AI进化的奥秘：从基因到系统地理学，M. nattereri物种复合体的秘密
前言：在通过收集来自125个地点的292个样本的遗传数据，对M. nattereri物种复合体进行遗传学和系统地理学分析。对部分线粒体基因NADH脱氢酶亚基1（ND1）进行了DNA分离和测序，并使用CodonCode Aligner软件进行编辑和比对。也对mtDNA和nuDNA进行了序列分析和多态性估计。最终的遗传数据已存入GenBank，登录号为MN706627-MN707417。
在系统发育重建方面，使用BEAST软件对mtDNA进行了贝叶斯系统发育树的构建，分析了树的拓扑和进化关系。同时，还采用了两种不同的方法对核标记进行分析，使用*BEAST和BPP V.4软件，从不同角度研究物种之间的关系。
还对人口遗传结构进行了调查，运用主成分分析（PCA）和STRUCTURE 2.3.4软件来探索群体结构。对群体间的差异进行了分析，并利用CLUMPAK服务器展示了分析结果。使用贝叶斯和扩展贝叶斯天际线分析方法来估计线粒体和核数据集谱系的人口统计历史，研究了物种的种群动态和演化历程。
收集了来自125个地点的292个样本的遗传数据。对部分线粒体基因NADH脱氢酶亚基1（ND1）进行了DNA分离和测序，遵循的描述。对于mtDNA分析，生成了240个序列（长度为450 bp），并使用从GenBank收集的133个序列进行了分析。对于nuDNA分析。
对样本子集的四个核内含子进行了测序，包括ABHD11基因的内含子5（n = 103）、ACOX2基因的内含子3（n = 156）、COPS基因的内含子4（n = 136）和ROGDI基因的内含子7（n = 152），他们之前在M. nattereri物种复合体中使用了这些标记。
生成的序列在CodonCode Aligner（CodonCode Corporation, MA, USA）中进行编辑和比对。使用DnaSP 5.10 中实现的PHASE算法对核序列进行定相。使用MEGA7进行谱系间遗传差异的估计 ，在DnaSP中进行序列多态性估计。
对于mtDNA分析，使用BEAST 1.8.3重建了贝叶斯系统发育树 。运行了两条独立的2000万条链，均具有合并指数种群和合并恒定种群先验，并选择HKY作为替代模型。在TRACER 1.6.0中检查运行的收敛性和估计参数的有效样本量（ESS）。
在所有运行中，所有参数均收敛，且ESS值高于200。对于两个群体先验，结果相似；在这里，展示了合并指数总体先验的结果。重复运行生成的树和日志文件在LOGCOMBINER 1.8.0中合并（BEAST Software - Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Tre...）百分之十燃烧。利用树注释器中的最大区段可信性拓扑对树进行了总结，最终的树是用M.铝阴极。
对于核标记，使用了两种不同的方法。在第一个方法中，使用了*BEAST由BEAST 1.8.3实施。根据它们的mtDNA和NuDNA的聚类将样本分成五组：欧洲-包括安纳托利亚人和高加索地区的M. nattereri。
使用贝叶斯和扩展贝叶斯天际线分析来分别估计线粒体和核数据集谱系的人口统计历史。这两项分析均在BEAST v. 2.5.1 中运行，使用默认先验和HKY作为替代模型。
运行次数是针对1亿条链进行计算的。在TRACER 1.7.1中检查了估计参数的收敛性和有效样本量(ESS)。在所有运行中，所有参数均收敛，且ESS值高于200。使用TRACER 1.7.1来构建贝叶斯天际线，并使用EBSPAanalyser进行扩展贝叶斯天际线重建，并进行10%的老化。
结论：通过对M. nattereri物种复合体的遗传数据进行采样和分析，关于物种间关系和人口遗传结构的有价值的结论。通过系统发育重建，得到了贝叶斯系统发育树物种的进化历程。
在人口遗传结构方面，采用了PCA和STRUCTURE分析，探索了群体结构和种群动态。最终，通过贝叶斯和扩展贝叶斯天际线分析。
线粒体和核数据集谱系的人口统计历史，为理解物种的演化和适应提供了重要线索。这些结果对于深入了解M. nattereri物种复合体的生物学和生态学意义具有重要价值。
