噶尔丹所在的准噶尔蒙古，在这个时期，严格意义上来说是臣服于大清王朝，并不是归属于大清王朝。
元朝灭亡以后，元顺帝北逃建立北元王朝，但是北元政权很快瓦解，蒙古各部之间重现陷入了分裂与斗争，最终在明末清初的时候，逐步划分为了三支，即漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古。
噶尔丹所在准噶尔属于漠西蒙古，也称厄鲁特蒙古或者卫拉特蒙古。漠西蒙古分为四大部落，分别是：和硕特部、准噶尔部、杜尔伯特部、土尔扈特部，其中和硕特部的首领即为漠西蒙古的联盟首领，也称卫拉特盟主。
后金天聪九年（1635年），此时的卫拉特盟主、和硕特部首领固始汗，以盟主的名义宣布漠西蒙古归属于当时的后金政权，并且在顺治三年（1646年）的时候，漠西蒙古各部首领联名归顺清朝，每两年进京进行一次进贡朝拜。
这个时候的漠西蒙古不同于漠南蒙古。漠南蒙古在察哈尔部首领林丹汗死后，已经全部归降了清朝，领土和人口也都全部归清朝统治，就连部落首领的称谓都不再是“大汗”和“台吉”，改成了“亲王”和“贝勒”。可以说相较于漠南蒙古，漠西蒙古保持了相对的独立性，但是依旧与大清王朝是主仆关系，首领的更迭也是要得到大清王朝的册封，也还是要大清王朝称臣纳贡的。
同一时期，与漠西蒙古一样，保持同大清王朝这样关系的还有漠北蒙古，也就是喀尔喀蒙古，以及青藏地区。
之所以称噶尔丹为叛乱，是因为噶尔丹不再向清朝进行朝贡，并建立准噶尔汗国与清朝为敌。
早年的噶尔丹实际上一位藏传佛教格鲁派的活佛，四世温萨活佛。在西藏学习了十年之后，噶尔丹回到了准噶尔部。
但是在康熙九年（1670年）的时候，准噶尔部首领、也就是噶尔丹的哥哥僧格被人暗杀，准噶尔部就此四分五裂。而噶尔丹也就是在这个开始，重新召集僧格的旧部，将分裂的准噶尔部归于一统，噶尔丹也在康熙十一年（1672年）正是辞去活佛的神职，正式成为了准噶尔部的首领。
康熙十五年（1676年）噶尔丹在达赖喇嘛的支持下，打败了和硕特部首领鄂齐尔图汗，确立了准噶尔在漠西蒙古四部的领导地位，就此建立准噶尔汗国。之后，在康熙十七年（1678年），噶尔丹挥师南疆，横扫由维吾尔人建立的叶尔羌汗国，至此，噶尔丹统一了整个新疆地区。
在此期间，噶尔丹曾请求康熙皇帝将其册封为准噶尔大汗，但是康熙皇帝以噶尔丹擅自发动战争兼并其他部落，以及本身出身不属于成吉思汗的黄金家族后裔为由，拒绝了噶尔丹，噶尔丹也就此开始了与清朝的分庭抗争。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹突然率兵越过杭爱山，直接攻打土谢图汗，进而降服了整个漠北蒙古，不愿臣服于噶尔丹的漠北蒙古部众也都南逃到了长城以南的地区。
此时的噶尔丹已经也将准噶尔汗国势力范围拓展到了最高峰。
康熙皇帝三次御驾亲征，终于消灭了噶尔丹。
为了彻底消灭噶尔丹及其统领的准噶尔汗国，康熙皇帝三次御驾亲征，征讨噶尔丹。
第一次是在康熙二十九年（1690年），清军在乌兰布通之战中战胜了噶尔丹，阻止了噶尔丹的的前进步伐。
第二次是在康熙三十五年（1696年），康熙皇帝主动出击，在昭莫多大战中大败噶尔丹，噶尔丹仅率数十人逃脱，就此再也无法东山再起。
第三次是在康熙三十六年（1697年），康熙皇帝再度御驾亲征，噶尔丹在众叛亲离中选择了自杀。
就此，康熙皇帝彻底除掉了他的心腹大患噶尔丹。
而早在康熙二十七年（1688年），噶尔丹的侄子，也就是前任准噶尔部首领僧格的儿子策妄阿拉布坦就与噶尔丹反目，协助康熙清剿了噶尔丹的老巢，并且在康熙御驾亲征的过程中积极配合，支持康熙，因而在噶尔丹死后，策妄阿拉布坦被康熙册封为准噶尔大汗。
直到乾隆年间，清朝才彻底平定收服准噶尔，将其并入版图。
康熙五十六年（1717年），策妄阿拉布坦叛乱，率兵攻入西藏，再次对大清王朝构成威胁。康熙册封皇十四子胤禵为“大将军王”率兵平定了青海、西藏地区的叛乱，策妄阿拉布坦逃回了新疆地区，直至雍正五年（1727年）去世。
直到乾隆二十年（1755年），乾隆皇帝趁着准噶尔的内乱，最终派兵灭掉了准噶尔汗国，彻底征服了漠西蒙古。
此前，在康熙消灭噶尔丹时，将漠北蒙古并入大清王朝领地，在平定策妄阿拉布坦的叛乱将其赶出青海和西藏的时候，又将青藏高原地区收归所有，而乾隆朝时期彻底平定准噶尔部进而将新疆地区悉数归属与大清，此时大清王朝的版图也到达了顶峰。