1886年8月7日，丁汝昌率北洋水师来长崎维修。8月13日，中国水兵上岸购物，5名水兵跑到妓院去潇洒，他们在妓院外排了很长时间的队，却发现有些日本人可以直进直出。这样的差别待遇让水兵们火冒三丈，他们把妓院给砸了个精光。此时妓院老板叫来警察，于是北洋水师士兵与警察发生冲突，1名日本警察受重伤，1名中国水兵受轻伤。
8月15日，中国水兵放假上岸购物，被日本警察无故拦住去路，日本人先是大打出手，然后拔刀伤人，中国水兵不甘受辱，挥拳还击，双方在狭窄的街道扭打成一团，一些日本军民见状，男人拿出菜刀、棍棒追杀中国水兵，女人则用滚烫的开水从窗口向中国水兵泼去。中国人因都是徒手，吃了大亏，死5人，伤44人，失踪5人。事发后，北洋水师群情激愤，将炮口对准了长崎市，水师教官琅威理说：“日本海军总吨位赶不上我们定远、镇远二舰，应该开战来报仇。”但丁汝昌不同意，主张谈判解决。
最后，双方在英、德公使的调停下彼此让步，达成协议，称这次冲突是因为语言不通，彼此误会，没有追究责任和是非，互相给对方伤员抚恤金。日方给中国抚恤金52500元，中方付给日本抚恤金15500元。
此外，由于李鸿章的强硬态度，日本被迫下令长崎警察不得带刀。随后日本为自我安慰，干脆令全国警察不得带刀，直到甲午战争爆发。这次访问后，日本民间掀起了极大的反清浪潮，日本小孩用纸做成小船，在纸上写着“定远”、“镇远”字样，然后放在水里，用石头砸。
1887年日本小川又次制定《征讨清国策》，该策在第一部分说：“若维护我帝国独立，伸张国威，进而巍屹于万国，保持安宁，则不可不分割清国，使之成为数个小邦国。清国虽老衰腐朽，仍乃一世界大国。清人虽愚蠢不决，但受此屡战屡败刺激，对需培养实力已稍有感悟，近来陆海两军已渐有讲究改良之趋势。清国优柔，显然不能一举成为强国，但只要努力不懈，理应达到此境界，以当前形势看，20年后可能完备。趁清国还幼稚，我们应断其四肢，伤其身体，使之不能动弹，我国才能保住安宁，亚洲大势才能为我掌握，由我国维持。”
小川又次还说：“清国人民只知有中国，不知有外国，他们傲慢自大，对天下形势毫不知情，这帮无知愚昧的人民，大多不知爱国是何物。像清国这样缺乏忠君爱国精神的国家，再加上财政赤字严重，可谓积弊已极。对待这种国家，必须来点硬的，况且今日世界乃是豺狼世界，完全不能以道理、信义交往。我国现在最要紧的，莫过于研究进攻清国的方略，以便在灭清国后使我国国运隆盛。”
1890年，日本海军经费已占国家支出的12%。由于军费开支过大，日本爆发经济危机，为缓解国内矛盾，日本对华作战的态度更加明确。外相陆奥宗光说：“国内形势日益紧迫，政府若不做出一个惊人事业，便不能稳定动荡不安的人心。”这个惊人事业就是对华开战！
1891年，李鸿章为震慑日本，派北洋水师访问日本，桦山资纪说：“丁汝昌为何从下关进日本，经懒户内海绕纪伊半岛到东京？”伊东祐亨说：“丁汝昌是在向我们示威，他的意思是日本内海就是北洋水师的后院，如果日清开战，他能指挥北洋水师打到东京。”桦山资纪明白了，他决心示弱，随后在欢迎宴会上这位日本海军大臣奉承说：“中国海军堪称亚洲第一。”丁汝昌得意地说：“谢谢您对我海军的赞誉，不过比起西洋海军，我们还有一定差距，中日海军应联合，共同对付西方威胁。”松山资纪笑吟吟道：“好！为中日海军携手，干杯！随后日本军官参观了“定远”舰。他们的白手套在船上一摸就变成黑色，他们据此看出清军的懒惰，连船都不擦。
还是在此次参观中，据说日本海军将领东乡平八郎看到“定远”舰士兵将裤子晾到主炮上，认为清军连自己的武器都不尊重，由此断定清军无战斗力最终发动甲午战争。然而事实真的如此吗？不是的。“定远”舰甲板的高度决定了水兵不会因晾衣服而冒险爬到3米高的主炮上，水兵的衣服一般晾在船舷栏杆上。我看过的一些照片显示，同期美、日、俄、德水兵都把衣服晾在船舷上，因此主炮晾衣服一事多半是不懂海军的人编造的。
事实上，此次访问后，伊东祐亨说：“如果现在和清国开战，我们没有取胜的可能，单‘定远’、‘镇远’两舰就足以让我联合舰队所有战舰葬身海底。”松山资纪则说：“看来李鸿章的目的达到了。”
《东京每日新闻》也写道：“以前北洋水师来的时候，甲板上放着关羽的像，乱七八糟的供香，味道难闻之极，甲板上散乱着吃剩的食物，水兵衣冠不整，而今不整齐的现象荡然全无，关羽的像已撤去，烧香味无影无踪，军纪大为改观，水兵体格也一望而知其强壮勇武。”看来，无论是日本军方还是媒体，都认为此时与清国开战是不明智的。
但无论如何，此次清军日本之行坚定了日本积蓄力量对华开战的决心。