1949年2月，遵照軍委的統一指令，華東野戰軍正式改編為中國人民解放軍第三野戰軍，陳毅為司令員兼政委，粟裕為副司令兼第二政治委員，譚震林為第一副政治委員，張震為參謀長，唐亮為政治部主任，下轄四個兵團和一個特種兵縱隊。
華野在進行改編的時候，還把一些國民黨軍起義部隊和解放軍部隊整編在一起，引發了一系列的問題，尤其是第35軍的建立，讓很多解放軍老兵非常不滿意，很多戰士明确表示說不願意讓漢奸當他們的軍長。那麼，為何會出現這樣的問題呢？為什麼33軍，34軍也是國民黨軍起義部隊改編過來的，卻沒有出現這樣的問題呢？
1949年華野整編的時候，有三支特殊的部隊，分别是33軍，34軍，35軍，因為他們中的一些部隊是國民黨軍起義部隊。其中33軍是華野渤海縱隊和淮海戰役起義的國民革命軍第59軍合編而成，第34軍是
中國人民解放軍江淮軍區第三十四旅、獨立旅與在淮海戰役中起義的國民黨第七十七軍第一三二師合編而成。
但是和35軍不同的是，33軍軍長張克俠是1929年加入中國共産黨的老黨員，34軍軍長何基沣也是1939年1月秘密加入中國共産黨。他們二人為人正直，有一定的軍事才能，還都是張自忠的部下，抗戰期間，他們都沖鋒在前，為國家獨立和民族解放立下了赫赫戰功。
但是35軍軍長吳化文不同，此人是見風使舵之人，抗戰期間還當過漢奸。吳化文于1901年出生于山東掖縣，早年就讀于當地一所基督中學，後來吳化文加入了馮玉祥的部隊，先後擔任班長，排長，連長等職務，馮玉祥看他聰明，将保送他到北京陸軍大學學習，畢業之後擔任28師參謀長，該師師長是張自忠。
有一次馮玉祥要撤免張自忠，吳化文領着三個旅長一起去求情，馮玉祥大怒，要連吳化文一起嚴辦，吳化文于是跑到了韓複榘那裡，擔任中将參謀，之後又讓他擔任手槍旅第二團團長。吳化文很擅長人情世故，和總部，參謀部，軍需部的關系搞得都很高，後來手槍旅旅長被撤職後，吳化文擔任手槍旅旅長兼濟南警備司令。
1939年韓複榘被蔣介石槍斃後，吳化文的部隊被改編為新編第四師，之後吳化文又收攏地方部隊，組建了新編第一師。1942年，由于長期不得不補充，吳化文部面臨彈盡糧絕的困境。吳化文于是去試探重慶方面的反應，問能不能投降日寇。重慶方面對這種雜牌軍一向都比較歧視，是以隻草草的答複：“隻要不投八路，能儲存實力，怎麼做都行。”
1943年，吳化文投降日本人，所部被汪精衛改編為和平建國軍第三方面軍，吳化文任總司令，駐紮在蚌埠。吳化文這樣反複跳槽，最後還當了漢奸，一些部下覺得跟他沒有前途，十分不滿，但是吳化文卻對部下說：“小娃娃，你怎麼能說我們沒前途呐？如果日本打赢了，那我們肯定有前途。如果國民黨打赢了，老蔣肯定需要我們幫他打共産黨，我們還是有前途的啊。如果說國民黨不行，我們去投靠八路，還是有前途的啊。”
抗戰期間，吳化文率領部隊配合日軍掃蕩八路軍在山東的根據地，制造了很多的無人區，欠下了很多血債。一直到建國後，很多山東老區的百姓依然上書中央，請求公開處決吳化文這個大漢奸。
抗戰勝利後，吳化文也沒有受到懲罰，蔣介石為了擴軍，任命他為
國民黨軍第五路軍總司令、山東保安第二總隊司令。1947 年任整編第八十四師師長、第九十六軍軍長兼八十四師師長。對于吳化文，國民黨很多将領其實不相信他，杜聿明曾對王耀武說過：“
吳化文反複無常，表面服進而内心詭詐，靠不住，要注意他。
”
對于國民黨軍将領對他的看法，吳化文一直都很清楚，1946年7月，吳化文到南京參加軍事會議，拜訪了老上級馮玉祥。馮玉祥對吳化文抗戰期間的惡行進行了痛斥，但是也給他指了一條路，那就是和共産黨接觸。1948年濟南戰役期間，吳化文預感到國民黨這條大船很可能就要翻了，于是指令部隊撤出了陣地，宣布起義。
吳化文的部隊起義之後，一直在後方進行整訓，解放軍政工部門對這支部隊進行了思想教育，吳化文也當着衆人的面痛哭流涕，反思自己犯下過的罪行。1949年2月，吳化文部隊和華野魯中南縱隊合編為35軍，軍長仍然是吳化文，政委是原一縱副司令何克希。
魯中南縱隊是1947年華東軍區在魯中南軍區
各分區基幹團的基礎上組建的一支部隊，魯中南軍區
司令員
兼政治委員
傅秋濤（開國上将）擔任司令員兼政委。1948年10月，魯中南縱隊所屬部隊進行整編，錢鈞（開國中将）任司令員，張雄任政治委員，所屬部隊統一改編為第46、第47師，共6個團1.4萬人，屬華東野戰軍山東兵團建制。
解放戰争期間，魯中南縱隊配合主力部隊打了很多硬仗，立下了赫赫戰功，但是得知要和吳化文的漢奸部隊合并後，廣大官兵都十分不滿，都不願意讓漢奸當自己的軍長。陳毅為此多次到部隊裡做說服，重新接受黨的紀律的政策，要求廣大官兵不要歧視起義部隊，更不要把他們當雜牌部隊看，而是要當自家人一樣對待。
而且改編後的35軍，吳化文部隊的人并不多，吳化文起義的時候部隊發生了相當數量的逃亡，最後隻剩下了一萬多人，在整編過程中又進行了裁撤，最後吳化文的舊部就剩下了幾千人。35軍組建時，每個師至少有兩個團都是原魯中南縱隊的部隊，隻有一個團是起義部隊。
很多人都說收複南京的時候，第一支打進南京城的是起義部隊，其實并不是，因為當時第一支進城是35軍104師，該師師長方明勝和政委嚴政都是老紅軍，最先沖入總統府的104師312團是原來魯中南縱隊的部隊，并非是原來吳化文的部隊。
35軍成立了不到一年就被撤銷了，1949年9月，35軍開始地方化建設，第103師，104師，105師分别兼衢州，紹興軍區和杭州警備區。1950年1月，35軍番号撤銷，軍部和軍屬炮兵團調歸華東軍區海軍。不過吳化文的命倒是很好，解放後先後擔任杭州警備區司令，浙江省交通廳廳長，浙江省政協副主席等職，1962年病逝于上海。