1886年8月7日，丁汝昌率北洋水師來長崎維修。8月13日，中國水兵上岸購物，5名水兵跑到妓院去潇灑，他們在妓院外排了很長時間的隊，卻發現有些日本人可以直進直出。這樣的差别待遇讓水兵們火冒三丈，他們把妓院給砸了個精光。此時妓院老闆叫來警察，于是北洋水師士兵與警察發生沖突，1名日本警察受重傷，1名中國水兵受輕傷。
8月15日，中國水兵放假上岸購物，被日本警察無故攔住去路，日本人先是大打出手，然後拔刀傷人，中國水兵不甘受辱，揮拳還擊，雙方在狹窄的街道扭打成一團，一些日本軍民見狀，男人拿出菜刀、棍棒追殺中國水兵，女人則用滾燙的開水從視窗向中國水兵潑去。中國人因都是徒手，吃了大虧，死5人，傷44人，失蹤5人。事發後，北洋水師群情激憤，将炮口對準了長崎市，水師教官琅威理說：“日本海軍總噸位趕不上我們定遠、鎮遠二艦，應該開戰來報仇。”但丁汝昌不同意，主張談判解決。
最後，雙方在英、德公使的調停下彼此讓步，達成協定，稱這次沖突是因為語言不通，彼此誤會，沒有追究責任和是非，互相給對方傷員撫恤金。日方給中國撫恤金52500元，中方付給日本撫恤金15500元。
此外，由于李鴻章的強硬态度，日本被迫下令長崎警察不得帶刀。随後日本為自我安慰，幹脆令全國警察不得帶刀，直到甲午戰争爆發。這次通路後，日本民間掀起了極大的反清浪潮，日本小孩用紙做成小船，在紙上寫着“定遠”、“鎮遠”字樣，然後放在水裡，用石頭砸。
1887年日本小川又次制定《征讨清國策》，該策在第一部分說：“若維護我帝國獨立，伸張國威，進而巍屹于萬國，保持安甯，則不可不分割清國，使之成為數個小邦國。清國雖老衰腐朽，仍乃一世界大國。清人雖愚蠢不決，但受此屢戰屢敗刺激，對需培養實力已稍有感悟，近來陸海兩軍已漸有講究改良之趨勢。清國優柔，顯然不能一舉成為強國，但隻要努力不懈，理應達到此境界，以目前形勢看，20年後可能完備。趁清國還幼稚，我們應斷其四肢，傷其身體，使之不能動彈，我國才能保住安甯，亞洲大勢才能為我掌握，由我國維持。”
小川又次還說：“清國人民隻知有中國，不知有外國，他們傲慢自大，對天下形勢毫不知情，這幫無知愚昧的人民，大多不知愛國是何物。像清國這樣缺乏忠君愛國精神的國家，再加上财政赤字嚴重，可謂積弊已極。對待這種國家，必須來點硬的，況且今日世界乃是豺狼世界，完全不能以道理、信義交往。我國現在最要緊的，莫過于研究進攻清國的方略，以便在滅清國後使我國國運隆盛。”
1890年，日本海軍經費已占國家支出的12%。由于軍費開支過大，日本爆發經濟危機，為緩解國内沖突，日本對華作戰的态度更加明确。外相陸奧宗光說：“國内形勢日益緊迫，政府若不做出一個驚人事業，便不能穩定動蕩不安的人心。”這個驚人事業就是對華開戰！
1891年，李鴻章為震懾日本，派北洋水師通路日本，桦山資紀說：“丁汝昌為何從下關進日本，經懶戶内海繞紀伊半島到東京？”伊東祐亨說：“丁汝昌是在向我們示威，他的意思是日本内海就是北洋水師的後院，如果日清開戰，他能指揮北洋水師打到東京。”桦山資紀明白了，他決心示弱，随後在歡迎宴會上這位日本海軍大臣奉承說：“中國海軍堪稱亞洲第一。”丁汝昌得意地說：“謝謝您對我海軍的贊譽，不過比起西洋海軍，我們還有一定差距，中日海軍應聯合，共同對付西方威脅。”松山資紀笑吟吟道：“好！為中日海軍攜手，幹杯！随後日本軍官參觀了“定遠”艦。他們的白手套在船上一摸就變成黑色，他們據此看出清軍的懶惰，連船都不擦。
還是在此次參觀中，據說日本海軍将領東鄉平八郎看到“定遠”艦士兵将褲子晾到主炮上，認為清軍連自己的武器都不尊重，由此斷定清軍無戰鬥力最終發動甲午戰争。然而事實真的如此嗎？不是的。“定遠”艦甲闆的高度決定了水兵不會因晾衣服而冒險爬到3米高的主炮上，水兵的衣服一般晾在船舷欄杆上。我看過的一些照片顯示，同期美、日、俄、德水兵都把衣服晾在船舷上，是以主炮晾衣服一事多半是不懂海軍的人編造的。
事實上，此次通路後，伊東祐亨說：“如果現在和清國開戰，我們沒有取勝的可能，單‘定遠’、‘鎮遠’兩艦就足以讓我聯合艦隊所有戰艦葬身海底。”松山資紀則說：“看來李鴻章的目的達到了。”
《東京每日新聞》也寫道：“以前北洋水師來的時候，甲闆上放着關羽的像，亂七八糟的供香，味道難聞之極，甲闆上散亂着吃剩的食物，水兵衣冠不整，而今不整齊的現象蕩然全無，關羽的像已撤去，燒香味無影無蹤，軍紀大為改觀，水兵體格也一望而知其強壯勇武。”看來，無論是日本軍方還是媒體，都認為此時與清國開戰是不明智的。
但無論如何，此次清軍日本之行堅定了日本積蓄力量對華開戰的決心。