縣城和鄉鎮，則以蘇軍可以占領、而蘇軍尚未到達為理由，拒絕國民黨當局到這些地區接收和管理，抗聯人員便可放手發動群衆，公開進行工作。
傳回東北的抗聯上司人十分重視在東北地區盡快恢複和發展黨的組織問題，早在反攻東北之前即派遣一批黨的地下工作者到各地開展此項工作。反攻開始後，東北黨組織委員會要求到各地去開展工作的抗聯人員，必須把恢複、發展黨的組織作為首要任務，認真抓好。當時東北地區黨組織的狀況是：原有的各級地方黨組織，在日僞統治下屢遭破壞和鎮壓，損失殆盡，僅存的一些基層組織和黨員多半與上級失去組織關系，有的黨員被捕後一直監押在獄；原抗聯各部的指戰員或在對作戰中被俘被敵關押，或因病、因傷掉隊失去組織聯系而潛伏在各地；此外，還有在日僞時期，中共中央東北工作委員會或關内其他解放區在不同時期派往東北進行秘密活動的地下黨員和幹部，以及在關内與日軍作戰被俘後，日軍将其監禁做苦役的"特殊勞工"中的黨員。上述各部分人員，在大反攻開始後，有的從監獄中出來，有的就地而起，一時之間，形成了一股很大的革命力量。對這些不同的黨組織和黨員，都要盡快搞清情況，恢複組織關系。由于情況錯綜複雜，在短時間内做好恢複和發展黨的組織工作，确非易事。東北黨組織委員會綜合分析了上述情況後，指出東北各戰略要地應積極而慎重地開展這一項工作。
長春，是蘇軍駐東北總司令部所在地。為了更好地配合蘇軍工作，中共東北委員會機關和抗聯總部也設在這裡。周保中率領抗聯人員飛抵長春之後，立即着手恢複長春地區黨組織的工作，并于9月中旬就成立了中共長春地委，書記由周保中兼任。
搶占哈爾濱的抗聯黨員很快建立起以李兆麟為書記的中共松江地區委員會。
馮仲雲率領抗聯人員飛抵沈陽後，與相繼挺進到沈陽地區的八路軍黨組織取得了聯系，于9月中旬正式成立了中共沈陽地委。
黑龍江地區組建了中共齊齊哈爾市委員會，後組建中共黑龍江地區委員會，負責人由王明貴、王鈞、陳雷、張光迪、張瑞麟組成。
以後，在佳木斯、牡丹江、吉林、延吉都分别建立起黨的組織。
從9月初到10月中旬這段時間裡，傳回東北的抗聯就已在各地積極協助蘇軍肅清日僞殘餘和反動武裝，開始建立起了黨的各級組織。
成立人民政權的工作，是抗聯在協助蘇軍肅清敵僞殘餘、維持進駐地區治安和配合八路軍、新四軍進軍東北的過程中進行的。
1945年8月，蘇軍剛剛進駐長春後，這裡的反動勢力十分猖獗。僞滿的漢奸、警察等敵僞殘餘，搖身一變，變成了國民黨的各種"挺進軍"、"先遣軍"。各種冒牌的國民黨的"市黨部"、"區黨部"、"區分部"多如牛毛，還組織了所謂"長春維持會"。反動的維持會和國民黨特務唆使敵僞殘餘分子到處打黑槍，破壞治安。
抗聯進入長春後，周保中即向蘇軍駐軍總部提出，要通過電台、報社向全世界宣傳東北人民在中國共産黨上司下進行的14年艱苦卓絕的抗日鬥争，宣傳抗日聯軍，表彰抗日烈士，宣傳中國共産黨上司的八路軍、新四軍及其他人民軍隊堅持抗戰的英雄業績等，以樹立正确的輿論；并要求接管警察局，建立人民警察隊伍，以維持社會治安。經過協商，雙方決定由抗聯派出王一知等人，以蘇軍名義進駐僞康德新聞社廣播電台、僞郵電局、僞警察局等要害部門，對這些部門實行軍事管制。電台稱"長春人民廣播電台"。報紙隻發行兩種，即《光明報》和《東北日報》。由于是軍管，上述部門原有人員也隻好服從指揮。僞警察局被抗聯人員以蘇軍名義軍管後，原消防和警察隊伍被清理，另建立了三百餘人的"自願警察隊"，成立了警備司令部保衛處，執行維護治安任務。為了完成實際上的接管城市工作，由抗聯獨立組成了長春警備司令辦公處，下設公安、社會、工務、政治、特務5個部，分别開展工作。除長春外，哈爾濱及北滿各大、中城市也采取了類似措施。
東北的最大城市沈陽，因為八路軍李運昌所部于9月上旬即已到達此地，各方面工作開展得更為迅速。當曾克林、唐凱率八路軍先頭部隊到達沈陽時，開始蘇軍不允許進城，後經再三交涉，說明八路軍是遵照延安總部朱總司令的指令，到東北配合蘇軍作戰，接管東北城市、維持社會秩序是理所當然的事，蘇軍當局才允許其進駐，并将共産黨部隊改稱東北人民自治軍。進城後，東北人民自治軍在馮仲雲率領的抗聯人員配合下，接管了沈陽兵工廠、倉庫及電台、郵電局等部門，并很快就建立了沈陽市人民政府，以白希清為市長、焦若愚為副市長、趙灌華為警察局局長。不久，鞍山、海城、安東等地也被東北人民自治軍接管。