基督教青年會興起于十九世紀中期的西方，旨在通過提倡青年德智體群四育傳播基督教。其會訓是“非以役人，乃役于人”，意思就是不要由人服侍，而要服侍于人，以服務社會。
十九世紀七八十年代，一些學校與西僑青年會已經傳入中國。在基督教青年會北美協會支援下，1895年天津青年會首先成立；1896年中國學塾基督幼徒會總委辦成立，1902年易名為“中韓港基督教青年會總委辦”，中國各地城市青年會開始紛紛湧現，在近代中國政治、經濟、社會與文化等方面發揮廣泛影響。
南京基督教青年會（1903-1912年，本文簡稱“南會”）作為中國重要青年會，見證辛亥革命、二次革命、南京事件、南京大屠殺與南京解放等重要曆史事件，其中碩果僅存之南京市中華路26号會所舊址還是南京市文物保護機關。但是目前南會特别是其成立研究錯誤甚多，南會官方網站南會曆史相關介紹堪稱代表，是以本文主要依據美國明尼蘇達大學elmer l. andersonlibrary收藏的南會檔案對其成立深入研究。
一、籌備
南會成立不是一帆風順的，而是經過繞伯森、魏德模、海士三任青年會幹事近十年的籌備。
受基督教青年會北美協會派遣，首先到達江甯府調查創辦城市青年會是繞伯森（c. h. robertson）。江甯府是南京在南唐、北宋、南宋初年、清朝時期的名稱。1368年朱元璋建立明朝，在此定都，始有南京之名。繞伯森1902年11月15日從美國舊金山出發，次年元旦到達江甯府。他開始主要活動是在當地學校青年會舉辦查經班，特别是學習中文。1904年，繞伯森開始嘗試舉辦科學演講，吸引當地文人，包括官立學校師生。他最後的建議是不要急着成立城市青年會。1905年4月，他離開到天津工作。
美國人魏德模（f.b. whitmore，另有中英文名稱魏德邁與wheatiman，均錯誤）來到江甯府時間是在1906 年而非1909年。他開始主要學習中文，同時創辦眼科診所，以此聯絡各界人士。1907年開始建造十廟口寓所，同時開展會務，後來發展成為南會會堂。實際上魏德模從1908年開始以南會總幹事（general secretary）名義工作，就此而言他應該是南會首任總幹事，但是他在時南會尚未成立。1909年春，魏德模賃定新街口一所民房作為臨時會所籌備南會，同時附設英文燈社, 實際上就是英文夜校。1910年，在十廟口寓所成立一家大學俱樂部。這個組織擁有高等教育水準的中外人士，以便互相認識與全面合作，緻力于中國近代教育事業。成員大約四十人，包括如一些教師、中國政府官員與雇員、金陵關與領事館的外國人、傳教士，其中江甯交涉使是會長，英國領事館領事是副會長。他在江甯府工作至1911年，為南會成立奠定了基礎。
1911年10月17日，海士（l. newton hayes，另有中英文名稱海爾與l．n．herpes，均錯誤）到達江甯府，負責當地城市青年會籌備工作。但是江甯府當時已經籠罩在恐怖與混亂中。10月10日，武昌起義爆發；11月8日，江甯府新軍第九鎮起義，11月24日會合江浙聯軍圍攻江甯府；12月2日，江甯府光複。1912 年1月1日，中華民國臨時政府在此成立，1月3日改其為南京府，以南京為首都。
王正廷
戰事頗為慘烈，是以“海士乃至鼓樓醫院調護傷兵，是以院長馬林深得海君之臂助”，但是海士因禍得福聯系到南京臨時政府要員。兩位曾經擔任中國留日學生青年會原總幹事的同盟會員王正廷與馬伯援，現在分别就任南京臨時政府參議院副議長、孫中山大總統秘書兼南京馬警總隊長，是以與其他人正式發起籌建南會，包括標明南會中國幹事與董事會董事。南京臨時政府還撥給馬府街八旗會館及其周圍空地為會所，八旗會館是清代旗人自己組建的會館，不久因為一些複雜的政治原因歸還。“是年四月一日，邀請當道暨參議院諸公在十廟口西幹事寓所，開茶話會，籌備一切。在座者有孫中山、唐少川、參議院議員及各部總次長，當時即捐得三千六百餘元”。必須指出的是這次茶話會前孫中山剛在參議院正式辭去臨時大總統之職。
這是一次南會籌建會議，而非南會成立會議，是以南會并非創立于1912 年4月1日，此次合影說明也明确指出這點。十廟口西幹事寓所始建于1907年，同時開展會務，後來發展成為 “南京基督教青年會堂”，位于保泰街（今北京東路西段）21号，但是目前出版文獻所謂南會起初設于此并不正确，因為南會并沒有在此成立。
十廟口西幹事寓所南會創立籌備會孫中山等人合影
二、成立
南會于1912 年4月1日雖然沒有創立，但是此天的茶話會從孫中山等人募得三千六百餘元經費，還網羅相關人才與人脈，極大推動南會組建董事會、中外幹事團隊與租得會所，由此南會成立。
南會董事會成立于1912年秋天，包括9人：會長洪煥卿，金陵大學中文總教習（head
chinese teacher），安徽含山縣人，南京衛理公會教徒，金陵大學畢業後到美國留學兩年，歸國後曾任孫中山英語秘書；副會長陳金镛，聖經學校（union bibleschool ，應該是bible training school，即金陵神學院前身）中文總教習；會計王慶道，江甯交涉司德語秘書，曾經留學德國6年；金陵大學李敏孚教授，此前在美國從事四年學術工作；江甯交涉署副司長曹複庚；西醫生王筱山；津浦鐵路秘書吳慶秦；衛理公會姓chang的牧師；姓chou的軍醫。南會董事會正式确認李漢生為南會中國幹事。他也曾是金陵大學學生，留學日本東京一所大學幾個月，歸國後成為一家官辦大學教師，曾經任職南京臨時政府内政部秘書，1912年夏季在莫幹山青年會幹事學校教育訓練四周。
會長洪煥卿
南會官方網站南京ymca百年曆程相關介紹認為南京首屆董事會由金陵關監督溫佩珊擔任會長，還有塗羽卿（當時任東南大學校長，後任中華基督教青年會全國協會幹事）、周寄高（成美中學校長）、李秀東（萃華商店經理）等董事；美國人吉禮泰擔任首屆外籍總幹事，國人夏日瑚任副總幹事。但是這些内容沒有可靠根據。
由于孫中山先生帶頭捐款作為經費，海士最終租下南京花牌樓大街1986号前清道尹周子昂官邸。周子昂，肥西人，是淮軍名将周盛傳的兒子，光緒年間曾任南京道道台。周盛波、周盛傳兄弟鹹豐年間（1851~1861年）在肥西縣紫蓬山辦團練，同治元年（1862年）将所部精銳編為淮軍“盛字營”，後來成為淮軍之精銳。
魏德模曾治愈周子昂眼病，是以南會1912年10月中旬前得以低價租之為會所。約長327尺，寬136尺，面積9.25畝，其中房屋占地面積居半，有大小房屋70間。這些建築西邊與南邊有幾塊空地作為球場。南部花園占地約4畝，内有一座兩層中西合璧的茶樓、一方球場、一塊荷花池與各種花草樹木。因為南會次年發現電影是吸引南京人的最好手段，這座會所是南京市最早放映電影的場所，南會放映影片很少是喜劇片，而以放教育、人文與風光片為主。南會在花牌樓會所最早1926年6月遷移到基本落成的中華路26号會所，有說1925年4月遷到這裡，但是當時剛剛開工，顯然不可能。
1912 年11月13-14日，南會在花牌樓會所舉行成立大會，南會正式成立，第一任會長洪煥卿，第一任總幹事海士，第一任中國幹事李漢生。
花牌樓會所平面圖
袁世凱主政不久鎮壓二次革命，攻占南京。1913年12月16日，南京府被撤銷，江甯縣恢複，是為江蘇省會。南京這個名字，在中華民國初期昙花一現，卻永遠融入南會名字中，顯然這是辛亥革命與中華民國賜予的，而南會更如同新生的中華民國贈送給這個地方的禮物。