很多人把当年蒙古人（包括满清）入侵中原国家，和日本人入侵中国这两个历史事件的性质分不清楚。因为分不清楚，所以就把这两个历史事件混为一谈，认为蒙古人入侵中原国家，与日本人入侵中国是一样的。从而出现了割断历史，认为元朝不是中国历史一部分的这种错误说法；或者就像抗日战争时期的那些汉奸一样，认为既然我们承认蒙古人入侵中原国家，那么就应该同样承认日本人入侵中国。
那么，为什么蒙古人入侵中原国家，与日本人入侵中国，在性质上是不一样的呢？
一、根脉不同。
事实上，无论是蒙古人还是中原地区的汉人，他们的根脉都是一样的。《史记》曾记载，匈奴人是夏朝的后裔。而匈奴人又是北方少数民族中，最早崛起，也是最为强势的一个民族。匈奴人后来被中原国家打败以后，通过不断分化和迁徙，最终形成了多个民族。应该说，蒙古族也是匈奴族后代形成的。
总之，蒙古族和中原的汉族，在起源上是差不多的，都是从同一个老根上发芽壮大的。
日本人不一样。虽然我们现在有一种说法认为，日本人是徐福的三千童男童女后代。但是，这只不过是一种猜测而已，并没有历史证据。所以，我们现在的历史定论是，日本的大和民族和中华民族，并不是同一个起源的民族。
二、文化不同。
蒙古人的游牧文化，和中原汉族的农耕文化，虽然有很大的区别，但事实上又有很多相似的地方。蒙古文化是深受中原地区文化影响的。
这是因为，在长时间里，中原国家和北方少数民族之间，有一种朝贡体系。北方的少数民族，一直以来就奉中原地区的国家为宗主国，而他们则是藩属国。
所谓的藩属国，和藩王的性质是一样的。只不过藩王与中央皇权更近一些，藩属国隔得稍远一些而已。但是他们都有一个共同的政治规则，就是可以在自己的国家里，有一定的自主权，总体上是必须服从于中央政府的。
这种藩属关系，是深受周朝分封制影响的。虽然周朝的分封制已经消失了，但是影响还在。
北方的少数民族，也曾多次和中原地区的国家对抗，但是，对抗事实上是服从的一种延续。很多时候，北方的少数民族，是用对抗的方式表示服从。这就相当于在一个大家庭里，有些孩子不听父母的管教，但是他并不是不认父母。他们不听管教的目的，是想从父母那里获得更多的好处。
日本在历史上，几乎没有和中原国家有过朝贡关系。虽然中原国家也曾经对日本进行过分封，但都是非常少的。虽然日本也多次派人到中原国家来学习文化，他们的文化也深受中原国家的影响，但是他们已经自成一套，算是一个比较完善的系统。
这就使得日本和中原地区国家，在文化上是有没有更大的认同感的。举个例子，中国古代中原国家的侵略性是不强的，而日本由于长期生活在岛上，所以一直有很大的侵略性，总想着不断对外扩张。
三、融合不同。
北方的少数民族和中原地区的国家，在发展过程中有着多次反复的融合过程。就相当于一副同样的牌，已经被多次推倒，重新组合起来了。
中原地区和北方少数民族地区，是相互需要的，北方少数民族地区不出产粮食、茶叶等生活必需品。这些必需品，只能从中原地区获得。而中原地区不出产战马，这些战马，也只能从北方少数民族地区那里获得。
日本显然是不一样的。日本的经济，并不依赖古代中原地区的经济，古代中原地区的经济也不依赖日本经济，两个地方的经济，是独立发展的，很少有交叉的情况。
从以上的分析，我们就可以看出，当年的蒙古人和近代的日本人，对于中华民族来说，完全不是同一个概念，所以不能够把它们混为一谈。
（参考资料：《中国通史》《日本史》等）