噶爾丹所在的準噶爾蒙古，在這個時期，嚴格意義上來說是臣服于大清王朝，并不是歸屬于大清王朝。
元朝滅亡以後，元順帝北逃建立北元王朝，但是北元政權很快瓦解，蒙古各部之間重制陷入了分裂與鬥争，最終在明末清初的時候，逐漸劃分為了三支，即漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古。
噶爾丹所在準噶爾屬于漠西蒙古，也稱厄魯特蒙古或者衛拉特蒙古。漠西蒙古分為四大部落，分别是：和碩特部、準噶爾部、杜爾伯特部、土爾扈特部，其中和碩特部的首領即為漠西蒙古的聯盟首領，也稱衛拉特盟主。
後金天聰九年（1635年），此時的衛拉特盟主、和碩特部首領固始汗，以盟主的名義宣布漠西蒙古歸屬于當時的後金政權，并且在順治三年（1646年）的時候，漠西蒙古各部首領聯名歸順清朝，每兩年進京進行一次進貢朝拜。
這個時候的漠西蒙古不同于漠南蒙古。漠南蒙古在察哈爾部首領林丹汗死後，已經全部歸降了清朝，領土和人口也都全部歸清朝統治，就連部落首領的稱謂都不再是“大汗”和“台吉”，改成了“親王”和“貝勒”。可以說相較于漠南蒙古，漠西蒙古保持了相對的獨立性，但是依舊與大清王朝是主仆關系，首領的更疊也是要得到大清王朝的冊封，也還是要大清王朝稱臣納貢的。
同一時期，與漠西蒙古一樣，保持同大清王朝這樣關系的還有漠北蒙古，也就是喀爾喀蒙古，以及青藏地區。
之是以稱噶爾丹為叛亂，是因為噶爾丹不再向清朝進行朝貢，并建立準噶爾汗國與清朝為敵。
早年的噶爾丹實際上一位藏傳佛教格魯派的活佛，四世溫薩活佛。在西藏學習了十年之後，噶爾丹回到了準噶爾部。
但是在康熙九年（1670年）的時候，準噶爾部首領、也就是噶爾丹的哥哥僧格被人暗殺，準噶爾部就此四分五裂。而噶爾丹也就是在這個開始，重新召集僧格的舊部，将分裂的準噶爾部歸于一統，噶爾丹也在康熙十一年（1672年）正是辭去活佛的神職，正式成為了準噶爾部的首領。
康熙十五年（1676年）噶爾丹在達賴喇嘛的支援下，打敗了和碩特部首領鄂齊爾圖汗，确立了準噶爾在漠西蒙古四部的上司地位，就此建立準噶爾汗國。之後，在康熙十七年（1678年），噶爾丹揮師南疆，橫掃由維吾爾人建立的葉爾羌汗國，至此，噶爾丹統一了整個新疆地區。
在此期間，噶爾丹曾請求康熙皇帝将其冊封為準噶爾大汗，但是康熙皇帝以噶爾丹擅自發動戰争兼并其他部落，以及本身出身不屬于成吉思汗的黃金家族後裔為由，拒絕了噶爾丹，噶爾丹也就此開始了與清朝的分庭抗争。
康熙二十七年（1688年），噶爾丹突然率兵越過杭愛山，直接攻打土謝圖汗，進而降服了整個漠北蒙古，不願臣服于噶爾丹的漠北蒙古部衆也都南逃到了長城以南的地區。
此時的噶爾丹已經也将準噶爾汗國勢力範圍拓展到了最高峰。
康熙皇帝三次禦駕親征，終于消滅了噶爾丹。
為了徹底消滅噶爾丹及其統領的準噶爾汗國，康熙皇帝三次禦駕親征，征讨噶爾丹。
第一次是在康熙二十九年（1690年），清軍在烏蘭布通之戰中戰勝了噶爾丹，阻止了噶爾丹的的前進步伐。
第二次是在康熙三十五年（1696年），康熙皇帝主動出擊，在昭莫多大戰中大敗噶爾丹，噶爾丹僅率數十人逃脫，就此再也無法東山再起。
第三次是在康熙三十六年（1697年），康熙皇帝再度禦駕親征，噶爾丹在衆叛親離中選擇了自殺。
就此，康熙皇帝徹底除掉了他的心腹大患噶爾丹。
而早在康熙二十七年（1688年），噶爾丹的侄子，也就是前任準噶爾部首領僧格的兒子策妄阿拉布坦就與噶爾丹反目，協助康熙清剿了噶爾丹的老巢，并且在康熙禦駕親征的過程中積極配合，支援康熙，因而在噶爾丹死後，策妄阿拉布坦被康熙冊封為準噶爾大汗。
直到乾隆年間，清朝才徹底平定收服準噶爾，将其并入版圖。
康熙五十六年（1717年），策妄阿拉布坦叛亂，率兵攻入西藏，再次對大清王朝構成威脅。康熙冊封皇十四子胤禵為“大将軍王”率兵平定了青海、西藏地區的叛亂，策妄阿拉布坦逃回了新疆地區，直至雍正五年（1727年）去世。
直到乾隆二十年（1755年），乾隆皇帝趁着準噶爾的内亂，最終派兵滅掉了準噶爾汗國，徹底征服了漠西蒙古。
此前，在康熙消滅噶爾丹時，将漠北蒙古并入大清王朝領地，在平定策妄阿拉布坦的叛亂将其趕出青海和西藏的時候，又将青藏高原地區收歸所有，而乾隆朝時期徹底平定準噶爾部進而将新疆地區悉數歸屬與大清，此時大清王朝的版圖也到達了頂峰。