2012年美國沙門氏菌（salmonella）爆發導緻數百人患病，美國食品和藥品監督管理局（fda）迅速從受污染的壽司級鮪魚（用來生吃的）中分離出了緻病的沙門氏菌菌株，并且追溯到了位于印度的魚肉加工廠（不出意料地，fda在該廠發現了10處衛生疏忽，其中有四處情節十分惡劣）。（譯者吐槽：印度啊同學們，想沒想起洗澡唱歌的故事？）
随後在2014年， fda查出了羅斯食品公司（ross foods)生産的奶酪中的緻病菌，進而把一場李斯特菌感染爆發遏制在萌芽中。該次感染隻造成了7人生病1人死亡。羅斯食品公司也在那之後被關閉。
上述兩個公共衛生事件的成功都得益于dna測序技術，該技術不僅可以幫我們辨識餐桌上的肉類到底來自什麼動物，而且可以用于判定食品中可能含有的緻病菌的具體菌株。
dna測序的應用前景相當廣泛。從基因水準了解我們的食物不僅是為了我們的健康（考慮到食物過敏、汞超标等等）和錢包（挂羊頭賣狗肉可不是中國專利哦），也是為了動物們（有些動物屬于瀕危物種，或是被非法獵殺的）。
dna測序通常有兩種方式：全基因組測序和部分測序。随着技術更新，兩種測序方式都日益快捷經濟，有朝一日可能由普通消費者在平闆電腦或者手機上即可完成。
當需要辨識物種時－比如你想知道自己正要吃的到底是牛肉還是某不明來源的野生動物－我們就需要借助于dna條形碼技術。dna條形碼的理念是2003年由加拿大研究人員首先提出的。與超市掃描商品上貼的黑白條形碼異曲同工，通過檢測基因組中某一特定區域的一段很短的遺傳序列，我們可以更有把握地判定眼前的食物到底是什麼物種，而不必受色澤、形狀等的誤導。為實作這一分辨物種的目的，部分測序通常就足夠了。
2004年啟動的“生命條形碼（barcode of life）”大型項目，旨在用線粒體細胞色素c氧化酶基因（co1）中一段648堿基對的序列作為标準“條形碼”，為幾乎所有的動物種類建立一個dna條形碼資料庫， 目前已經用于區分除植物外的50萬種生物。由于co1基因在植物中進化過于緩慢，因而不能用于區分植物。
如果需要分辨緻病菌的菌株或亞型（比如本文開始介紹的沙門氏菌的案例），全基因組測序則是關鍵。在不久的将來，一個大型開放的資料庫genome trakr (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/183844) 可能會大大加速這一技術的推廣。genome trakr 是由美國食品藥物管理局（ fda），加州大學戴維斯分校，和安捷倫科技公司（agilent technologies）共同組織的，目标是對10萬種常見的食源性緻病菌進行全基因組測序。迅速準确的确定緻病菌，讓有關機構可以在初期遏制感染的大規模爆發，并且追蹤污染源，進而防止進一步的污染。
genome trakr項目已于2012年3月啟動，向科研人員和公衆健康機構免費開放，并且還在持續擴充中。據項目負責人加州大學戴維斯分校的微生物學家bart weimer透露，他們正在對來自中國的1萬個基因組進行測序，同時也在和其他國家合作。
洛克菲勒大學的學者mark stoeckle 博士曾在2008年帶領高中生進行了一項dna條形碼研究，緻力于甄别在紐約市出售的魚類的不實标示（傳說中的“壽司門”）。他最近告訴筆者：“最關鍵的是要有一個好的資料庫。dna測序現在越來越便宜，需要的裝置也越來越小。相信在不久的将來我們就會看到手機大小的dna測序儀了。”
科技公司dnatrek的創始人anthony zografos 不久前在接受“科學美國人”（ scientific american）采訪時說，早晚有一天我們在手機上裝一個應用（app），掃一下就能知道眼前的食物和它标簽上号稱的是不是符合，有沒有被污染。
dnatrek 從植物中提取dna 序列，用一種無色無味的材料與天然油脂混合之後噴在食物表面，通過這種方式給食物加上了看不見的條形碼。當食物引起的疾病爆發時，在實驗室裡通過聚合酶鍊式反應（就是pcr啦）， 隻用20分鐘的時間就能讀取食品上的dna條形碼 ，借此迅速追查到污染源。以前這項任務可能要耗費幾周甚至幾個月的時間。
克萊默森大學（clemson university）教授peter marko 曾在2004年發表文章，揭露了美國市場上出售的紅鲷魚（一個字，貴）有超過6成其實都是别的魚假冒的，借助的就是dna測序技術。在“壽司門”之後， peter marko對紐約時報表示“現在的技術讓我們能解答在以前不可能找到答案的問題”。
dna測序技術的原理雖然深奧，操作起來卻極為容易，高中生即可勝任。随着這項技術越來越便宜，使用的儀器越來越小，很可能不久的将來每個人在自己的手機上就能進行dna測序了。
原文釋出時間為：2015-03-26
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