雍正从父亲康熙手里，接过了一个比较烂的摊子：雍正即位之初核查国库，发现偌大一个清王朝，国库里只有八百万两银子。按现在的银价推算，这笔钱大概也就相当于二十亿人民币。雍正吓一跳，好几天睡不着觉，他很清楚，问题就出在“腐败”二字。通常新帝登基，为笼络人心，都有豁免官员亏空、不算旧账的惯例，雍正则从内阁给他草拟的诏书里删掉了这一条，下决心惩治腐败。
他首先在中央设立了审计机关，名为“会考府”。会考府的职责，就是查账。此前各省向户部缴纳税银，水分很大，因为户部要从中收取“部费”，否则不准核销上报。雍正说各地亏空钱粮，不论是受上级勒索，还是自身侵占，都属非法，“朕今不能如皇考宽容。”他责令怡亲王允祥（十三爷）和舅舅隆科多等人负责清查，并对老十三说：“尔若不能清查，朕必另遣大臣；若大臣再不能清查，朕必亲自查出。”轰轰烈烈的查账运动就此开展起来。
允祥带队查出很多问题，比如户部库银亏空二百五十万两，雍正令户部历任官员赔偿一百五十万两，剩下一百万两采取分期还债办法，逐年补齐。履郡王允祹管理内务府时有亏空，被查出来要赔，允祹无奈地变卖家当补足欠款。河道总督赵世显克扣水利工料，被关进大牢，家财充公。苏州织造李煦亏空公款三十八万两，抄家赔偿。
雍正抄了一大批贪官的家产，这种铁腕手段确实震慑了官场，官员们背地里骂他是“抄家皇帝”。雍正还禁止被查出亏空的官员留任弥补，一律革职。雍正十年，直隶总督李卫说，各州县官员在任三年以上者寥寥无几，因为被革掉得太多了。有些官员自知难逃惩处，畏罪自杀，雍正仍不罢休，命令查案人员对罪官的亲属继续严加审讯，“所有赃款着落追赔。”
官员们为什么要贪腐呢？这是个老大难问题，光靠抄家赔钱解决不了。雍正知道，其实清朝官员俸禄是偏低的，在京一品官的年薪是白银一百八十两，相当于今天的四万多块钱。知府一百零五两，知州八十两，到了县令这一级只有四十五两，养家糊口都勉强，更不要说请客送礼了。
雍正重拳反腐，断了官员财路，若不加薪，官员们都活不下去。为解决这一体制问题，雍正推出了“养廉银”制度，视职位高低给官员们发放额外补贴。随着国库不断充实，养廉银逐年增多，最高的官员补贴达到每年三万两，少的也有几百两，比他们的基本工资高出几十倍甚至上百倍。
通过一系列的反腐政令和经济调整策略，雍正终于把国库的大窟窿填上了。只用了五年时间，国库储银就从八百万两增至五千万两。虽然到雍正末年，国库里的钱又回落到不足三千万两，而且国库有钱，老百姓口袋里未必有钱——但比起父亲康熙，雍正仍然算是能反腐、会理财的皇帝了。