民国初年，兵戈扰攘。段祺瑞出任北洋政府总理后，公然毁弃《临时约法》，拒绝召开国会。在此背景下，孙中山开展了护法运动。在上海，他和于右任等人多次商议，认为''以中国革命大业，北方极关重要。''又考虑到于右任本是西北人，在当地很有人望，于是孙中山决定派他前往陕西主持西北革命大计，这才有了陕西护法靖国之战。
1917年春，于右任受命返回陕西。一路上，他豪情万丈，''呜呼，安得长驱铁骑数十万，蹴踏大陆除群雄！''可到了陕西，他却发现，此时掌握实权的督军陈树藩已然投靠了段祺瑞。为了巩固自己的地位，他钳制舆论，培植私党，对民众大肆搜刮盘剥，对于右任，虽然尚未公然撕破脸，却也是暗中监视，防范森严。难有作为的于右任只得在8月中旬黯然离开陕西。
同年10月，陕西警备军统领耿直在西安发难，与郭坚部汇合。他们第一个树立起''陕西靖国军''旗帜。12月，陕西骑兵团团长高峻宣布独立，举起了反段倒陈的大旗。其后，又有胡景毅、樊种秀、卢占魁、曹世英等人加入反陈行列。但由于各部队间号令不一，导致多次贻误战机。面对着强大的敌人，众将领一致决定''请于先生回来主持大计。''
1918年初夏，于右任再次踏上返乡之路。为了掩人耳目，他特意扮成传教士模样。8月9日，于右任在三原就职陕西靖国军总司令。誓师大会上，他慷慨陈词:
''余以革命党人，非为权利名位而来，实为救国家，救桑梓，与诸同志共甘苦同生死而来。带给大家者，非金钱，非械弹，乃一腔热诚与总理革命精神。此种精神为革命党人无价瑰宝，一切均不足比拟。只要大家能确切认识，笃实践履，则革命必成，强权必败。区区陕乱，不足平也！''
会后，他将2万余人的部队整编为六路，成立参谋、秘书、军法等处，统一号令，靖国军军容，焕然一新，时人盛赞于右任''一条竹仗定西北。''
整编后的靖国军，连战连捷。陈树藩见战场上得不着便宜，就耍起了手段，他扣押了单骑前来的胡景毅，于右任命岳维峻代替胡的职位，以稳定军心。陈树藩又让井勿幕以''调解人''的身份前往靖国军总部，以为缓兵之计。没想到，井勿幕竟公然投入靖国军阵营，于右任大喜，任之为陕西靖国军总指挥，倚之如臂膀。随后，于右任召集军事会议，众人决定扩大战果。八百里秦川，几乎尽归靖国军所有。
1918年5月，孙中山因军阀掣肘，愤而离开广州，南北双方开始议和。这期间，北洋政府调集重兵，大举进攻陕西靖国军，意图消灭这个北方的心腹大患。面对大兵压境，于右任驰书孙中山求援，此时的孙中山，已无职无权，故而爱莫能助。
1919年1月，陈树藩大举向靖国军进攻，至5月份，靖国军只剩下渭北一隅之地。内外交困之际，一些将领打算另谋出路，于右任之军令，已不能出司令部。一九二〇年7月，段祺瑞引咎辞职。陈树藩失去依靠，遂倡导地方自治，并释放胡景翼。于右任不为所动，复任胡景翼为陕西靖国军总指挥，再次宣布讨伐陈树藩。一九二一年5月，北洋政府令吴佩孚部阎相文督陕，将陈树藩调入北京。陈树藩的倒台，胡景翼提议投靠吴佩孚，利用军阀打军阀，于右任虽坚决反对，但靖国军实权已掌握在胡景翼手中，他暗中指示断绝接济总司令部的伙食，于右任不得不离开总司令部。
一九二一年九月，胡景翼在三原召开''国民代表会议''，通电全国，取消了陕西靖国军。于右任夜走高陵，希望曹世英坚举义旗，最终未能如愿。
1922年3月，于右任来到杨虎城的驻地武功，在这里重新设立靖国军司令部，任命杨虎城为第3路司令。4月，部队因寡不敌众，转移至凤翔。这年端午节，靖国军彻底解散。杨虎城率部转移到陕北榆林，后来成为十七路军，西安事变后，其部队被蒋介石肢解。
于右任则启程离开陕西赴上海找孙中山，他与靖国军的故事到此结束。