雍正從父親康熙手裡，接過了一個比較爛的攤子：雍正即位之初核查國庫，發現偌大一個清王朝，國庫裡隻有八百萬兩銀子。按現在的銀價推算，這筆錢大概也就相當于二十億人民币。雍正吓一跳，好幾天睡不着覺，他很清楚，問題就出在“腐敗”二字。通常新帝登基，為籠絡人心，都有豁免官員虧空、不算舊賬的慣例，雍正則從内閣給他草拟的诏書裡删掉了這一條，下決心懲治腐敗。
他首先在中央設立了審計機關，名為“會考府”。會考府的職責，就是查賬。此前各省向戶部繳納稅銀，水分很大，因為戶部要從中收取“部費”，否則不準核銷上報。雍正說各地虧空錢糧，不論是受上級勒索，還是自身侵占，都屬非法，“朕今不能如皇考寬容。”他責令怡親王允祥（十三爺）和舅舅隆科多等人負責清查，并對老十三說：“爾若不能清查，朕必另遣大臣；若大臣再不能清查，朕必親自查出。”轟轟烈烈的查賬運動就此開展起來。
允祥帶隊查出很多問題，比如戶部庫銀虧空二百五十萬兩，雍正令戶部曆任官員賠償一百五十萬兩，剩下一百萬兩采取分期還債辦法，逐年補齊。履郡王允祹管理内務府時有虧空，被查出來要賠，允祹無奈地變賣家當補足欠款。河道總督趙世顯克扣水利工料，被關進大牢，家财充公。蘇州織造李煦虧空公款三十八萬兩，抄家賠償。
雍正抄了一大批貪官的家産，這種鐵腕手段确實震懾了官場，官員們背地裡罵他是“抄家皇帝”。雍正還禁止被查出虧空的官員留任彌補，一律革職。雍正十年，直隸總督李衛說，各州縣官員在任三年以上者寥寥無幾，因為被革掉得太多了。有些官員自知難逃懲處，畏罪自殺，雍正仍不罷休，指令查案人員對罪官的親屬繼續嚴加審訊，“所有贓款着落追賠。”
官員們為什麼要貪腐呢？這是個老大難問題，光靠抄家賠錢解決不了。雍正知道，其實清朝官員俸祿是偏低的，在京一品官的年薪是白銀一百八十兩，相當于今天的四萬多塊錢。知府一百零五兩，知州八十兩，到了縣令這一級隻有四十五兩，養家糊口都勉強，更不要說請客送禮了。
雍正重拳反腐，斷了官員财路，若不加薪，官員們都活不下去。為解決這一體制問題，雍正推出了“養廉銀”制度，視職位高低給官員們發放額外補貼。随着國庫不斷充實，養廉銀逐年增多，最高的官員補貼達到每年三萬兩，少的也有幾百兩，比他們的基本工資高出幾十倍甚至上百倍。
通過一系列的反腐政令和經濟調整政策，雍正終于把國庫的大窟窿填上了。隻用了五年時間，國庫儲銀就從八百萬兩增至五千萬兩。雖然到雍正末年，國庫裡的錢又回落到不足三千萬兩，而且國庫有錢，老百姓口袋裡未必有錢——但比起父親康熙，雍正仍然算是能反腐、會理财的皇帝了。