说起吴应熊，映入脑海的第一印象是在《鹿鼎记》中被刁蛮任性的建宁公主剪掉命根子的那个倒楣蛋。在历史上，吴应熊确实是建宁公主的额驸，也是平西王吴三桂世子。但建宁公主在历史上可不是康熙的妹妹，而是他的姑姑。
吴三桂降清后，摄政王多尔衮对其防范甚严，先是让他率军追击李自成的大顺军，随后又调其镇守关外重镇锦州，实际是为了便于监视。后来又派他随八旗将领李国翰率军入川，征剿张献忠的大西军。顺治八年（1650年），多尔衮狩猎时坠马，不久病逝，吴三桂自此得到顺治帝的重用，受封为平西大将军，南征云贵，追剿南明永历政权。
顺治帝虽然重用吴三桂，但对其仍有防范。顺治十年（1653），由孝庄太后主婚，将年仅13岁的建宁公主许配给吴三桂之子吴应熊，建宁公主是皇太极第十四女，顺治帝同父异母的妹妹，这是一场彻头彻尾的政治婚姻，目的是让吴应熊以额驸的身份留居京师，做为人质来牵制手握雄兵，坐镇西南的平西王吴三桂。
吴应熊留京期间屡获封赏，授三等子爵，加少保兼太子太保。康熙七年（1668年），晋少傅兼太子太傅。康熙十二年（1673年）十一月，吴三桂诛杀云南巡抚朱国治，自称天下都招讨兵马大元帅，正式起兵造反。起兵前夕，吴三桂曾派密使入京，准备接吴应熊回昆明。为了能替父亲赢得更多准备时间，吴应熊坚决不走，只是把长子吴世璠和写有康熙提前削藩的信函交给密使，带回云南。
吴应熊明知父亲起兵造反，朝廷一定不会放过自己。之所以冒险留在京城，除了视死如归的决心外，还怀有一丝侥幸心理，那就是和建宁公主的夫妻关系。毕竟建宁是康熙帝的姑姑，他俩的婚配又是由孝庄太后一手主持的，吴应熊认为凭着这层关系至少能够保全性命。
吴三桂起兵造反的消息传到京城，康熙帝龙颜大怒，立即将吴应熊逮捕入狱。建宁公主向孝庄太后苦苦哀求，希望能留他一条性命。孝庄不愧为清初著名的政治家，她知道处死吴应熊不仅关系到朝廷的脸面，更关系到朝廷上下对平定叛乱的决心。因此毫不顾及建宁公主的情面，支持康熙帝诛杀吴应熊父子，因此根本就不存在孝庄出面求情却毫无效果的说法。
康熙十三年（1674年）四月十三日，吴应熊和次子吴世琳被诛杀，表露了朝廷与叛军势不两立的强大决心，随后调遣各地驻军前往平叛。当时的形势对朝廷极为不利，康熙当时年仅20岁，自幼长于深宫，从未经历战阵。朝廷一贯依赖的八旗劲旅因承平日久而腐化堕落，战斗力严重下降。叛军首脑吴三桂戎马半生，经营西南各省长达十余年之久，兵精粮足，手下部将皆为百战精锐，又与平南王尚之信，镇南王耿精忠等遥相呼应。
可惜岁月不饶人，以62岁高龄起兵的吴三桂到底敌不过岁月的侵蚀，于康熙十七年（1678）在衡阳病逝。吴三桂死后，叛军内部争权夺利，一盘散沙。朝廷用三年时间，攻入云南省城昆明，吴周第二任皇帝，吴应熊长子吴世璠举刀自刎，宣告三藩叛乱的终结。这场清初规模最大的叛乱，前后历时八年，最终以清军的全面胜利而告终。